在天地紊乱的时代，有个实现了人类妖怪共存的和平之地，那就是文明与信仰的根源－“桃源乡”。但是突然间由于负面波动的扩散，使得妖怪们失去了控制，而造成这场混乱的元凶，就在千里之外的西方天竺，玉面公主一伙为使牛魔王复活而进行着妖术与科技结合的实验。在中国长安，三藏从三佛神处接受了使命，集齐悟空、八戒、悟净一行，扫除一路坎坷，为向遥远的西方探明真象出发。

三藏一行路经一家客栈投宿，客栈老板女儿朋茗善于饭菜料理，但却对妖怪很反感，幸好悟空他们都以人形出场。恰巧这晚由天竺吠登城派出的第一支暗杀队也入住此地，四人稍显身手便旗开得胜，并救出了朋茗，消除了她的误会。

三藏一行途中路经一处古老的寺庙，此地在数年前也有另一位三藏法师路过，因此特别优待四人，并全力挽留。然而悟空他们发现这里没有一件武器，并且被禁止赌博、吸烟，当问起万一妖怪来袭时，回答竟是“受到佛祖的保佑，妖怪不敢接近”。此晚正巧有一蛮力的妖怪闯入，对和尚们大开杀戒，最后幸得三藏他们的反击而消灭妖怪。

旅行时三藏一行路遇一山村姑娘旬丽，并得知其男友是一妖怪慈燕，并因狂暴风波而失踪，悟净更误以为同名的慈燕是其失散的哥哥。此时旬丽获知慈燕的消息而只身出外寻找，却遭妖怪们袭击，幸得此时悟净他们出手相救。

吠登城的红孩儿一行终于认真起来，认为对付三藏他们用普通的人海战术无效，便派出直属部下药师八百鼡，在一酒馆设下圈套，在混乱中以迷药使三藏、悟空、悟净失去知觉，但被八戒机警地识破，鼡根本不是八戒的对手，八戒发现鼡酷其以前女友，而此时红孩儿突然杀出救出鼡，两伙人终于第一次直面接触，后果会是谁胜呢？

三藏在一雨夜遇到以前金山寺的师兄株泱，但以前一向待三藏和善的株泱，此时却似变成另一人似地凶残，原来之前金山寺曾受妖怪围攻，株泱为打败妖怪而学了禁忌的阿赖耶咒，但符咒在株泱体内扎下了根，他必须不断地吸收妖怪的灵魂才能存活下来。如今把猎物指向三藏一行，三藏为救悟空身受重伤……