死亡毒蝎破坏新海力克市之余，仍执拗的企图攻击小邦与阿帕因的洛伊德。小邦差点被荷电粒子炮打中时，获得罗素与薇欧拉的搭救，平安的与航行中的水战巨龙会合。另一方面，一群敌对的洛伊德正向沙漠的秘密工厂接近。此时，水战巨龙的航行予定路线中发现了危险海域。被称为就是梅坦海多雷特的沼气，船只被卷入时可能引发爆炸。哈曼命令迂回绕过，但是这时空中出现多数洛伊德攻击水战巨龙．．．。

水战巨龙为了装备重力炮来到Ｄ博士人等待的皮雷姆登群岛。抵达后，马上展开了装配史上最强兵器的作业。完成后，哈曼委托修巴鲁兹射击测试三发炮弹中的一发。剩下的两发，保留在实际战斗中对付死亡毒蝎。由于炮弹威力太大，一发射就可能让敌人发现藏身之处，小邦三人被派来保护水战巨龙以因应紧急事态发生。

想要发挥最终兵器重力炮的最大威力的话，就必须将敌人引诱到着弹点的中心才行。为此，小邦三人无论如何一定要完成金字塔阵式的训练。在这时候，共和国领地出现了死亡毒蝎，走着小邦过去旅行到帝国的路线，一路进行破坏。于是小邦等人先绕到卡里路高原埋伏死亡毒蝎，展开最后的决战

被小邦等人的超重力炮命中的死亡毒蝎，在开始石化时又被安比恩特合体复活。几乎在同一时间，黑暗凯撒的基地里，被消灭的影子也复活了。共同战斗的雷温才放心没多久，影子又突然对雷温攻击起来。死亡毒蝎从地底执拗的攻击水战巨龙。小邦等人想趁死亡毒蝎再生不完全时，给与决定的打击，不断发出必杀技，可是满身疮痍的死亡毒蝎就像僵尸一样打不死。然后，恢复古代的记忆的菲妮身上也发生了异变。

在黑暗凯撒的基地里，影子对抗史贝奇拉的壮烈战斗正在展开。可是，过去的战友雷温流下的泪水，让影子觉醒过来。这时，消失的菲妮出现了。从睡眠中醒来的菲妮听到黑暗凯撒的声音，注意到黑暗凯撒就是普罗因兹。然后，晓得雷亚赫尔兹是古代都市伊普波利斯的入口。想利用洛伊德伊来完全复活的普罗因兹，强求菲妮打开门扉。另一方面，小邦受奇克引导寻找菲妮的下落，这时地底中出现渐渐复原的死亡毒蝎。

小邦让奇克去接菲妮，自己独自向希尔兹挑战。期间，水战巨龙的舰内正在赶制唯一一发的普拉美达赛多炮。上空则有帝国军的洛伊德编队在等待时机成熟。另一方面，企图征服世界的黑暗凯撒与力杰展开生死决战。这时，中弹的伊普像突然开始发光、破坏暴龙和死亡毒蝎的洛伊德之核接受庞大的热能源，开始发出异样的光芒。