阿武和伊织一大早去侦察暴龙改造者的基地。暴龙改造者亲自到黑暗漩涡里取出黑暗系数码暴龙的数据。阿武和伊织在基地里看到漩涡里的恶魔兽，使阿武想到三年前天使兽用生命封印恶魔兽的事，决定与暴龙改造者决战。暴龙改造者在取数据时，恶魔兽对他说他不能控制强大的黑暗力量。他取完数据后完成他的原创数码暴龙——合成型的基米拉兽。基米拉兽可以说是全能的数码暴龙，小光她们不是对手。阿武耻笑了暴龙改造者后与他争执起来，在发现基米拉兽后乘天马兽与大家一起撤退……

基米拉兽到处破坏，暴龙改造者的基地就跟在后面。大辅他们利用火焰的掩护进入基地，准备破坏动力室。暴龙改造者叫基米拉兽回来攻击大辅他们。它强大的攻击力即使避过攻击仍然会被气浪弹开。很快，数码暴龙们都退化了，而且大辅、小京、伊织的数码暴龙都退化成了幼年期。暴龙改造者十分惊奇，命令基米拉兽停止攻击。大家趁机去了动力室，暴龙改造者又叫基米拉兽攻击，它却没有听从而离开了。虫虫兽为了使一乘寺贤恢复善良，带大辅进入了动力室。原来动力室是由奇迹装甲提供动力的。它的光辉不但使豆丁兽立即进化成V仔兽，而且自动落到大辅手里，此时V仔兽装甲进化成金甲龙兽，放出奇迹的光辉。

圣骑士型的金甲龙兽出现，使基米拉兽察觉并返回。两兽展开激烈的对决，虫虫兽则不停地劝暴龙改造者变回善良的小贤。后来，金甲龙兽由于能量消耗过多，全身无力。虫虫兽在尽最后一次努力劝暴龙改造者后，用自己的生命力注入金甲龙兽，终于消灭了基米拉兽。当暴龙改造者明白数码暴龙都是有生命的时候，才知道自己是错误的，变回了一乘寺贤。此时，虫虫兽已经死去，这使一乘寺贤非常伤心。大家回来时，他的姐姐来到营地，于是便一起回家了。

大辅与阿武打篮球，小光为阿武加油，而大辅却频频出洋相，巴达兽则与迪路兽一起跳舞。大家来到数码世界开始重建数码世界，大辅希望和小光感情更好些，而V仔兽则希望和迪路兽感情更好些，于是大辅要求V仔兽进化成成熟期。他让鼻涕兽与红鼻屎兽们扮成敌人，希望V仔兽能为了救他而进化，但是弄巧成拙。后来他们遇到多达兽，被它追击。就在千钧一发之际，V仔兽终于进化成XV仔兽，打败了多达兽。

一乘寺贤躺在床上想以前的事，原来他以前有个哥哥叫一乘寺智，他非常聪明。有一次，暴龙机突然来到他家，哥哥就把它放在一边。小贤因为好奇而拿出来，就进了数码世界。回来后，哥哥很生气，勒令他以后不准拿。哥哥死后，小贤收到电子邮件，叫他不要为哥哥而自责，还叫他再次拿那个暴龙机。他来到了黑暗海边，使暴龙机变成黑暗D3暴龙机。想到这里，小贤醒来，并到了数码世界的初始城市，被幼年数码暴龙责骂，触动了自己善良的心。善良徽章发光，一个数码蛋也有响应。小贤走过去抱住那个蛋，虫虫兽的幼年期——绿叶兽诞生了。

伊织一直无法原谅一乘寺贤以前的所作所为，此时的小贤因为父母非常高兴而硬吃了很多饭。晚上，一个神秘的女子突然出现在小贤的房间里……第二天，在数码世界当V仔兽和巴达兽试图进化时都失败了，阿武怀疑是黑暗之塔的功能再次启动。突然伊织被身上无邪恶环和邪恶螺旋环的闪电球兽袭击，穿山兽适时进化成了战甲兽，大家觉得非常奇怪。后来，一只神秘的数码暴龙出现救下伊织并干掉了闪电球兽，原来他是由虫虫兽进化而来的。伊织通过这件事发现了一些东西……