C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉·阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。一派轻松的气氛下，“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛，并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员--史黛拉，但双方并不知道彼此的真实身份。就在入水仪式即将举行的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击，ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重，而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻，飞鸟真驾驶剑装备型脉动高达挡在三架高达的面前……

为了夺回三架被夺走的高达，真与史黛拉等三人展开了激战。而在阿莫利万外面，一直潜伏着准备接应强夺部队的地球联合军特殊部队母舰加迪·鲁号也开始对ZAFT军发动突袭。猝不及防下，ZAFT军伤亡惨重。由于数量上的差距，寡不敌众的真逐渐落于下风；前来营救的阿斯兰也由于双方机体实力悬殊过大而穷于应付，在驾驶舱内的卡嘉莉受伤后不得不退出了战斗。幸好雷和露娜玛丽亚及时赶来支援，弥补了双方的差距。看到无法取胜，斯汀和奥尔决定撤退；但斯特拉却执意与脉动高达分出胜负。奥尔嘲弄着说出“那你就死在这里吧”唤醒了史黛拉的恐惧，使得史黛拉立即撤退……

在埃格萨斯全方位武器突如其来的攻击下，真一时间狼狈不已；幸好熟悉这种战法的雷及时赶到，为其化解了危局。与此同时，尼奥也感应到了雷的存在，三人遂展开了激战。密涅瓦号出现后，察觉无法迅速取胜的尼奥当机决定撤退；雷和真在收到归舰信号后也一同返航。ZAFT及联合军双方的母舰展开了炮击战。回到母舰的尼奥下令撤退，加迪·鲁号将推进剂后备贮存箱分离后顺利逃脱。另一方面，塔丽亚得到杜朗达尔的许可，命令密涅瓦号追击加迪·鲁号。史黛拉等三人在维生舱中逐渐恢复过来；而在尼奥与李的交谈中，似乎透露出三个人的秘密……

在碎石带，密涅瓦号落入了尼奥精心策划的埋伏之中，被加迪·鲁号牢牢地压制住；而先前出击的真和露娜玛丽亚也陷入了与驾驶三架高达的斯特拉等三人苦战的僵局，无法返回支援密涅瓦号。密涅瓦号舰桥上，阿斯兰提出了脱离困境的冒险方案，在杜朗达尔的支持下为塔丽亚所接受。尼奥亲自带队对密涅瓦号展开攻击，但遭到雷的拦截。两人展开激战，不分胜负。密涅瓦号从小行星中成功脱困，并击伤了加迪·鲁号。看到无望取胜的尼奥下令撤退；在杜朗达尔的提议下，无力追击的密涅瓦号也招回了真及露娜玛丽亚进行休整补给……

尤尼乌斯7号原本是PLANT的农业卫星，C.E.70年2月14日的悲剧发生后，尤尼乌斯7号就一直处于被废弃状态。但是，正当密涅瓦号追击加迪·鲁号的时候，一群驾驶着ZAFT制MS的神秘人物开始将尤尼乌斯7号的残骸推向地球。得到“尤尼乌斯7号开始向地球移动”消息的杜朗达尔将此事告知了卡嘉莉，并决定立即前往尤尼乌斯7号。休息室内，雷、露娜玛丽亚等人对此也是议论纷纷，尤兰轻佻的语气引起了正巧路过休息室的卡嘉莉的强烈不满，但她的言辞再一次遭到了对阿斯哈家族深怀不满的真更为激烈的反驳……

正在尤尼乌斯7号进行破坏作业的玖尔队遭到未知部队的攻击，MS及粉碎器均损失惨重，粉碎作业无法顺利进行。偏偏就在此时，奥尔、史黛拉等三人驾驶的高达也加入了对玖尔队的攻击；幸好真、阿斯兰等人及时赶到了战斗区域，与三架高达及谜之部队展开了激战。尤尼乌斯7号将要坠落的消息开始在地球上传播开来，各方政府均发表了公告，正在玛尔基奥导师家休养的基拉和拉克丝也获知这个消息。与此同时，尤尼乌斯7号区域的激战仍在继续。在阿斯兰等人的援护下，玖尔队成功地将尤尼乌斯7号一分为二，但是，其中的一部分仍在加速向地球落下……