同治执意修建圆明园，和朝中众多大臣对立，恭亲王为了社稷，当头反对皇帝冲动的决定，要想整顿当今的海防，除了变法之外，还需改变用人的方法，代代相沿的科举取仕制度并不能培养出懂洋人玩意的人才，需要的是另建新式学堂，培养新式人才，唯其如此，方可真正强兵富国，重振大清国威。可为此却引起轩然大波。

由于恭亲王反对自己，同治命令传谕旨，说恭亲王朋比为奸、谋为不轨、阳奉阴违、把持朝政，着即革职！恭亲王被罢免，朝廷无法正常运作。慈禧借此机会重新出山，收回了同治的命令，重新启用恭亲王，无形中又让权力的天平向自己倾斜。恭亲王与日本人谈判，力争应有的权利。同治出天花，恭亲王力争为他请西医治疗，叔侄二人交心清谈，而慈禧却勃然大怒，与恭亲王爆发强烈冲突。同治终于死在慈禧怀里。

由于大行皇帝又没有储君，恭亲王在立嗣的问题上主张并恳请两宫皇太后在进支的子侄里择贤而立，入承大统。但慈禧却变更祖宗法制，要为同治立兄弟，因此二人又爆发激烈的冲突。而同治皇后则朝不保夕的度日如年。

慈禧和恭亲王的冲突在暗流中汹涌，所有的矛盾冲突焦点集中在同治皇后的大肚子之上。而同治皇后将遗诏藏在鸟笼之中，皇后认定这份遗诏非得等肚里的孩子出来了才有用，只有熬到他出来后，才能真正地扬眉吐气。但遗诏却被慈禧所毁。希望瞬间破灭。而恭亲王却束手无策。

同治皇后狡兔三窟，藏有第二份遗诏，但又被慈禧所毁，皇后就这样惨死在慈禧的威逼之下。而恭亲王最后为了大清的前途，只得同意了慈禧的决定。四岁的光绪被抱入宫，历史进入了光绪时期。

马嘉理事件爆发，马嘉理上校带来荷枪实弹的武装人员，一路横行，还无故打死大清百姓，但被英国人讹诈，恭亲王追踪到天津，巧遇肃顺的女儿肃尹，因而驱使争斗进入白热化。