李时珍被景王在朝堂之上当众称作师傅很诧异，景王谦恭一定要拜李时珍为师，两人谈论重修《本草》一事。李时珍对景王十分敬重，且充满期望。

朝鲜太子在参观太医院时突然晕倒，经李时珍就治，病情好转。朝鲜太医金基泰对李时珍的出色表现十分敬佩，要拜李时珍为师。李时珍表明自已只是一名实习医师，还没有资格收徒。

三个月的实习期满后，李时珍顺利拿到太医院颁发的行医腰牌。此时山东上报发生瘟疫，皇上招大臣商议，决定派李时珍去山东除疫

李时珍带着一班人马去疫区与来京城的斯语一行擦肩而过。斯语在京城的家中遇到自称李时珍徒弟的金基泰，得知李时珍的去向。斯语把孩子交给黄一丰和玉兰照看去找李时珍，金基泰执意随行。

疫区不断扩大，重灾区已被官府隔离，李时珍冒死在重灾区救治百姓，得知斯语也来到疫区，便来到临时用来隔离疫区的护城河边与斯语隔河相会。官府规定隔离区一律只进不出，疫区尚未染病的灾民想逃出疫区被官兵射杀无数。李时珍为安抚百姓，当众饮用被污染的河水，说自己也染病毒，大限只有七天，要百姓相信他七天定能治好染病的百姓。暴乱平息。李时珍吩咐斯语和金基泰，能治好瘟疫的药方尚缺灵芝，让他们无论如何要在七天之内找回灵芝。

斯语和金基泰奔走深山，惊奇地发现本是盛产灵芝的地方却找不见灵芝，一位采药老农告诉他们灵芝已被朝廷征收。二人赶紧抄近路追赶朝廷征收灵芝的车队，斯语从山上摔下来被苌葶率领的车队相救，苌葶得知李时珍尚在疫区，火速赶来。李时珍此时已感染了疫情，情形危急。苌葶做主将御药灵芝全捐献给了疫区。斯语和金基泰说动官员进入隔离区，李时珍和百姓得救，疫情也得到了控制。

有人告李时珍动用御药，罪当杀头，可是皇上念李时珍除疫有功，提拔为太医院吏目，赏白银百两药材百斗。李时珍和家人团聚，在李时珍帮助下，黄一丰和玉兰开起了药膳馆，生意红火。

严世蕃找到景王，拿出一摞戚继光抗倭的捷报劝说其赴前方督战，景王心生畏惧，不愿冒险。严世蕃说景王只要有了战功，朝廷上下当刮目相看，立太子就顺理成章，若怕瘟疫，就让李时珍同行。景王答应，于是向嘉靖请求去前线督战。嘉靖十分欣慰。李时珍到景王府与景王商议修本草一事，景王便采取激将法使李时珍同意随自己出征。李时珍答应跟随景王让裕王高拱等人大为反感。

景王要演一出与战士同甘苦，共患难的闹剧，又担心吃不惯士卒吃的伙食，便命徐管家做一批吃肉不见肉的食品随身携带。徐管家和景王府的厨师们如热锅上的蚂蚁。热心的黄一丰决定帮徐管家一把，几经试验，黄一丰和玉兰终于发明了一种美味的饼干。黄一丰要李时珍品赏自己的杰作，并告诉是徐管家所托为景王特制，当即招来李时珍一顿责骂，他坚持认为景王不是那种贪图享乐之人。

李时珍在渐江前线见景王慷慨陈词，暗暗庆幸自己遇到了明主。一天，李时珍在营帐内为一位受伤的旗兵治伤，得知戚继光精心设计的一场破敌战术，竟让胆怯的景王给搅了，戚家军损失惨重。李时珍大为疑惑。当晚，又从景王随从徐管家处得知景王的确没有和将士们同甘共苦，而是只吃黄一丰为他特制的饼干，还听到景王要管家去贿赂戚继光帮忙掩盖他在战场上“丑事”，李时珍失望之极。戚家军最后组织夜间偷袭成功，大胜敌寇，景王班师回朝后受到皇上封赏。

景王府办起庆功宴，李时珍心灰意冷，拒绝与景王、严世蕃之流喝酒，不欢而散。李时珍来到十珍斋见黄一丰与徐管家等人结拜兄弟，并劝李时珍入伙。李时珍一气之下，掀翻了桌子，不顾黄一丰的求情赶走了徐管家等人。黄一丰生气，要与李时珍绝交。

景王原形毕露，修本草的计划落空，李时珍陷入了深深的痛苦之中，他告假在家中。金基泰领来一名绝望的口腔病患者，李时珍无能为力，他的神情让患者更加绝望了。患者走后，李时珍自责不已。不久，那位康复的口腔病患者奇迹般出现在李时珍面前，李时珍羞愧难当，当他得知是一老和尚治好了被他判了死刑的患者后，便赶紧去找到这位叫八戒的老和尚，向他求教。可老和尚并不懂医，他只是凭别人给他的一个方子治好了不少病患。老和尚的生活态度感染了李时珍，二人成为了忘年交。黄一丰负气出走后醉倒于街头，被李时珍救回家中，兄弟俩重归于好。

北部边关告急，李行义向嘉靖建言此战非皇家龙脉督战才可取胜，皇上觉得有理。严世蕃再进景王府游说，景王胆怯装病推脱。