大明王朝正德十四年（公元1519年），时局动荡，风雨飘遥。武宗正德皇帝病危，喝下太医华南的药汤后吐血而亡。张太后下令处置华南。华南觉得武宗死得蹊跷，便带着自己的医簿连夜逃出。武宗无子嗣，朝廷按明朝祖制，湖广安陆就藩的兴王朱厚熜被定为皇位继承人。

此时朱厚熜却得了寒热怪病，经湖广蕲州名医李言闻救治，病情转危为安。在母亲蒋王妃的安排下，朱厚熜抱病坐囚车赶往京城。李言闻携幼子李时珍和大夫徐长民一起护送朱厚熜。一路上危机四伏，腥风血雨，这一切在童年李时珍的心灵里留下了深深的烙印。

在这场长达三年的“大礼仪”之争中，朝中与嘉靖作对的大臣有的被贬官，有的被流放，更多的被杖毙。正直忠勇的李言闻为几位杖刑受伤的大臣疗伤，并且暗地里将杖刑致死“罪臣”张慎之子张行义收为养子，改名为李行义。这惹怒了蒋太妃，且被逐出京城。李言闻携李时珍和养子李行义回到家乡蕲州。

十多年之后，李时珍和义弟李行义，还有李言闻收养的好友之女斯语都长大成人。李行义跟着李言闻学习医术，李时珍则按照父亲的要求一心科举，只能暗地里偷学医术。李时珍入书院的第一天因抢了荆王世子朱成翊的风头，从此便成了朱成翊的眼中钉。在书院时间越长他与朱成翊的积怨越深。在王府的干预下，李时珍不得不退出书院，回家自学。

不久，朱成翊的爱妃因喝了李言闻开的药后暴亡。朱成翊要斩李言闻，幸亏荆王府郡主朱苌葶出面求情。朱成翊答应给李家三天时间找出原因，否则定斩不饶。李时珍和李行义通过朱苌葶找到世子妃用过的药渣，发现里面少了一味叫黄精的药，而多了一味不知名的药，这让兄弟俩大为疑惑！

面对王爷和世子的审问，药店掌柜拿出一本药书《本草别录》证明黄精就是钩吻，二者为同一药。李时珍情急之下从身上掏出黄精和钩吻，让王府当场验明，两味药分别让两头牲畜吃下，结果吃了黄精的安然无事，吃了钩吻的则当即毙命。药店掌柜被斩，临死前要家人烧了所有的本草书籍。世子朱成翊依旧要斩李言闻，郡主再次相救。大堂之上，李时珍发现苌葶郡主似曾相识，但一时没想出个头绪。李时珍从此背着父亲研习古今药书，发誓写出一本准确的本草书籍来。

世子朱成翊自爱妻去世后就常常在翠花楼酗酒鬼混。王府祭祖大典在即，世子的随从何三求郡主出面把世子朱成翊叫回家。苌葶答应了何三的请求，但要何三带她去见李时珍一面。李时珍和苌葶相见互诉衷肠，然后一起去翠花楼找世子。面对醉生梦死的哥哥，苌葶痛楚万分。世子醉眼朦胧，见李时珍在场，便好一番羞辱。李时珍拂袖而去，对父亲发誓不再见苌葶

朝中大臣严蒿托人来荆王府为公子严世蕃说媒，这正中王妃下怀，世子和王爷、王妃一起向郡主苌葶施压，苌葶不为所动。王妃不得已答应女儿，如果李时珍考取功名，便同意这门婚事；如果李时珍考不中，苌葶便乖乖嫁到严家。李时珍去武昌参加乡试，偶遇楚王世子并与他结为至交。朱成翊为拆散李时珍和苌葶这对恋人，让何三想办法让李时珍落榜并身败名裂。