一度在帝国极为活跃的皇帝骑士队的三名洛伊德驾驶员。如今在帝国边境村庄过着退休生活的他们，接到了杀死假鲁道夫的命令。虽然对普罗因兹存有疑心，但三剑客还是决定驾着机甲长牙虎向小邦等人做一对一的挑战。虽然他们勇敢的战斗把小邦压得喘不过气来，但是在激烈的战斗之后，小邦还是赢得了胜利。

小邦等人到达帝都凯卡洛斯。虽然鲁道夫已与宰相荷马雷夫碰面，可是明天就是鲁道夫的丧礼与普罗因兹的戴冠式行的日子。小邦知道普罗因兹在研究古代遗迹，怀疑那里有洛伊德伊普的线索，而与菲妮一同前往普罗因兹的研究所。普罗因兹想要复活毁灭古代洛伊德人的传说中的洛伊德，破坏暴龙。破坏暴龙好像要呼应菲妮的存在一样，开始动起来了。

小邦逃离一心想要得到菲妮的普罗因兹，却又被雷温的屠杀魔龙给挡住去路。超重剑长牙狮对抗屠杀魔龙的激烈战斗就此展开。最后小邦打败了雷温，屠杀魔龙也被摧毁。另一方面，普罗因兹的戴冠式将要开始，鲁道夫等人被迫与普罗因兹派去的军队一战。

戴冠典礼进行时，为了对付赶到的鲁道夫等人，普罗恩兹让破坏暴龙复活，不分敌我的进行毁灭式攻击。共和国的援军抵达，与修巴鲁兹率领的帝国军一起对抗破坏暴龙，可是根本就不是破坏暴龙的对手。这时候小邦登场了。在小邦的活跃与大家的同心协力下，终于打败了破坏暴龙与普罗因兹，让鲁道夫登上皇帝的宝座，使和平重临帝国。

两年后。小邦在库尔卡手下接受洛伊德驾驶员的训练，成长茁壮。菲妮接受Ｄ博士的教育，成为优秀的助手，一边工作一边寻找解开洛伊德伊普之谜的线索。小邦放假返回故乡风之殖民地，与正在遗迹调查的菲妮会合，这时受到来路不明的侦察蛇的攻击。小邦击退了侦察蛇，发现那个洛伊德对帝国与共和国的人马都会攻击。鲁道夫与路易丝命令小帮调查边境地区一些不稳的动态，于是小邦、菲妮与奇克又再度踏上旅行。

在砂漠的杰洛姆镇，小邦与菲妮遇到共和国的炸弹处理部队，其实是想偷出军用资金的盗贼。调查这伙人的搜查官多赛特委托小邦协助逮捕这些人。在驾驶狙击猛龙的多赛特与小邦的协同作战下，盗贼被逼得走投无路…