李时珍的痛苦和茫然使斯语感觉到自己成了李时珍感情上最为沉重的负担，于是决定远嫁他乡。就在斯语含泪嫁人时，李时珍幡然醒悟，追回了斯语，两人终于结为夫妻。

嘉靖康复后决定搬去西苑万寿宫，朝中大小事务由严嵩代为料理。离开皇宫前他特意召见了杨雪英，并且将她留在身边加以宠幸。李行义在冰冷的宫中刚刚萌生起来的爱情，又被嘉靖占有，新仇旧恨使李行义怒火中烧。

太子在册封大典时因服用丹药而亡。李行义按舅舅老焦的苦肉计供出道长和老焦，道长和老焦被处死，李行义赢得嘉靖信任，被提升为道长。杨雪英为嘉靖怀上龙种，被皇上册封为敬妃。不料遭情同姐妹的张惠妃暗害，杨雪英流产，从此被嘉靖冷落。

又是十几年过去了，已经三十多岁的李时珍告别父母妻儿，来到楚王府担任奉祠正一职，因为治好了楚王儿子的怪病，得到楚王的赏识。

李时珍为了完成修本草大业，请求楚王推荐自己进太医院。楚王答应了，推荐李时珍进京报考太医院，并告诉他考太医院要过严世蕃这一关。

李时珍来到京城，在高拱府上找到了父亲的旧友太医院院使徐长明，并与徐长明一道为高拱诊断出多年的顽疾，深得高拱赏识。李时珍在高拱的引见下拜会了裕王，裕王乐意推荐李时珍进太医院。李时珍的推荐信经杨洪勤之手送到严世蕃手上，严世蕃气急败坏，暗示杨洪勤在考场上好好“对待”李时珍。

太医院考场上，李时珍第一个交卷，杨洪勤正欲做手脚，恰好徐长走进考场，表示要与杨洪勤共同监考。前面各科考试李时珍考试成绩均在第一，但最后一轮辨药考试中，因为杨洪勤偷梁换柱，使得李时珍中计失误。李时珍的名字被严世蕃从考生中划掉。后来，因为裕王和高拱出面力保李时珍，严嵩为了平衡各方势力，命杨洪勤将李时珍录取为太医院实习医师。李时珍终于如愿进了太医院。

接着，被录用的实习医师们在杨洪勤的带领下熟悉每一项宫廷礼仪和太医院的规矩。在实习过程中，李时珍虚心求教，隐忍苦学。

嘉靖授意李行义给张惠妃服食一种强身健体的丹药。杨敬妃为了复仇，与李行义密谋决定在张惠妃的饮食中做手脚，让丹药和饮食相冲，使张惠妃生发毒疮且皮肤变得粗糙。疮毒怪异，太医无人能治。

太医院有规定，实习生犯小错两次，大错一次将被逐出太医院。杨洪勤为赶走李时珍，决定让李时珍为张惠妃治病，徐长明想制止却没有成功。可没想到李时珍不负众望，治好了张惠妃的病，打破了杨洪勤的如意算盘。嘉靖要奖赏给张惠妃治病的太医，杨洪勤却说是太医院集体的功劳。徐长明按张惠妃的意思安排杨洪勤告假，而让李时珍做了她的主治医官。

李时珍治好了张惠妃的病并用水果汤汁等办法使惠妃恢复了往日的容颜，之后，李时珍还查出了毒疮的病因是张惠妃服食的丹药和近期食用鹿肉相冲，不禁心生疑惑。就在这时李行义约见了将李时珍，兄弟俩相见，悲喜交加。李时珍抱怨李行义既然还活着，为什么不让家人知晓，李行义以自己伺候在皇上身边随时会有不测，不想让家人再一次为自己伤心加以搪塞。李时珍不再计较，却质问惠妃娘娘的丹药和饮食，李行义承认是自己大意并要求李时珍为此事保密。李行义嘱咐李时珍不要让他人知道他们之间的关系，这让李时珍很是不解。

张惠妃病好如初，令杨敬妃大为恼火，并迁怒于李时珍，然后自作主张与杨洪勤合谋欲将让李时珍赶出太医院。

李行义知道后大怒，让杨敬妃找到杨洪勤下令一定要留住李时珍。

不久朝鲜太子来访，李行义找到严世蕃并暗示他若嘉靖立裕王为太子，日后登基必定倒严，若立窝囊的景王为太子则对严家无后患，严世蕃苟同。自此，李行义利用严世蕃开始了他另一复仇的险恶计划。

嘉靖与大臣商议接待朝鲜太子一事，按长幼秩序，本应由长子裕王出面接待，但在严世蕃等人的干预下，嘉靖让裕王和景王两位王子出面接待。由于严世蕃的“言传身教”，景王在朝堂之上的表现令皇上大喜，让众臣惊异。当朝堂上众臣答不出朝鲜太子随行医生的提问时，嘉靖十分尴尬。景王此时提出让父皇同意他师傅李时珍来解答。李时珍的精辟陈述，使朝鲜使者心悦诚服。景王请求皇上同意让太医院重修《本草》，这令李时珍心花怒放。