东方玉和徐铁头进城寻找马小宛，却毫无头绪。在东方玉的提议下，两人决定到城郊，为大牛扫墓。然而，就在大牛的墓碑前，东方玉发现一束扎着蝴蝶结的精致花束，徐铁头和东方玉认定这是马小宛所送。东方玉根据这束花上的线索，找到了济南城的租界区的一家花店。果然，店主告知东方玉，一个叫做琳达的中国女孩经常来这里买一束白雏菊，并告知东方玉琳达住在德国天主教堂，照顾流浪儿童。然而，东方玉和徐铁头在德国天主教堂吃了一个闭门羹，原来马小宛为了躲避东方玉等人，让神父谎称教堂内没有琳达和马小宛这样的人。东方玉并不死心，在教堂的小女孩嘴里确认了马小宛就是琳达，并得知马小宛旁晚时分会在教堂内做告解。

夕阳西下，东方玉和徐铁头马小宛在讲堂内相遇，谁知道马小宛为了逃避心中的恐惧，拒绝了东方玉的请求，不愿意和他们一同离开，也不愿意回到外面战火纷飞的世界。东方玉一番动情的话，打动了马小宛内心深处，为了死去的兄弟姐妹们，马小宛决定和东方玉，徐铁头回到山寨，促使燕子门和马家军的共同抗日。

前往山寨的途中，东方玉三人却被狡猾的陈宇逮个正着。着眼大局，东方玉让徐铁头带马小宛先行离开，自己作为诱饵留下。陈宇将东方玉软禁在城中最好的酒楼，试图用无微不至的照顾来感动自己心中的所爱东方玉。为了给自己留取时间，不刺激陈宇，东方玉选择欺骗陈宇感情，让陈宇放松警惕。在得知东方玉被抓，李三心急如焚，不顾危险只身前往城中，最终成功救下东方玉。而此时，马小宛也回到了马大帅的身边。

马大帅为马小宛设宴，实则却是下药迷晕了所有人，自己则派兵偷运军火出驻地，彻底消失。面对马大帅的欺骗，马小宛无法忍受，欲杀了马大帅。李三拦下马小宛，并承诺日后若找到马大帅，一定让马小宛亲手杀了他。

渡边设计陈宇，被陈宇识破，陈宇扮演了一出狗汉奸的戏码，获得了渡边的信任，并将迎接日本东京特使菊村的任务交给了陈宇。同时，方俊生也带来了菊村来济南的消息。东方玉建议放长线钓大鱼，不急于刺杀菊村，而是看看其来济南的目的为何。于是，李三和小七佯装成流浪汉，潜入火车站，一探究竟。

陈宇安排重兵把守，迎接菊村的到来，没想到却扑了一个空，迎来的不是菊村本人，而是菊村的亲笔信，让渡边等人撤兵离开。就在李三和小七决定要撤离的时候，菊村操着一口流利的北方方言出现在两人面前，并给了小七一文钱，说着“后会有期”。李三等人未察觉出眼前这个老者就是菊村本人，于是安排小七和徐铁头潜伏在城中，打探菊村消息。

爱好中国古董的菊村流连济南城中各大古董店，造成济南城古董失窃，然而一心还在迎接菊村少将失败的陈宇对失窃案件并不在意。小七和徐铁头潜入城中，却在一家酒楼遇到菊村，菊村吃肉不付钱，用轻功未自己开脱罪名，引来王峰和一票警察。菊村被抓进警察署，小七则认出来这个在酒楼闹事，轻功了得的奇人正是火车站里给钱的老者。

陈宇认定菊村是燕子门的人，正准备上酷刑，被渡边救下，陈宇得知眼前这个被自己羞辱抓获的人竟然就是菊村少将，吓得不轻。为了将功补过，陈宇带人大肆搜刮济南城的古董，作为礼物送给菊村少将，其中便有马大帅的夜明珠。马大帅见自己的夜明珠在陈宇手中，忍不住出现，让在场的陈宇和躲在房檐上偷听的小七大为一惊。原来，菊村为了巩固日本人在济南的地位，重新邀请马大帅回城，坐镇济南，为日本人服务。马大帅则心系重建山河，假装和菊村合作，回到济南。

