李时珍一次又一次地破坏了李行义和严世蕃的诡计，这让他们很是恼火，于是他们设下圈套，让李时珍误闯苌葶为皇上祈福的禁地，犯下欺君死罪。皇上知道此事后欲将李时珍处死。苌葶为了保全李时珍的性命，同时减轻自已的罪责，将自已双眼毒瞎，还将自己和李时珍的过去讲给嘉靖听。皇上听了苌葶的故事，放了李时珍。李时珍和斯语对长葶的自残愧疚不已。

这时裕王病情又出现反复，李时珍再次给裕王诊治，并发现了裕王中毒的原因跟师傅华南记载的武宗皇帝中毒的原因完全一样。

李时珍发现景王所用丹药中有致人上瘾的火麻仁，便找到李行义质问。而此时的李行义正准备对嘉靖下毒手，他知道最后关头已经来临，不能让李时珍再阻拦自己的复仇大计，便将李时珍约出郊外，劝李时珍不要管自己的事。李时珍则劝李行义摆脱心魔，回头是岸，两人发生争执，混乱中李行义将李时珍推下山崖。

嘉靖回过神来之后，决定严惩背叛者。景王被关入大牢，从此疯了。在皇宫大殿，嘉靖当着李行义的面将有毒丹药赐给杨敬妃吃下，眼睁睁看着她吐血而亡。然后嘉靖质问李行义为什么要害自己。李行义如实相告，自已是为家人复仇。嘉靖将李行义关入死牢，自己也因此一病不起，传李时珍前来医治，却发现李时珍已失踪。

斯语和黄一丰等人四处寻找未果，焦急万分。

嘉靖病愈后看见发疯的景王，便交待崔方，让他离开人间少受些罪。然后召见李时珍，想让他为自己寻找长寿之法，但李时珍却向皇上提出自己已经决意要离开太医院，回家乡去安心修本草。嘉靖无柰，同意让李时珍离去。李时珍离京之前，将一本医药笔记交给徒弟金基泰，让他带回朝鲜，将中华医药学发扬光大。

李时珍回蕲州后，费尽周折将苌葶接回，与家人团聚，然后带着儿子建元和徒弟庞宪等人专心编修《本草》，他们还辗转湖广、江苏等地，历尽千辛万苦，寻医问药，为修本草收集第一手资料。万历六年，六十一岁的李时珍终于完成《本草》编修，并取名《本草纲目》。

为了此书付印，李时珍带着黄一丰东奔西走却到处碰壁，顾先生出面请王世贞为此书写序。万历十八年，金陵藏书家胡承龙见到《本草纲目》，并欣然应允出资刻印此书。此后不久，李时珍和斯语先后去世。

三年后，《本草纲目》全部刻印完毕，苌葶满意地离去。李时珍儿子建元将这部巨著进献给神宗皇帝，神宗派使者将《本草纲目》送往大明邻国，并流传至世界各地。《本草纲目》不仅对中医药学具有极大贡献，而且对世界自然科学的发展也起了巨大的推动作用。