李三进入军火库的烟囱之后，李毅先发动第一次佯攻，将敌人吸引出来。另一边，北伐军的攻城已经开始，未避免出现不必要的牺牲，方俊生想劝降守城的士兵。没想到这一招还真的起到了效果，一些守城士兵被动摇。张鹏飞控制不住局面，马大帅及时出现，直接开枪杀死了叛逃的士兵，并且进行了最后的训话，这才勉强稳住了军心。李三和李毅里应外合，将敌人耍的团团转，安好炸药后，李三在最后一刻逃出了军火库。逃出大帅府的路上，李三和李毅遇到了张鹏飞，李毅与张鹏飞交涉未果，李三突然出现，挟持了张鹏飞放走了李毅等人，而自己则利用轻功轻松逃脱。张鹏飞向马大帅报告，军火库被炸，马大帅再次向日本人请求借运军火，却遭到拒绝。三十六计走为上计，马大帅让张鹏飞通知家眷，赶紧逃命。马大帅无心迎战，很快北伐军进驻济南城。李三，方俊生，李毅，老王相互见面，北伐军感谢李毅和李三所作的贡献。李三救出了关德禄，从关的口中得知陈宇逃到了日本商会。李三前去日本商会寻找陈宇却中了日本人的埋伏，关德禄也因此牺牲。李三趁深夜潜入日本商会，杀死了龟田为关德禄报仇，并遇到了渡边的养女美子。在美子的帮助下，李三发现了陈宇等人的位置。

山木向渡边报告，龟田昨夜被人暗杀，很有可能是燕子李三所为。此时，日本商会外，方俊生带人前来要人，却在门外和牛岛的部队发生争执，双方火拼。牛岛的部队不敌方俊生的北伐军，最后只好把陈宇等人交了出来。渡边故意放走方俊生等人，为日后日军发动进攻留下借口。陈宇和林副市长被带走后，在街上游街，引发百姓们的一致讨伐。济南城重新恢复到往日的平静，李三和东方玉终于可以喘口气，在大明湖畔享受一丝浪漫。然而好景不长，突然一声炮响，揭开了济南城又一波动荡。日军大举进攻北伐军驻地，而老王却接到了来自上峰的命令，不能和日本人发生冲突，全军撤退。迫于日本人的压力，北伐军不得不放走了陈宇等汉奸。深受打击的马小宛在离开李三等人后，在街头流荡，碰到了牛岛一雄，险些受到牛岛的凌辱。好在李三和东方玉的及时出现，打死了牛岛。牛岛的死，激怒了渡边少将。渡边限陈宇三日之内抓出李三，陈宇情急之下四处抓捕无辜百姓，欲逼李三现身。小七遇到了美子，见美子一脸惊恐，便带着她一起回到李三的住所。陈宇抓了一批无辜百姓，并放话出去，只要李三一日不出现，他陈宇就要杀一天的人。

陈宇拿老百姓来逼迫李三现身，李三的徒弟们纷纷要求和陈宇拼死一战。为了避免更多的无谓牺牲，李三向众人告别，决定只身前往。出发前，李三将翡翠燕子交给东方玉。时限到，陈宇开始杀人。没想到此时小七带着美子出现，自称是燕子侠。小七将美子当作人质威胁陈宇，陈宇最终还是不敢让美子收到伤害，放走了这些百姓。小七看陈宇放走了百姓，示意让美子离开。然而陈宇出尔反尔，抓住了美子和小七。陈宇虽然没有抓到李三，但小七被当作陈宇抓捕李三的诱饵。渡边当众残杀老百姓，李三眼看着无辜百姓死去，欲上前，却被及时赶到的李毅阻拦。日本人不停地残杀中国百姓，最后由于美子第一次开口用日语求渡边停止，渡边这才停下了杀戮。日本人在济南城内肆无忌惮，方俊生想要与他们交火，可又碍于上奉命令，无法和日本人冲突。李毅去和日本人交涉，丝毫得不到任何满意的回答。陈宇严刑逼问着小七，可小七一口咬定自己就是燕子侠。李三带着石惊天等人前来救小七，却中了陈宇的埋伏。

