黑暗战斗暴龙兽在寻找对手战斗，亚基利兽则追踪它。大辅他们来到数码世界，迪路兽发现那里是她丢失神圣环的地方，于是大家便去寻找。小贤突然看到黑暗海，于是大叫。小光和小京发现了他，三人突然进入奇怪的地方。大辅与V仔兽居然能穿过他们的身体，原来他们所处世界的次元不同。小京他们来到山崖，发现类似神圣环的东西发光，小京与小光为了捡它掉了下去。麻鹰兽不能进化，使小京以为再也上不去而发脾气。小光打了她一耳光，使她冷静了下来。上去后，小光和小贤又看见了黑暗海，而且亚基利兽用黑暗塔造出暴罗刹兽，它十分厉害。小光十分绝望，无法冷静下来，小京也打了她一耳光，并鼓励她。两人心意合一，使亚古拉兽与迪路兽合体进化成人面战鹰兽，打败了暴罗刹兽并回到了原来的世界。

亚基利兽用200座黑暗塔造了20只长毛象兽攻击黑暗战斗暴龙兽，却不堪一击，反而使黑暗战斗暴龙兽感到非常空虚。在战斗中，黑暗战斗暴龙兽突然发现一朵花，并奋力保护它。后来却因为自己有“心”而非常烦恼，于是踩死了那朵花。亚基利兽计划破坏神圣石，便造出骑士兽去粉碎神圣石。这时，亚古兽和黑暗战斗暴龙兽进行长谈，经过一段对话，亚古兽希望成为黑暗战斗暴龙兽的朋友，黑暗战斗暴龙兽似乎不反对。大辅他们正在保护神圣石，却不小心被骑士兽砍裂了神圣石。黑暗战斗暴龙兽突然发狂，冲过去打败骑士兽及大辅他们的数码暴龙，并粉碎了神圣石。随着神圣石的破碎，空间发生了严重的扭曲。

今天，小京去京都玩。光子郎则和小贤一起讨论数码世界的事，其他人去阻止黑暗战斗暴龙兽继续破坏神圣石。大辅他们到达时，神圣石已经被黑暗战斗暴龙兽破坏，空间扭曲使黑暗战斗暴龙兽来到京都。小贤收到小京的通知，带钝钝兽去京都，将孙·悟空兽带回数码世界，并与大辅他们汇合对抗木乃伊兽。小京遇到小空的父亲和阿丈的哥哥，得知了一些关于数码世界与京都的联系。后来，忍者兽将武士兽送进数码世界，而黑暗战斗暴龙兽和其他数码暴龙又回到了数码世界。

黑暗战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，突然出现了一个痛苦挣扎的身影，黑暗战斗暴龙兽觉得那只数码暴龙就是它要寻找的目标。阿武非常愤怒，使伊织觉得很困惑。第二天，大辅他们先于黑暗战斗暴龙兽找到神圣石，但是亚基利兽和木乃伊兽却来攻击。天使兽被黑暗战斗暴龙兽打败，突然神圣石发光，使天使兽超进化成神圣天使兽，打算用天国之门将黑暗战斗暴龙兽吸走。黑暗战斗暴龙兽用盖亚能量炮一击打碎神圣石，使神圣天使兽退化，天国之门消失。那个身影又再次出现……

黑暗战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，而且那个身影又出现了。小贤要与大辅他们商量对策，于是打电话和妈妈说去朋友家吃饭，他妈妈非常高兴。伊织去向阿和询问阿武的事，得知了天使兽用生命封印恶魔兽的事。第二天是星期天，甲虫兽发现第六块神圣石在海底，就让小光通知大家。海狮兽找来许多海系的数码暴龙帮忙，集所有数码暴龙的攻击，终于打倒了黑暗战斗暴龙兽。但是它又站起来了，并用盖亚能量炮分开海，露出神圣石，这时，伊织挡在神圣石前面求黑暗战斗暴龙兽，这使它想起那朵花而不忍心伤害伊织。最后黑暗战斗暴龙兽还是下定决心破坏了神圣石……

黑暗战斗暴龙兽仍在寻找最后一块神圣石，而亚基利兽和大辅他们先后来到中华街的美食店。由于飞虫兽没来到，而亚古拉兽和迪路兽体力又不足，所以不能进行合体进化。幸好老板蛋蛋兽逃走，亚基利兽它们想知道汤料是什么而离开了。伊织下定决心改变自己而叫大家吃拉面补充体力。木乃伊兽发现了汤料所在的池子，在喝了以后突然神圣石从池子里出来了。黑暗战斗暴龙兽和大辅他们也同时发现。在前两对组合合体进化以后，天使兽和战甲兽也成功合体进化成古神兽，三只完全体数码暴龙一起对抗黑暗战斗暴龙兽！