密涅瓦号随尤尼乌斯7号的残骸一起进入了大气层。虽然无法确认阿斯兰和真的位置，塔丽亚仍然下令将残骸击毁。尤尼乌斯7号的残骸化为无数的碎片坠落于世界各地，给地球和人类带来了惨痛的伤害。残骸的碎片也危及到了避难中的基拉等人，拉克丝用她那宁静安详的歌声，令受惊的孩子们镇定下来。机体不堪负荷的阿斯兰再次得到真的舍身援助，两架MS成功地回到了密涅瓦号上。密涅瓦号顺利降落于太平洋上，并计划前往奥布。正当卡嘉莉庆幸事情得以解决的时候，再次遭到了真的驳斥……

密涅瓦号抵达了奥布的淤能碁吕岛，回到这里的卡嘉莉也受到了奥布联合酋长国宰相乌纳特·艾玛·塞兰与其子尤纳的迎接。在内阁会议上，乌纳特提出了与大西洋联邦结盟一事，虽然遭到了卡嘉莉的极力反对，但由于“尤尼乌斯7号是被PLANT的恐怖份子坠向地球的”一事已广为人知，民间反新人类的风潮再度高涨，卡嘉莉也毫无办法可想。于能碁吕岛上，密涅瓦号由曙光社进行修理；而负责修理工作的，正是玛琉等人……

在宣布PLANT为敌对国之后，地球联合就开始积极地备战；而相应的，PLANT普通市民对自然人的敌对情绪也被煽动起来。虽然杜朗达尔议长仍然极力试图通过和谈来解决问题，但战争已不可避免，PLANT不得不加强了自身的防御。另一方面，蓝色波斯菊的盟主加百列不仅计划着彻底消灭PLANT，还准备清除以奥布为代表的几个小国。地球联合军正式对PLANT宣战，并从月面基地出发，向PLANT发动了攻击；ZAFT军被迫还击。正当双方交战之时，搭载了核弹的地球联合军奇袭部队突然出现，并准备袭击PLANT，但在ZAFT军的秘密武器攻击下，奇袭部队全灭，地球联合军被迫撤回月面基地……

虽然以PLANT为目标的核弹被全部击落，但是PLANT普通民众的愤怒情绪还是由于突然遭受的攻击而被激化。在与杜朗达尔议长的谈话中，阿斯兰重新恢复了“阿斯兰·萨拉”的身份，为和平做着努力；杜朗达尔议长则对阿斯兰深表理解，劝慰他不必独自背负着父亲之事的重担。就在这时，“拉克丝”出现在PLANT的公共频道上，表示以杜朗达尔议长为首的最高评议会正在探索更好的道路，并劝导大家珍惜眼前的和平。最终，“拉克丝”以宁静的歌声平息了民众高涨的情绪……

加百列由于核攻击的失败而遭到了秘密组织内部广泛的批评，但这反而坚定了他消灭PLANT的决心；另一方面，PLANT最高评议会也通过了国防委员会的提案，为开战做好了准备。而在奥布行政府内，卡嘉莉等人也在围绕是否与大西洋联邦结盟而进行着激烈的争论。虽然卡嘉莉极力反对，但大多数酋长均赞同与大西洋联邦结盟以避免战火再度烧身。夜晚，难以入眠的基拉再度回忆起了上一次大战和那些在战斗中死去的朋友们……

为了救援被包围的部队，ZAFT军开始了降下地球的作战；而地球联合军也相应地发布了反空降动员令。密涅瓦号刚出奥布领海就发现前方竟然是以4艘航母为首的地球联合军舰队，而后方的奥布舰队也堵住了密涅瓦号的退路。密涅瓦号唯一的生路，便是强行突破前方地球联合军舰队的阻截……