小贤睡觉时梦见自己被植入黑暗种子的情景，醒来后就埋怨自己为什么记不起以前的事。后来，女恶魔兽、海魔兽、丧尸撒旦兽出现在现实世界，孩子们的数码暴龙与它们苦战。最后，所有完全体数码暴龙被丧尸撒旦兽打倒，而帝皇龙甲兽也被封印住不能动弹。光子郎明白到亚古兽他们不适应现实世界的生活，于是它们将力量给帝皇龙甲兽后，回到了数码世界。帝皇龙甲兽变身成为战士形态，一击打倒丧尸撒旦兽。这时，究极魔兽出现，但亚基利兽却在所有人的眼皮底下以许多被绑架的孩子作威胁，带走了小贤……

大家乘阿丈哥哥的车追亚基利兽的车。小贤在被绑架的孩子中，看到他爸爸的同事及川悠纪夫。原来他是亚基利兽和木乃伊兽的创造者，他想将小贤身上的黑暗种子移植到被绑架的孩子们身上。并且他就是小贤的哥哥死后发邮件给他的人。人面战鹰兽与女恶魔兽战斗，被打成重伤。小京为救被女恶魔兽捉住的人而被女恶魔兽攻击，人面战鹰兽为保护小京而打倒女恶魔兽。另一边，古神兽与海魔兽战斗，伊织和阿武到医院救人。经过苦战，古神兽打倒了海魔兽。小京和伊织都很矛盾，因为他们必须面对有思想和生命的数码暴龙。雷龙兽很快要追上绑架小贤的那辆车了，而究极魔兽也出现在那辆车面前……

战士形态的帝皇龙甲兽、人面战鹰兽与古神兽与究极魔兽对决，但是根本伤不了它，而且它的杀伤力巨大。大辅他们商量将究极魔兽送回数码世界，但是究极魔兽居然自己能打开数码世界大门。正当大家绝望时，小贤告诉大家他的暴龙机可以打开黑暗海世界的大门。打开大门的时候，小贤被黑暗力量攻击，十分痛苦。大家一起握住他的手，支持他。再加上三只数码暴龙的合力攻击，终于将究极魔兽送到黑暗海世界里，危机又一次过去了。可是黑暗种子已经移植到孩子身体里了……

被移植了黑暗种子的孩子智力和体力都有飞跃的提高，但性格却越来越差。青龙兽将能量传给了亚古兽，并告知黑暗战斗暴龙兽去了现实世界。黑暗战斗暴龙兽找到及川，用言语激他，使他非常痛苦。正当黑暗战斗暴龙兽想杀他时，亚古兽WARP进化成战斗暴龙兽阻止他，两兽打了起来。战斗暴龙兽不断要求黑暗战斗暴龙兽停止攻击，但黑暗战斗暴龙兽不听。最后，帝皇龙甲兽战士形态与战斗暴龙兽一起攻击黑暗战斗暴龙兽，光子雷射、两个盖亚能量炮碰撞。黑暗战斗暴龙兽终于被打败，并且通过与亚古兽、V仔兽和虫虫兽的谈话明白了一些东西……

在数码世界里，加布兽他们正努力封印光丘的数码大门。及川见到伊织，发现他的身份，想起以前的事。原来他和伊织的爸爸是好朋友，他们都相信数码暴龙的存在，并做过研究。但是伊织的爸爸英年早逝，令他非常悲哀。一位孩子的黑暗种子发芽开花，及川采集了那朵花，黑暗力量笼罩他的身体。黑暗战斗暴龙兽再次用言语激他，伊织的爷爷明白了事情的经过，希望成为及川的朋友。及川正想答应，却被黑暗力量所控制，攻击伊织的爷爷，黑暗战斗暴龙兽奋力挡住。知道自己快死了，黑暗战斗暴龙兽用意志用自己的身体封印了光丘的大门，牺牲了。

大家暗中监视被植入黑暗种子的孩子，将他们集中在一个地方。及川出现，他用好像3年前太一他们回到现实世界前用来开门的钥匙卡，打算进入数码世界。大辅他们因为黑暗战斗暴龙兽已经封印了数码世界大门而并不惊慌。但是及川居然成功打开了大门，并和孩子们一起进去了。大辅等人非常吃惊，跟了上去。原来他们进的不是数码世界，而是另一个世界。极恶吸血魔兽（灭世魔兽）从及川身子里破出，它告诉及川其实自己之前做的事都是受到极恶吸血魔兽的利用。最后，极恶吸血魔兽吸取所有的黑暗之花，显现真身，并残忍地杀死了亚基利兽和木乃伊兽。除大辅外，所有被选中的孩子都被它的残忍所震慑。只有大辅勇敢地站出来，与V仔兽EX一起面对极恶吸血魔兽……