姬发被抓了起来。哪吒前去营救，发现狱中竟是自己的父母！原来，申公豹知道哪吒不好对付，竟把李靖和殷氏抓来，企图令哪吒就范。

愚忠的李靖让哪吒杀死姬发，向纣王悔罪。哪吒面对姬发，无法下手，因为他正是从姬发那里，真正懂得了爱和信仰的含义。刑场上，哪吒不但没有杀死姬发，反而再次救了姬发。但是，李靖竟用玲珑宝塔压住了哪吒。

第二天一早，姬发将被炮烙示众（妲己想出来的新刑罚），而哪吒被关在塔中。深明大义的殷氏彻夜难眠。

殷氏偷出塔针，救了哪吒。哪吒再劫法场。李靖知道一切已不可挽回，与殷氏双双就擒，准备被炮烙。太乙赶到，救出夫妇二人。

纣王迁怒于奴隶，命申公豹杀死全部西歧奴隶。姜子牙率奴隶们拼死一战，他们打得过官兵，却打不过石头妖怪……

哪吒和姬发终于进入地下迷宫，几经周折冲进密室。然而，大地之脉的最后一个花瓣已经凋谢，石矶与大地之脉合为一体。只要哪吒攻击石矶一下，地上就会山崩地裂。哪吒无法动手，石矶打伤了哪吒，将他逼到角落……

哪吒和姬发为保卫龙脉，在地下密室大战石矶。胜负未定时，双方在密室发现了盘古石，一方保护，一方争抢，经过一番殊死搏斗，盘古石最终被击裂，哪吒和石矶一人得到了一半。与此同时，山崩地裂，地下密室爆炸了。原来，盘古石正是龙脉的结晶，盘古石裂成两半，大地经脉混乱，天下再无宁日。只有盘古石重新复原，天下才能太平。由此引出了整个第三部的故事。

姜子牙等人乘乱组织部分奴隶冲出了朝歌。哪吒和石矶两败俱伤，哪吒被气流冲到歧山，所幸得到山鬼和龙须虎的细心照料。与此同时，石矶为控制天下，指派申公豹和妲己前往歧山偷盘古。

哪吒与纯洁善良的山鬼和龙须虎成为好友。他不知道盘古的重要性，结果申公豹和妲己钻了空子，从小猪熊手中偷到盘古。所幸太乙及时赶到，抢回盘古，并告诉哪吒盘古的重要性。哪吒立刻要找石矶夺回另一半盘古，大家劝他先把伤养好。

石矶首战不利，她施展诡计，骗取了擅长变化的二郎神杨戬的信任，请他前去盗取盘古石。

杨戬来到歧山，变化成小猪熊偷了盘古。哪吒等人大急。

山鬼无意中撞见杨戬游泳，对他心生好感，不成想发现正是杨戬偷取了盘古。众人围追杨戬，山鬼布下大雾，杨戬在山林里迷路，并失足落入山涧。

山鬼救了受伤的杨戬，但杨戬听信石矶的谎言，仍以哪吒、山鬼等人为坏人，和哪吒兵戎相见，两人不分胜负。

为了对付山鬼的雾阵，申公豹去请风生兽。

哪吒和杨戬为争夺盘古石斗了起来。山鬼不愿他们任何一方受伤，只好再下大雾。这时申公豹引着风生兽来到，驱散了浓雾。不仅如此，申公豹要用风生兽将歧山吹垮。

哪吒到百草仙山借来可以定风的菖蒲草，可是杨戬变成风生兽，骗得了菖蒲草。哪吒和杨戬大战，二人打来打去，变来变去，棋逢对手，二人不觉惺惺相惜，真是不打不相识。杨戬将昌蒲草还给哪吒，让哪吒定风救歧山，但声明他还是要来抢盘古石的。