康熙亲父顺治常年因偏宠董鄂妃，太后因妒成恨，恶意中伤董鄂妃，顺治一怒之下欲将太后打入冷宫，被其母阻止。太后遂以[化骨绵掌]暗杀顺治子康亲王及董鄂妃，顺治大受刺激性、，看破红尘，即假意宣布驾崩，另立康熙为皇帝，而自己则远赴五台山剃度为僧，法名行痴。 但顺治对鄂妃母子之死，仍然耿耿于怀，暗以海老公公调查真相。终皇天不负有心人，被除数他识穿太后所为，全欲将他生擒五台山发落，二人拼命搏斗之际，韦小宝乘机将海老公公杀死。太后恐他会泄露口风，以尚膳总监利诱，还暗中伺候机会将将他灭口。 康熙亲政后，感到国事日益繁重，而加上内忧外患，吴三桂等势力日渐强盛，随时会有举兵造反的危机，使康熙极其渴望一得力亲信，可共要政事，却苦无适当人选。 御前待卫副统领瑞栋奉太后之命，施计向大臣夺回四十二章经，刚巧被宫女蕊初撞破，太后顿感愕然。

徐天川偶遇沐王府之白寒枫、寒松史北，彼此各持己见，分别拥天地会唐王与沐王府桂王为主， 而动武，徐天川率被打至重伤，天地会各人推韦小宝出头，往找沐王府中人理论。 怎料当众人抵达时，发现白寒松竟已死去，沐王府中人誓死向天地会报仇。后得沐王府苏刚从中缓和气份，玄真道人当众分析形势，二派决以后以和为贵，合力反清复明为重。 吴三桂为庆祝康熙亲政派吴应熊亲上京师进责，怎料途中与徐天川发生争执，吴应熊含恨在心，派人暗查徐天川行踪。 韦小宝自以为身受海老公公毒所伤，四处找寻解药，蕊初闻讯大表同情，二人一时伤感，抱头痛哭。

天地会中人发现徐天川审被掳走，众人皆以为沐王府所为，玄真道长灵机一动，暗将沐王府郡主沐剑屏掳去，将她藏于一茯苓花雕猪中运入宫中。韦小宝童心未泯，乘机将他调戏一番，使她羞愤不已。 康亲王为计韦小宝观心，特邀其为座上客，更为他制造机会结交吴应熊亦以厚礼相赠韦小宝。后韦小宝无意间在王府后园，发现另一[四十二章经]下落，遂不理一切一味地掳为己有。 沐王府以剑屏失踪多时，众人大表担心。另一方面，剑屏更积极谋划假扮平西王府士兵，大举闯进禁宫。 太后为免除后患，派老宫女柳燕刺杀韦小宝，不成。太后万分焦急之余，决亲自杀韦小宝灭口，终被他以宝剑刺伤，时刚巧剑声等人入宫捣乱，太后乘乱杀死数名太监，将一切罪状推在刺客身上。 沐王府闯宫一事，惊动了众侍卫，吴立身、刘一舟等走避不及，当场被擒。而方怡则伤重晕倒，被韦小宝抢救，还极力施计替她疗伤，但方怡对他仍心存芥蒂，事事与他作对。

太后派瑞栋暗杀韦小宝亦反被韦小宝以宝剑杀死，继而将他毁尸灭迹。后韦小宝列向太后宣称瑞栋已往五台山，假若有何不测，瑞栋定会返宫向康熙陈述一切来由，太后一时亦忌他数分。 索额图向刺客严刑逼供，吴立身死口坚持为平西王所主使，康熙始终怀疑事情虚实，遂派韦小宝从中调查，并着他向吴应熊试探，小宝亦因此从中取利。 沐剑都必须向天地会交出徐川下落，原来当时徐天川实被尖熊所掳走，幸得沐王府各人义薄去天，极力将他抢求出来，天地会中深感歉意。韦小宝实欲替徐天川赔罪，答允替剑声求出人质。 韦小宝伺机以蒙汉药毒晕侍卫，必番波折下将吴、刘等人救出禁宫，沐剑声亦答允既往不咎。而小宝亦随机应变，将劫狱一切罪状推在太后身上，众侍卫亦不敢妄加追问。

韦小宝以自身中海老公公之毒，一时伤戌，向天地会中泣不成都必须，近南南念在师徒之情，替小宝以内力迫出毒性，使小宝得以康复，近南并嘱小宝要勤加练功，以便早日散清毒气。 贾老六与吴应熊发生冲突，被熊手下毒打，近南等为出冤屈之气，乘应熊嫖娼之际，欲将他暗杀，一挫吴三桂锐气，免伤彼此感情，毅然让出应熊给沐王府发落，吴立身等亦封近南甚为钦佩。 杨溢之见其主应熊被掳走，顿心急如焚，一直以为是康熙所为，亲向他请求释放应熊，康熙一怒之下将他收监。韦小宝故意放走溢之，助他 沐王府拯救应熊，同时，他亦引多隆图攻沐王府，近南赶至合力打退清兵，剑声等感恩回报，乘机与天地会立誓，合力图谋诛杀吴三桂。

太后恐小宝有反害之心，命他专责于慈宁宫侍奉自己，并派一老宫女柳燕密监视其行动。韦小宝灵机一动，以[四十二章经]威协太后换取逃脱机会，太后遂派柳燕紧随小宝往取经书，怎料二人争持不下之际，小宝竟将柳燕杀死，带同方怡、剑屏连夜逃离禁宫。 小宝惊魂稍定后，转回住所取出一切贵重财物与经书，竟一时童心未泯，欲以柳燕断腿恐吓太后，后竟发现太后与一男扮女装之宫女言行有异，小宝乘机偷去另外四部经书。 怎料忽然一老宫女陶宫娥乘乱行刺太后，经几番搏斗后，小宝率以宝剑杀死男宫女，太后亦伤重昏迷。