以未婚妻自许的玛丽安与微服出巡的鲁道夫跑来找小邦与菲妮。可是奖金猎人史丁卡已经把目标对准鲁道夫了。另一方面，玛丽安看出多马对菲妮的单相思，决定用各种办法来让多马得到菲妮的芳心，可是....。失恋受到打击，独自在荒野中徘徊的多马面前，突然出现了屠杀魔龙，并对攻击野牛发动攻势。

多马与雷温交手战斗，结果惨败。小邦知道屠杀魔龙复活的消息，准备因应与雷温的战斗。阿帕因与慕蓓为了协助小邦，也聚集到基地来拟立对策。这时屠杀魔龙出现，与超重剑长牙狮展开激烈战斗。可是影子在战斗中让屠杀魔龙脱逃，变成一个大茧。

在雷多利班基地。成为希尔兹属下的拉尔夫跟缪拉偷出了苍茫翼龙，向共和国的基地发动攻击。应战的小邦等人因这些洛伊德拥有隐形功能而陷入苦战。这时罗素与薇欧拉赶至，展开激烈的空中战斗。苍茫翼龙对抗苍茫翼龙，会是谁胜谁负呢。

小邦与菲妮两人被Ｄ博士找来雷姆利亚岛，本以为Ｄ博士会想出可以打倒雷温的计划，结果Ｄ博士却叫小邦去散散心。于是不得已只好到处闲逛，菲妮却跑不见人影。小邦带着奇克到处寻找菲妮，偶然在洞窟中发现了Ｄ博士的研究室。Ｄ博士说按照遗迹发现的古文书的一个章节记载，传说当两个月亮交会在一起的时候，海底会浮上神秘的遗迹。照电脑计算，这一天就是那个晚上。时间一到，岛屿的水位果然下降，果然现出了海底遗迹。欣喜的众人并不知道，力杰已经在遗迹设下圈套要陷害小邦．．．。

帝国军终于把雷温抓起来。修巴鲁兹逼问雷温，普罗因兹是如何得到屠杀魔龙复活过程中偶然产生的洛伊德破坏暴龙。但是雷温坚持不肯回答。这时候，小邦提议抢在屠杀魔龙破壳而出之前，把光茧破坏掉。进行准备时，战友阿帕因跟慕蓓也赶来帮忙，让小邦高兴不已。可是，众人合力却迟迟无法摧毁光茧，屠杀魔龙新生了..

与雷温战斗中，阿帕因的机动奔狼受伤，逐渐石化，接近死亡。这时候Ｄ博士说有个东西要让小邦等人看看。原来Ｄ博士受帝国委托在秘密开发一个洛伊德。那是以古代洛伊德人的遗产为雏形，让最先端的科学在现代复苏的超高速洛伊德＜闪电豹＞。由于闪电豹的速度太快，无人能够驾驶，还在测试时损伤了纪录战斗资料的头脑─记忆库。于是机动奔狼的头脑就移殖到闪电豹，阿帕因的好战又复活了。