噶礼为彻底打击张伯行，发动富商家眷，进行抬棺撒冥纸抗议，包围张府令其断炊；而百姓为声援清官，自发送来果菜，张伯行虽然艰苦，却只留下一束青菜，一块豆腐，在场众人无不感动，民众对立情绪逐渐扩大！

噶礼之母从京城返回江宁之后，看到张伯行门前的景象，从学子口中知道这些均为自己儿子所为，怒斥其子。

曹寅指使手下燕山乔装打扮做人犯，在江宁大牢里打听到陈天立死前，其外甥司狱郭恒与他有过接触，到郭家一查，郭恒却已经被人吊死屋中。

贾师爷奉噶礼之命前去给谢小玉提亲，实际上是要谢小玉给明珠做小妾，将谢小玉当成厚礼送给明珠。

钦差张廷枢回京复命之时，一口咬定张伯行有受贿之嫌，康熙龙颜大怒，将其打入天牢。三位钦差皆让皇上失望，康熙下旨命将所有案犯押至京城，他决心要御驾亲审此案。康熙阅过卷宗之后决定恢复张伯行的官职，并让他继续监督科场一案。曹寅奉旨带绿林军押解人犯进京觐见皇上。

噶礼欲派人杀掉佟裕贵灭口，幸亏燕山及时赶到幸免于死，佟裕贵一并随人犯赶赴京城。伍思贤夫人秀敏为救相公，决定同赴京城再告御状。噶礼为了让伍思贤彻底闭口，下令卓尚德劫持了伍思贤的娘子秀敏，并切下秀敏的一根手指来威胁伍思贤。

谢小玉为了帮助张伯行与伍思贤，假意答应了贾师爷，随噶礼一同赶赴京城。此时的张伯行为了江宁学子，决定赴京见驾。

卓尚德逼迫秀敏给伍思贤写信，秀敏不从，幸亏燕山及时赶到得以相救。丫鬟春梅与伍夫人决定一同上京告御状，找到伍公子。噶礼指使卓尚德去春梅家杀其全家灭口。为让春梅能到京城，秀敏引开卓尚德等人投河自尽。重情重义的丫鬟春梅不惜卖身葬主。

押解人犯进京的途中，学子丁尔戟找到伍思贤鼓励其坚持到底，伍思贤压力之下觉得前途渺茫。应噶礼之命，狱卒在流放李奇的途中杀李奇灭口。

噶礼进京找到明珠，欲使明珠在皇上面前为自己说话，遭到明珠拒绝。无奈之下他亮出谢小玉这张王牌。中堂大人明珠对谢小玉一见倾心，谢小姐将科场案的前前后后告诉了明珠，希望明珠能秉公执法，救伍思贤和张伯行于水火。

康熙夜访中堂府，巧遇佟裕贵的父亲吆五喝六，感触颇深。

就在明珠将要审科场案之时，夫人为了其侄佟裕贵而说情，噶礼也再次登门请明珠网开一面。明珠态度坚决，为脱己身表示要秉公办理。噶礼看明珠见死不救，无计可施之下，出卖了明珠金屋藏娇的秘密，故意让明珠夫人逼他就范。谢小玉眼见自己无法救伍思贤与张伯行又受明珠与其夫人的双重污辱，心痛不已。

明珠因皇上亲自交代，会同六部九卿官员同审江南科场一案，他们揣摩圣意，将案子所有的漏洞全部堵上。公堂上伍思贤担心妻子遭伤害，再度承认自己是受张伯行的暗中指使而诬告佟裕贵。

伍思贤因犯欺君之罪而被判斩立决，佟裕贵当堂释放，张伯行也因受贿罪而卸职入狱。

康熙万没想到--明珠与六九官员居然会搞出这么一个八面玲珑的杰作，他气得将判决书扔在地上，仰天长叹。

狱中的伍思贤知道是自己连累了张大人，在张伯行的劝说下，终于讲出隐情。而此时的谢小玉也遭到了明珠夫人的迫害。

丫鬟春梅怀带秀敏交给她的重要证物，到京城都察院滚钉板、告御状，终于感动了康熙，就在伍思贤要被开刀问斩的紧要关头，康熙及时制止了行刑，传旨六部九卿，他要在乾清宫亲自重审此案。

深明大义的噶母觐见皇上，为张伯行求情。噶礼从师爷口中得知母亲进京是为了张伯行，一气之下以毒药劝杀亲母。

康熙在乾清宫亲审科考弊案，伍思贤依然不肯说出实情，弄得康熙也十分尴尬，正在此时，曹寅为康熙出谋画策，说只有请出在牢里的张伯行协助皇上审案，此案才能审下去。于是康熙派曹寅到天牢里去接张伯行。

张伯行上堂后对伍思贤谎称他的妻儿都已救出平安无事，解除了他的后顾之忧。于是伍思贤将一切都说了出来， 这时谢小玉也上堂，讲了噶礼如何利用她贿赂明珠。康熙闻之大怒。

燕山抓到了企图杀害丁尔戟的卓尚德，御座前卓尚德供出幕后指使的噶礼。科场案彻底水落石出。

就在将噶礼流放出京城之时，张伯行从贾师爷那里得知噶礼不久前将自己亲生的母亲劝说毒杀的事实，于是禀报康熙，龙颜大怒，下令追回噶礼，凌迟处死。

一场审了两年的科场舞弊案，历经三起三落，牵动朝廷的几百名达官贵人，终于结束了。伍思贤本希望春梅和自己一道回家，照顾他的荣儿，怎料春梅已经卖身，许给一个傻子，令他惆怅不已；而谢小玉本以为能从此追随张伯行，岂料张伯行却以"远女子与小人"为由不肯收留她。

伍思贤带着小儿再去看龙门，对跃龙门有了一番新的认识与见解……