返回密涅瓦号之后，真立即被塔丽亚舰长以违反军规为由拘禁了起来，同时被处罚的还有协助真将史黛拉带走的雷。在探望真的时候，阿斯兰就对待史黛拉的不同态度与真发生了激烈的言语冲突。尼奥带着斯汀和史黛拉来到俄罗斯平原，与在那里的联合军波拿巴号地上空母会合。通过加百列，尼奥接收了刚刚完成的毁坏高达；而史黛拉的身体也逐渐恢复过来，并成为毁坏高达的机师。在斯堪地纳维亚王国的暗中帮助下，大天使号和奥布舰队的残余人员回到北欧潜伏了起来。与此同时，ZAFT军部也下达对违反军规的真和雷的处理决定，出乎众人的意料的是此次事件竟然被不予追究，真和雷随后也被释放……

在柏林，毁坏高达将城市化为了焦土，所有抵抗都被史黛拉轻松摧毁。看到毁坏高达辉煌战果的加百列不禁大为得意。就在此时，自由高达和大天使号赶到了柏林。双方展开了混战，但自由高达在毁灭高达惊人的攻击力和防御力面前几乎毫无办法，只能依靠机动性来与其周旋。在ZAFT军柏林驻留部队几乎全灭的情况下，收到杜朗达尔议长命令的密涅瓦号迅速来到了柏林。脉动高达也加入了攻击毁灭高达的队伍，真和史黛拉，在彼此毫不知情的情况下展开了对决。然而，他们的战斗却被尼奥所阻止，真终于得知自己牵挂的史黛拉正坐在对面的驾驶舱中……

回忆着无法完成的誓言，痛苦万分的真将史黛拉的遗体放入了宁静的湖中。再抬起头时，少年的眼中已满是仇恨。回到密涅瓦号之后，真就把所有的精力都投入到分析自由高达的作战资料上，模拟自己和自由高达的战斗。虽然对真的做法很不赞同，但此时的阿斯兰对心存芥蒂的真已经丝毫没有了约束力，而且真还得到了雷的支持。玛琉将因受伤而昏迷的尼奥带到大天使号进行治疗，从身体资料来看，尼奥与穆完全一致，这使众人相信他就是原本以为已经在前次大战中战死的穆。但是，醒来的尼奥却完全没有了穆的记忆……

在周密的策划下，杜朗达尔议长的演讲变成了对LOGOS的战争动员。由于LOGOS的成员和地球各大势力均有密切的联系，连奥布也不例外，感觉到其中危机的基拉决定和大天使号一起回奥布去。但是，为了清除大天使号这个“不确定因素”，ZAFT军已经下达了消灭大天使号的“天使坠落”作战命令，并命令由密涅瓦号实施支援。因此，大天使号甫一行动，立即遭到了威拉德队的攻击。由于基拉的坚持，大天使号仅有自由高达一架机体在外援护母舰；密涅瓦号加入战斗之后，大天使号的情形越发险恶。玛琉拒绝了塔丽亚劝降的好意，大天使号继续艰难地向入海处前行；但此时的自由高达却遭到了脉动高达出乎意料的猛烈攻击……

卡嘉莉驾驶强袭口红将驾驶舱坠入海中受伤的基拉救了出来；同时，为了迷惑敌人，水下的大天使号将主引擎隔离爆破，继续向奥布驶去。战胜自由高达归来的真受到了整备维修人员的欢呼，在欢迎他的人群中还有露娜玛丽亚和雷。然而，愤于基拉被杀的阿斯兰狠狠地将拳头打在得意洋洋的真的脸上。对峙的两人被众人拉开，雷再次隐晦地批评了阿斯兰的立场和态度，阿斯兰对杜朗达尔议长的动机和做法产生了深切的怀疑……

阿斯兰当面向杜朗达尔议长质疑了对大天使号的做法，议长却表示倘若基拉的强大力量不能为ZAFT所用的话，那么就必须被消灭。杜朗达尔发表演讲之后，陆续有大量的联合军投向了PLANT一方；但是，由加百列掌控的联合军最高司令部以天堂基地为据点，依然拥有着很强的实力。米娅无意中偷听到了杜朗达尔和雷的谈话，发现议长其实一直在监视着阿斯兰，于是匆忙赶到阿斯兰的住处，劝阿斯兰顺从议长的意愿。经历了许多事之后，阿斯兰终于看清了议长的真面目，但就在此时，保安部的人已经来敲门了……