申公豹以为哪吒已经除去，从陈塘关抓走了三百壮丁。可是，石矶并不相信哪吒真的死了，她从朝歌把妲己(九尾白狐)找来，安排下诡计。

哪吒被小龙女救起。小龙女帮助哪吒寻找混天绫。哪吒开始了海底奇遇。他和小龙女摘下龙宫的红锦缎；逃脱了虾兵追击；哪吒终被海带林困住。

小龙女救哪吒出了海带林。二人决定去海底花园寻找混天绫。石矶把九尾白狐变成一只水狐狸，让她进海中跟踪哪吒，见机行事。海底龟丞相预见到有异物进入，加强防备。

哪吒和小龙女机智地穿越大海沟。他们在海底花园见到了龙宫至宝——龙珠，立誓成为最好的朋友。在龙三太子的藏宝库里，哪吒终于找到了混天绫。但是，龙三太子赶到，要哪吒放下宝物。

更可怕的是，九尾白狐一直尾随着哪吒和小龙女，此时，她正靠近龙珠……

哪吒反将龙三太子关进自己的宝库中，但是他和小龙女又被赶到的龟丞相拦住。哪吒为回到陆地救家里人，一个人离开。

此时九尾白狐偷走了镇海龙珠。龙王回宫后，龙三太子将罪责尽数推到哪吒身上，小龙女也被盛怒的龙王关进海底黑屋子。由于海底失去龙珠，四十九天内将变成一片荒芜，龙宫和哪吒的关系变得紧张。

龙三太子来到陈塘关，将哪吒骗下东海。哪吒一入海底，就被众兵将团团围住，哪吒被当成偷龙珠的贼，他有口难辩，只能和虾兵蟹将打了起来。

哪吒先后与巨虾、夜叉李、龙三太子大战，并救出了“人质”小猪熊，哪吒怒拔龙三太子的鳞片。

在哪吒和小龙女逃离的时候，两人又被大鲸鱼吞进肚中。好不容易出了鲸鱼肚子，哪吒又被龙王的水晶盒关了起来。

不管哪吒如何为自己辩解，海底一致认定是哪吒偷了镇海龙珠，连小龙女也半信半疑，这令哪吒大怒。他击碎了水晶盒，大闹龙宫。

哪吒回到岸上，正要回家，听到了妈妈悲伤的歌声，伤心极了。这时，一团乌云向陈塘关飘来……

龙王降罪陈塘关，哪吒与他顶撞，但李靖胆小怕事，甘愿承受鞭打，以息事宁人。

李靖藏起了哪吒的宝物。龙王闻讯，要水攻陈塘关。殷氏相信儿子，将宝物交还哪吒，哪吒来到海上，打败龙王，强迫龙王答应不再寻仇。

李靖带着哪吒向龙王赔罪，哪吒不情愿，李靖打了儿子。龙王并没有因此满意，他上仙界企图向女娲告状。谁知，哪吒早化装成女娲的仙童，等在那里。

哪吒对龙王的言而无信非常生气，他痛打龙王，龙王被迫变成小蛇，跟着哪吒到李靖家，向李靖道歉。龙王愤愤离去后，李靖又惊又怕，再次打了哪吒。

龙王恼羞成怒，召来了三海龙王，他们决定不惜一切代价除掉哪吒，哪怕是毁掉整个陈塘关也在所不惜。

小龙女在海底黑屋子中听说消息，大为着急，她机智地逃出了黑屋子。细心的她在水晶宫内找到了龙珠失窃的线索，她急于赶到陈塘关，向大家证明哪吒的清白。 四海龙王气势汹汹，兵临陈塘关，逼迫李靖交出哪吒。