恭亲王力主按照西方各国海上行船的惯例，各舰都要悬挂国旗，由恭亲王和几位军机处大臣共同设计国旗图案，从此大清有了自己的国旗。恭亲王为了建立大清自己的新式海军，特别委托李泰国到英国购买新式军舰，但李泰国却在和约中暗伏陷阱，令大清非但购买了老旧的舰只，而且丧失了舰队的控制权，恭亲王与李泰国几经谈判，终于达成了《五条章程》，朝廷内部关于此次舰队风波展开激烈辩论。而七爷终于得到了第一个儿子，取名载湉，却不知道为异日埋下了大清巨大变化之根。恭亲王启程去上海巡视，慈禧送给他护身符，流露出别样情怀。恭亲王应如何自处?

恭亲王巡视上海，第一件事罢免了李泰国，重新任命赫德为总税务司，逼迫李泰国终于收回了最早的图谋。恭亲王秘访上海机器局，查清内部隐藏的贪污分子，将之处决。恭亲王顺利的结束了上海之行，也用行动堵住了那些顽固派的悠悠之口。慈禧面临即将归政的日子内心感觉恐惧，而小安子为了和小李子争宠，炫耀自己的忠心，执意下江南采购，而慈禧也有意利用小安子出宫试探朝廷对自己的态度，于是太监公然出宫这一行动就如箭在弦上，即将发出。

恭亲王和顽固派斗争进入新一轮，同文馆始终处于四面楚歌之中。恭亲王师傅贾桢临死之前叮嘱恭亲王不要坚持自己的立场，要妥善处理自己和顽固派的关系。浙江巡抚左宗棠来拜访恭亲王要辞去自己的职务，被恭亲王苦苦劝住。恭亲王以退为进，保荐倭仁作总理各国事务大臣，令倭仁进退两难。经过文祥暗中与小李子的斡旋帮忙，左宗棠终于顺利见到两宫太后，被委以主管水师的全权。慈禧宠信的太监小安子偷偷出京的事件爆发，成为东太后、恭亲王，山东巡抚丁宝桢与慈禧斗争的舞台。丁宝桢就地处决小安子，慈禧无处发作。

慈禧偶然之间得见六额驸景寿，将大公主白灵许配给六额驸的儿子，却不知道已经埋下了日后深深的裂痕。时间到了同治十年，推迟已久的同治大婚和选秀提上了日程。恭亲王总算盼到了这一天！但没有料到整个选秀过程一波三折，最后同治却是看上了慈安选出来的皇后，这引起慈禧强烈不满，埋下日后同治惨死和两宫恶斗的隐患。

根据同文馆翻译出来的日本书籍来看，日本现在正在大力发展重工业，他们现在的经济实力增长，是相当的快，恭亲王忧虑大清若不奋起直追，就要四面受敌。但此时儿子载征却同已婚女人厮混在一起，引起父子强烈冲突。日本用欺骗的方式将大清国土流求变为日属领土冲绳县，恭亲王为自己一时疏忽只有徒呼奈何！同治在母亲的重压下生活痛苦，被迫放弃自己喜欢的女人。

同治因压抑而在烟花之地出没，染上了花柳病。而载征就是陪着皇上四处寻欢之人。恭亲王为此向慈禧负荆请罪。而皇帝的老师翁同稣，倭仁等人则引诱同治对付恭亲王。而白灵大公主守着一个残疾男人的苦果也只有由心亏的恭亲王自己吞咽。此时慈禧暗示同治重修圆明园。