总督噶礼为收买张伯行之心，欲购置豪宅给张伯行，被张伯行婉言拒绝。张伯行知道欲破此科场案困难重重，单凭一已之力无法查明此案，便听从曹寅的建议，给皇上火速上奏。

康熙帝接到张伯行的急奏十分震惊，老相爷张廷玉建议皇上从政治大局考虑而接受张伯行的建议，派钦差速奔江南查案，公正处理此案，而让南方的汉族士子归心于朝廷。老中堂明珠却劝说皇上压下张伯行的奏折，不要自己否定自己。康熙思之再三，决定不惜撤回给两江总督府的御赐金匾，派户部上书张鹏翮为钦差大臣，火速赴江南调查。

张鹏翮本与张伯行关系甚密，是他在任河道总督时发现了张伯行并向皇上举荐了他，与噶礼的私人关系也不错，所以他满怀信心地来到了江宁，紧锣密鼓地进了查案。

噶礼听说张鹏翮到江宁之后单独到张伯行家并与张伯行商讨舞弊案一事，生恐此事败露，陈天立、师爷又出一招，派人偷了佟玉贵招供科考舞弊的供状。大堂之上，佟玉贵改了口供，伍思贤上堂作证，却被陈天立诬陷为张伯行的亲眷，张伯行拿出佟玉贵的供状，却是一首小诗，惹得哄堂大笑。

负责保管供状的刑名师爷觉得对不住巡抚大人而投水自尽。张伯行悲愤之余，劝张鹏翮再审佟裕贵，不料当他们到佟府去带人时，却遭到了明珠夫人的阻拦。

因明珠夫人阻拦而无法提审佟裕贵，张伯行只得另辟蹊径，带钦差张鹏翮来到富商程之奎的家，发现新科举人程光奎居然连《三字经》都背不下来。张伯行将程光奎之父贿赂他珠宝之事告诉了钦差，张鹏翮一气之下表示一定要严查到底。

为了灭口，李奇派鲁永再开杀戒，在酒楼杀了程光奎之父，恰谢小玉与伍思贤也在此酒楼幽会，目睹了杀人经过，因怕人发现二人来往而急忙仓皇逃走，成了官府要查找的嫌疑人。

张鹏翮看着此案刚有的线索又被掐断，知道此事必定有诈，决定对榜首八名举人重新复试。

正当张鹏翮要对举人重新复试之时，突然他的儿子匆匆赶来，请求父亲救他。原来，其子由于私开粮仓赈灾，违犯朝廷大律，面临杀身之祸，把柄落于噶礼之手，成为交换条件，令其父不得再审理此案。张鹏翮为救爱子，只得将对榜首八举子的复试改为只公布部分考生的试卷，以谢噶礼大人救其小儿一命。

张伯行得知张钦差为救其子，有难言之隐。力劝张鹏翮以大局为重。不料张鹏翮反查张伯行受贿之事。张伯行带众官来到按察司对证，岂料按察使里只有画而无珠宝轴，按察使陶乃扬矢口否认张伯行曾把珠宝送来过。张伯行一怒之下，自己摘去头上的顶戴花翎。

噶礼充当好人，派人给张伯行去送官帽，三送三拒。无奈之下，张鹏翮只得亲自出马，却遭到张伯行的戏弄。

卓尚德得知母亲为使自己中举而借腹生子后，逼着母亲堕胎而致使其母大出血而死。 这一刺激使卓尚德决定不惜出卖人格也要跃过龙门，得到荣华富贵，于是他认贼作父，当上了李奇的干儿子，帮着李奇来坑害张伯行。

钦差张鹏翮为对科场舞弊案有个交待， 处理了已查实作弊的富商子弟程光奎一人。伍思贤等人不服钦差如此草草了事，上奏张鹏翮，说自己手里有重要线索。

张鹏翮收到伍思贤的帖子，大堂上宣其来提供线索，伍思贤本打算向钦差大人说出李奇，可为保谢小玉一家，只得违心保持沉默。伍思贤的妻子秀敏替夫受过受刑挨了板子。

张伯行知道伍思贤突然变卦必是事出有因，亲自上门到他家去细细盘问却没有收获。

张夫人为炖鸡汤偶然将伍思贤家的丫环春梅带到了府上。张伯行为从伍思贤口中探到实话，留下春梅在家临时帮厨。

张伯行劝说张鹏翮无效，只得自己亲自再查此案。他找到老学政胡润，一番恳切长谈，希望他说出实情。