二钦差拷问副主考赵晋，并谎称已经从李奇那里得到口供。赵晋以为李奇已经交待，便说出舞弊实情。陈天立通风报信让李奇逃出江宁。张伯行献计"网开一面"，关闭三面城门，指使总捕头铁云在城外智擒李奇。李奇无奈交待出陈天立等人。总督噶礼恼羞成怒，公堂之上与张伯行针锋相对，科场舞弊案初露端倪。

二钦差以为大功告成，不再查科场之案，众学子俯衙门前聚集，要求此案一查到底。

噶礼恶人先告状，极力在二位钦差面前表示自己的清白，并要求此案尽快了结。

张伯行认定江南科场案依然没有查清，坚持一查到底，但受到二钦差与噶礼的反对。张伯行不肯向他们屈服，决定冒身家性命的危险，与恶势力周旋到底。

就在陈天立要将噶礼夫人收受贿赂的重要证据交给钦差之时，穆和伦为保噶礼通风报信，噶礼狗急跳墙将关键证人陈天立暗杀于狱中，科场舞弊案死无对证。

二位钦差因张伯行与噶礼同时上奏给皇上奏折，查起了两人的问题。穆和伦查噶礼时只是应付差事，并不认真，不料另一个钦差张廷枢却真的查起张伯行来。狱中的李奇受噶礼师爷唆使，故意给张伯行栽赃陷害。刚返回家的伍思贤又被传到大牢，在李奇的威胁下，伍思贤竟违心的做了诬陷张伯行的伪证。张廷枢不辨真假，一道密奏参到皇上那里。

陈天立一死，张伯行派铁云速去验尸，并无端倪。总督夫人受贿的证据无意中落到了伍思贤夫人的手里，被她藏起。

伍思贤因做伪证而内疚不安，私访佟玉贵之后，他才发现原来佟玉贵考试的卷子竟用的是自己答的题。

张伯行的夫人从农村带回江宁城的粮食在路上被噶礼的手下洗劫一空，回家之后又碰见谢小玉夺门而出，不禁有几分醋意。

丫鬟春梅从伍思贤口中得知他与佟玉贵的卷子被人掉包，将此事告与张伯行，张伯行坚持要求钦差大人重调墨卷复查。就在墨卷将要大白之时，噶礼派人一把大火将贡院烧个干干静静。

贡院被烧，考卷无从再查。张伯行让佟裕贵与伍思贤当堂背诵乡试的答卷。伍思贤却当堂翻供，不想再卷入此案之中，被钦差再度关进大牢。伍思贤的父亲因闻儿子被抓。而死于心脏病。悲痛交集的伍思贤在狱中从李奇口中得知他们对张伯行的种种栽赃。更觉心寒。

张伯行只能在家对夫人一诉衷肠。在曹寅的策动下，张伯行决定亲自进京觐见皇上。噶礼闻之害怕，决定除掉张伯行，密派杀手鲁永前去行刺。张伯行的夫人为了保护丈夫而死。

曹寅来到张伯行家安慰失去爱妻的张伯行，两人不约而同的决定抓到科场案幕后的黑手，并要借圣上之手除掉真凶。

噶礼派师爷请来才女谢小玉，以其弟谢大光之事相挟，想让她去张府监视张伯行。心有愧疚的谢小玉得知张夫人已死，主动来到张俯照顾张伯行。

狱中的伍思贤从李奇口中得知谢大光中举并非行贿而是凭了自己的实力，愤怒的伍思贤决定再次翻供，不料招来了更毒的残打。

康熙皇帝接到张廷枢的奏折十分生气，这时江南眼线曹寅一连送来三道密奏，将江宁的实情如实禀报。与此同时，铁捕头正欲抓获杀手鲁永之时，噶礼为了灭口，一箭将鲁永射毙。