在北伐军的帮助下，李三趁机逃了出来，却遇到了渡边信雄。渡边说本来中国人之间的事情他不会参与，但如今李三杀了牛岛，这件事就涉及到了大日本帝国，他不能轻易放李三走。李三也趁这个机会质问渡边当年杀了自己的父亲一事。渡边要带走李三，李毅出现，为保李三，李毅跟着渡边离开，而李三则交还给了北伐军。李毅和渡边一番理论，最后却成了渡边的刀下亡魂。渡边将李毅的尸体拉到广场上，借以警告济南百姓。日本人的暴行也引起了百姓的愤怒，最终日本人制造了5·3惨案，在济南城内残杀万名百姓。小七被救出后，渐渐恢复了意识。方俊生告诉大家李毅在和日本人的谈判中被杀害，全城百姓也残遭屠杀。深夜，方俊生带着部队偷袭日本商会，李三发现了诈死的牛岛一雄。日本人调来了坦克对付李三等人。混战中，李三杀死了牛岛。但坦克挡在前面，让众人无法脱身。此刻，大牛抱着炸药包冲向坦克，与其同归于尽。北伐军占得上峰，但上头来电要求方俊生等撤退。

蒋总司令下令，北伐军部队撤出济南，继续北上。方俊生不服，要求留下来攻打日本人，为全城百姓和死去的弟兄们报仇。看着大牛的坟墓，小宛难掩心中的恐惧和悲伤，最后留下了一份书信，独自离开。渡边一个团队的兵力受到了方俊生一个营的阻击，损失惨重。于是派出两个联队的支援。方俊生在日军支援部队的火力下落入被动。方俊生在战斗中受伤昏迷，李三将其救出，送到了济南城外新建的燕子门山寨。北伐军剩余将士和一些地下党成员都加入了燕子门，燕子门的实力壮大不少。

陈宇带着日本军队靠近山寨，欲攻打燕子门。陈宇带着王兴和王峰从正面进攻，而田成和一帮警察在后方阵地操作大炮。李三发现了田成的小部队，带着燕子门的成员控制了大炮。正面部队在和陈宇的交锋中处于不利，李三利用这几门炮的威力，终将日军打退，并成功活捉了陈宇。陈宇知道自己是难逃一死，为了活命，他将日军运送军火的情报出卖给了李三。陈宇向来狡诈，他的话得不到信任，但李三认为如今杀陈宇不如换个重要的情报更有意义。

李三等人决定相信陈宇的话，陈宇被放走，并和渡边一道负责此时的军火运输。在方俊生和李三的安排下，小七化妆成乞丐，徐铁头等人佯装搬运工，东方玉则男扮女装潜入车厢中。就在东方玉只身一人进入到军火车厢时，却被日军发现可疑，随即被赶来的渡边和陈宇识破。千钧一发之际，已潜入车厢中的李三出现。第一方案炸断军火车厢面临失败，东方玉建议使用第二套方案，而李三却胸有成竹，执意让东方玉跳车，自己独自完成任务。军火车厢成功脱离了整列火车，渡边因摸不准李三等人埋伏的情况，为保全兵力无奈放弃军火。

李三等人成功截获日军军火，并与方俊生，东方玉汇合，将军火运回燕子门山寨。途中，被早已埋伏好的马大帅带兵拦截。马大帅在得知李三等人截获日军军火后，为重振江山，不得不用山贼的手段，半路劫道。两方势均力敌，僵持不下，开火必将是两败俱伤的局面，马大帅和李三均想到了这一点，于是两方都在想最合适的解决方案。在方俊生的建议下，李三决定将军火运往马大帅的驻地，马大帅则提供兵力，两方合作，共同抗日。就在马大帅犹豫不下的时候，无意间从李三嘴里得知自己的女儿马小宛失踪的消息，于是马大帅用马小宛做赌注，要求李三等人找回马小宛之后，愿意共同抗日。不顾燕子门其他成员的反对，李三以大局为重，决定接受马大帅的要求，开始安排人员冒险进城找寻马小宛。