古神兽拥有可以克制黑暗战斗暴龙兽的力量，集三兽之力终于打倒黑暗战斗暴龙兽。但是，黑暗战斗暴龙兽依靠顽强的意志又站起来了，并且将三兽打倒，准备破坏最后一块神圣石。大辅他们下定决心保护神圣石，便用暴龙机对准神圣石，原来被破坏了的神圣石的位置发出光芒集中于此，召唤出青龙兽！黑暗战斗暴龙兽已经没有足够力量与青龙兽战斗，失去生存目标的它悲哀地离开了。青龙兽则向大辅他们讲述装甲进化以及各个徽章的含义等信息。

大辅他们终于将数码世界里所有的黑暗塔破坏了，此时圣诞节快到了，小贤邀请大家到他家玩。伊织也终于原谅了小贤，大家接受了邀请。回到现实世界后，大辅眼前突然闪过黑暗塔的形状。第二天，大家将太一等人的数码暴龙接到现实世界来与太一他们团聚。晚上，大辅等人去小贤家玩，太一等人则去听阿和唱歌。突然，数码暴龙出现破坏了现场，而且太一发现了黑暗塔！大辅他们赶到后，破坏了黑暗塔并在暴龙兽等的帮助下将所有数码暴龙送回数码世界，但是，危机似乎又在逼近……

数码暴龙再次出现在现实世界，而且在日本各地都有！大辅听到小贤住的地方有数码暴龙出现，便决定单独去接小贤。三头龙兽出现在那里，大辅赶到后破坏黑暗塔并让机甲龙兽去与三头龙兽战斗。然而三头龙兽非常强大，机甲龙兽被打得毫无还手之力。这时，变年轻的加来出现在众孩子面前，并拿出青龙兽身上的一颗数码珠，放出神圣力量，大家都可以进化成完全体，并且机甲龙兽还进化成帝皇龙甲兽，终于将三头龙兽打败送回数码世界。接着，帝皇龙甲兽又到了日本各地，在半小时内将日本的所有数码暴龙都送回数码世界。全世界的数码大门都打开了，加来告诉大家只有D3暴龙机才能将大门打开，于是12个孩子将分别到6个地方，与全世界被选中的孩子一起将数码暴龙送回去。

帝皇龙甲兽将大家送到该去的地方后，到指定的地点退化。大辅来到纽约见到美美和加来的复制人，其他被选中的孩子则将数码暴龙带到指定的地方。祖利兽突然发狂，花仙兽、V仔兽EX以及其他被选中孩子的数码暴龙一起攻击，终于制服了祖利兽。大辅打开数码大门，将数码暴龙送回了数码世界。在香港，光子郎和小光见到拥有八爪鱼兽的三兄弟，准备在九龙公园将由亚洲被选中的孩子送过来的数码暴龙送回数码世界。但是在穿越中国国境时受到阻拦，大家想出办法证明数码暴龙们是有智慧的，终于安全通过。小光他们的任务也完成了。

阿丈和伊织来到悉尼破坏黑暗塔。突然见到被选中的孩子以及贝壳兽、龙虾兽和墨鱼兽，于是大家用“数码暴龙什锦海鲜攻击”吓跑它们，并追上去。突然，亚路加兽出现，为了防止它破坏珊瑚礁，海狮兽超进化成祖顿兽，与潜鲨兽一起打败了阿路加兽。巨蟹兽进化成的古尼兽破坏了黑暗塔，然后伊织打开大门将数码暴龙放回数码世界。巴黎那边，阿武、太一和阿武的爷爷发现凡尔赛宫有数码暴龙，原来是豆豆兽三兄弟。后来，还出现了炸弹兽。在打败它们后，机械暴龙兽和神圣天使兽破坏了黑暗塔，并将这四只调皮的家伙送回了数码世界。

小贤与阿和来到墨西哥的玛雅遗迹，偷偷走了进去。途中遇到拥有矿石兽的女孩，虫虫兽感到小贤对它的感情会发生动摇。在遗迹深处发现了牛人兽和蜘蛛兽，它们逃了出来。出来后，兽人加鲁鲁兽、飞虫兽和矿石兽进化成的角龙兽将它们击倒，送回了数码世界。莫斯科那边，小京和小空由于不会讲俄语，便用食物作为号令来与俄罗斯的孩子一起作战，战斗完后觉得非常饥饿与疲劳。本来俄罗斯的孩子要请她们吃东西，却因为还有一些长毛象兽没收拾。此时帝皇龙甲兽带着孩子们及时赶到并打倒了它们。大家要立即回日本，因此小京和小空因为没有吃到东西而非常失望。