李时珍来到考场，却因错过时间不得进场，但他急中生智利用楚王世子赠送给他的腰牌总算进去顺利参加了考试。

贡院的阅卷房内，当主考官冯天驭对一份卷子大加赞赏之后，很快又看到了另一份内容与之完全相同的卷子。这让他顿生疑惑，很快查出这两份卷子分别是李时珍和一个叫乔生的。乔生已经不知去向，李时珍被抓来审问。面对一身正气的李时珍，冯天驭相信不是他作弊。经过周密地调查，他终于明白是荆王府在陷害李时珍。冯天驭不敢得罪荆王府，明确告诉李时珍是冤枉的，但他也无能为力。他劝李时珍三年之后再来考试，那时一定帮他。李时珍见官场黑暗，无心涉足仕途，便断然拒绝。

李时珍落榜还被扣上个舞弊的帽子，回到家中，几乎崩溃。从小一起长大并一直暗恋李时珍的斯语，在李时珍房门口守了三天三夜也不见他出房门半步。苌葶出现，一番话让李时珍含泪走出房门。斯语见状，十分伤心。苌葶对李时珍的信任使李时珍重新燃起生活的信心，他们相约私奔远走他乡。朱成翊良心发现，被妹妹和李时珍的爱情所感动，帮助他们逃出了蕲州。

但是，李时珍和苌葶几经周折，历经磨难，终究未能逃脱王府的追捕。苌葶在路上染病，被抓回之后便卧床不起。李时珍在王府遭受酷刑，加上担心长葶，气郁致病已是奄奄一息。李言闻和李行义到王府求情，李行义要求自己留下代兄受罚，让病危的哥哥回家治病，荆王准许。

荆王府派人要李言闻到王府为苌葶治病，李言闻两难。斯语主动请缨并立下生死状代父去王府为苌葶治病。李时珍在父母的精心照料下病情有了好转，长葶经李行义的治疗和斯语的心理疗法重现生机，王爷守诺将李行义、斯语放回家中。

李时珍科考失意，爱情破灭，灰心到了极点。李言闻决定让李时珍学医，这让李时珍又燃起了生活的热望。李父教导李时珍医药知识和处世为人的道理。一年一度放花灯的日子到了，苌葶借口出来放花灯在湖边与李时珍相遇。俩人约定，等明年王府祭祖大典之时再次出逃，这一年苌葶决定做个乖乖女，要李时珍好好学医，将来好养家糊口。

福成药店内，漂亮的村姑庞玉兰来为弟弟求药，被荆王府的管家何三调戏，幸得黄一丰救助。黄一丰将玉兰引见给李时珍，由李家为其弟诊治足疾。

朱成翊与本地巡抚听惠民局主管杨洪勤说宫中每年要进大量蕲艾，认为这是个赚钱的路子，于是吩咐家丁将乡民的庄稼拔掉，强逼乡民改种蕲艾。李时珍发现乡民改种蕲艾后口粮没有保障，便向父亲学习种植蕲艾的方法，努力提高蕲艾产量，产量提高后可一半土地种蕲艾，一半土地还可种庄稼。

因蕲艾制作方法不对，百姓卖给惠民局的蕲艾又被如数退回，百姓怨声载道。李时珍在邻村走访学习蕲艾制作方法时得知附近山上住着一位制艾高人，便独自上山寻找求教。几经周折，终于如愿见得一个叫华南的高人，也就是第一集里从皇宫出逃的太医吴浩然，他却断然据绝了李时珍拜师学医的请求

李时珍守在华南屋外不肯离去，最后，华南被李时珍的诚心和人品感动，答应收李时珍为徒。

李行义发现蕲州出现了几例肺瘟，因为此瘟疫非官府的阿胶不能治愈，于是赶紧报告惠民局。惠民局主管杨洪勤联合知府和巡抚趁机向朝廷要钱，将几例的肺瘟患者谎报为几万例，于是，朝廷下拨买阿胶除疫的银两全进了这三人的腰包。杨洪勤拿着大把的银票到京城找到严世蕃，买了个太医院院判的官衔。杨洪勤的下属李堂提拔为蕲州惠民局主管。

不久，一场规模空前的肺瘟再次席卷蕲州，而朝廷除疫的银子早已下拨。杨洪勤无奈之下找到严世蕃问计，严世蕃要求他发动当地药商捐钱捐药。药商无计可施，只好用假阿胶充数。

李行义发现惠民局用假药除役，义愤填膺。李时珍得知瘟疫在整个蕲州蔓延，想请华南下山相救。华南似有隐情，不愿下山。李时珍无奈之下只身下山救助染病的百姓，就在李时珍与施舍假药的官员发生冲突时，华南突然出现，帮李时珍摆脱困境。没有阿胶，李时珍与华南用罗汉果研制出一种药有很好疗效，疫情得到有效的控制。

福成药行的何三一伙仿效李时珍的除役药丸，制假贩假，害死不少百姓，李行义与黄一丰决定要找到他们出售假药的把柄。李行义只身前往福成药行，发现那里正在大量制作假阿胶，不料被何三发觉打昏。当何三派人将昏厥的李行义拖至郊外的悬崖顶正准备抛下悬崖时，李行义被一直在暗中保护他的舅舅老焦相救。老焦带着李行义回到了久别的京城，从此，李行义在舅舅老焦的指引下踏上了一条复仇的不归路。