可事情远没有李承乾想象得那么简单。朝廷早已盯上了和齐王勾结的纥干承基，在他们采取行动前就下手将纥干承基抓入大理寺严加审问。纥干承基向李世民告密，检举太子集团谋逆。
很快，太子李承乾和集团的其他成员赵节、杜荷、侯君集就被捕了。李世民亲自提审侯君集，侯君集俯首认罪。李世民念在侯君集是有功之臣，想饶恕侯君集这一次，结果遭到了群臣的反对
在如何处理太子的问题上，李世民还是决定放儿子一条生路。
公元643年，贞观十七年，四月初六，李世民下诏罢黜太子李承乾，贬为庶民，囚禁右领军府。
武才人见太子已经被废，急忙督促李治抓紧时间行动。
李世民认为废了李承乾，自然当立魏王李泰为太子。长孙无忌急忙阻止，说大唐以孝为治国之本，可魏王李泰虽能力很强，却在孝这一方面表现得差强人意。而晋王李治才是最合适的人选。