小七将马大帅回城，并与日本人合作的消息告诉了李三等人，再次点燃了马小宛的杀意。于是，李三等人开始计划刺杀马大帅，安排众人乔装，潜入济南城。

为了安全起见，马大帅被安排在城中某家妓院的客房内，由陈宇负责保护其安全，然而马大帅却一心想回大帅府。在马大帅看来，暗中被害，不如高调入住大帅府，此番一来，日本人不得不派兵保护自身安全。李三等人得知马大帅的住所后，由徐铁头等人乔装开路，李三则遵守承诺，带着马小宛前往妓院，欲刺杀马大帅。谁知被狡猾的菊村早一步料到，唱了一出空城计，李三和马小宛的第一次刺杀计划以失败告终。马大帅以手中的兵权为筹码，让菊村和渡边不得不同意重新修缮大帅府，择日让马大帅重返大帅府。

马大帅高调回府的消息传到了燕子门，李三等人安心马小宛冲动。果不其然，马小宛趁着天黑，只身一人前往大帅府。陈宇发现此事，不动声色，欲借马小宛之手，为自己除掉马大帅这个眼中钉。然而，马大帅早有准备，躲过了马小宛的刺杀，马小宛被尾随的张鹏飞强行带走。马小宛气不过，张鹏飞告知马小宛已被陈宇盯上，即使是杀了马大帅，马小宛也羊入虎口。张鹏飞的话让马小宛感到了遭遇欺骗和背叛后的一丝温暖。两颗悸动的心，也在兵荒马乱的日子里越走越近。

菊村为了让马大帅趁早派兵前往济南，以便控制马家军，欲用美人计来讨马大帅欢心。与此同时，燕子门也想到了美人计，并从张鹏飞和马小宛口中得知了马大帅钟情的七姨太是刀马旦，于是东方玉在方俊生的帮助下进入童家班，以刀马旦的身份为马大帅表演。马大帅对东方玉动情，当即下令让马家军即刻赶往济南城，正中菊村下怀。

后台，马大帅为得到东方玉，答应东方玉的婚礼要求，择日在大帅府举行盛大的婚礼，迎娶东方玉。新娘入洞房后，马小宛偷梁换柱，换出东方玉，自己成为新娘坐在洞房里。为了保护马小宛的安全，李三和张鹏飞潜伏在大帅府后院附近，随时接应马小宛。美人计奏效，马小宛果真在马大帅结束婚宴回洞房后杀了他，并成功在李三和张鹏飞的掩护下离开了大帅府。

让李三万万没有想到的是，婚宴只是菊村等人设下的套，菊村得到了马大帅的武装，又借李三等人的手，除掉了马大帅。菊村欲和李三比武，李三答应，但是以放走其他人为前提，菊村允诺。众人在东方玉的带领下，暂且离开，方俊生偷偷重回城中，欲救李三。

李三和菊村的比武难舍难分，却因中了菊村的毒刀落败。李三利用燕子三抄水的独门功夫逃脱，回到山寨，却因中毒过深面临着和东方白一样的厄运。与此同时，方俊生被陈宇等人抓获。

在燕子精神和强大的意念下，李三挺过了难关，为自己争取营救的生理时间。东方玉和马小宛找到解药，救下李三，李三确定将计就计，命小七等人在城中大肆购买花圈冥纸，为燕子侠之死造势。果真，燕子李三的死传到了日本商会，菊村命山木趁机将捣毁燕子门，将其连根拔起。渡边担心山木越权，派陈宇尾随。

陈宇嗅到了一丝不对劲，借口让山木打前阵，没想到却被燕子门里早已埋伏好大炮轰成了碎片，陈宇等人趁乱逃离。李三利用山木等人捣毁燕子门的时间差，救出了大牢里的方俊生，又从方俊生口中得知了菊村来济南城的目的，李三和东方玉一同想到了李云飞的宝藏，李三决定再探一次师父留下的宝藏。

果真如李三等人所料，菊村来中国的目的确实是李云飞的宝藏。菊村在警察署的井里发现了宝藏的秘密，得意忘形之时，死于重生的燕子侠李三手下。李三将菊村的尸体放在了日本商会大牢外，混淆视听，菊村的死令渡边和陈宇大为震惊。唯一知道宝藏秘密的菊村已死，于是李三等人开始计划运输宝藏一事。