雷发现玛琳协助阿斯兰逃脱后，立即和杜朗达尔取得了联系并与真分别驾驶传奇高达和命运高达进行追击。在雷的诱导下，虽然也曾有过片刻的犹豫，但机体性能占了绝对优势的真最终还是将阿斯兰和玛琳乘坐的老虎击坠于海上。幸好一直埋身于亲PLANT的联合军中的莱德尼尔·基萨卡秘密出航并救出了两人。得知妹妹出事的露娜玛丽亚无法接受发生的事情，在听到真的道歉时不禁靠着真痛哭失声，而真也抱紧了露娜，有着相同痛苦的两人相拥而泣……

ZAFT军进攻天堂基地的部队陆续到位，只等战斗号角的吹响；而天堂基地内以加百列为首的LOGOS残余人员也无法忍受杜朗达尔下达的最后通牒的屈辱，决定对ZAFT军迎头痛击。密涅瓦号上，真对即将驾驶脉动高达出击的露娜玛丽亚立下了守护的誓言，孤独中的两个人的关系开始突飞猛进。另一方面，重伤的阿斯兰和玛琳被转移到大天使号上继续进行治疗，阿斯兰终于苏醒过来。在加百列的授意下，联合军对ZAFT军发动了突袭，而攻击的队伍中竟然还包括了5台毁灭高达。杜朗达尔迅速作出了反击的决定，但是空降部队却被联合军的秘密武器--对空炮尼伯龙根全灭……

达科斯塔受托前往L4殖民卫星门德尔的废弃研究所中寻找资料，无意中发现了当年还是一介研究员的杜朗达尔所提出的“命运计划”。天堂基地投降后，LOGOS成员全部被抓了起来，惟有事先悄悄逃走的加百列独自前往了奥布，在那里有和他关系密切的塞兰家族；另一方面，在大天使号上，身体逐渐复苏的阿斯兰和卡嘉莉坦陈了各自的心情，相互间的裂痕也逐渐在弥合……

直布罗陀基地内，由于先前战斗所取得的成果，真不但被再次授予了星云勋章，还与雷一起成为了FAITH。就在这时，传来了加百列藏身于奥布的消息，杜朗达尔遂名正言顺地开始计划对奥布作战。而此时真正掌控奥布的塞兰家却对眼前的危机浑然不觉，为了维护自身的利益而由尤拉公开答复宣布加百列并不在奥布境内。感觉受到愚弄的ZAFT军迅速发动了针对加百列和奥布执政府的攻击；奥布军在反应迟缓的尤纳下令后也开始了反击，但仓促出击的护卫舰队并不能组织起有效的抵抗，反而伤亡惨重……

阿斯兰和基拉的追忆。

为了令奥布摆脱不利的局面，仓促修理完毕的大天使号紧急出击。在出击前，玛琉释放了尼奥，并将空中霸王交给了他；而阿斯兰也劝玛琳离舰以避开与密涅瓦号的战斗，但是玛琳依然选择了留在大天使号上与阿斯兰一起。驾驶着晓的卡嘉莉与真展开了激战，但即使在村雨队的援护下，她依然不是战意狂热的真的对手。正当卡嘉莉岌岌可危之际，强袭自由从天而降化解了命运高达的攻击，与基拉一起的拉克丝则驾驶着无限正义降落到大天使号上……