第八舰队与扎夫特军在地球轨道上的壮烈会战开始了。数量上占优势的联邦军，在拥有基恩、派出四架钢弹的克鲁泽队之前，战舰被接二连三的击沉。激战期间，大天使号果断执行紧急地球的行动。为了守护大天使号，煌抱着必死决心出动，遇到誓言报仇的伊萨克的决斗钢弹的阻拦。降落行动已经快要倒数计时了，扎夫特舰伽莫夫拼命地猛攻。在这危机中，哈尔巴顿提督舍身阻止伽莫夫，在宇宙中壮烈阵亡。此外，在战斗中，一路保护过来的难民也在煌的眼前丧命。大天使虽然成功逃出，付出的，却是牺牲掉第八舰队的代价。

与第八舰队发生轨道会战的前夜，拉乌在符泽琉斯号的个人房间内述发内心的感想。从袭击海利欧波里斯至今，「血腥情人节」的悲剧之后，殖民地最高评议会到现在仍在稳健派作风与强硬派作风之间摆荡不定。但是，夺取钢弹以后情势大幅倒向强硬派，「自然人不可饶恕….」，战火似乎即将扩展开来。整个事情的开端，始于一个男人。乔治.葛伦。在各方面都大幅凌驾常人的他，原来不是普通人类。他是接受基因操作而诞生的人，也就是第一代调整者。最后这个人也丧生在他所带来的调整者与自然人的争执中。在大决斗之前，他所想的是两种人类的将来还是….？

为了搭救进入大气层时与决斗钢弹交手的攻击钢弹，大天使号偏离了预定位置，降落到扎夫特势力范围的非洲。煌被救出来以后，由于受到损伤过重，人发高烧婚弥不醒。随身照料煌的人，出乎意外的，却是芙蕾。没多久，调整者的煌，以惊人的速度康复了。。但是，看到芙蕾带来的小张留言，煌又再度陷入恐慌状态。那是在煌的目前丧命的少女送给他的。芙蕾以慈母般的温柔安慰煌，缩短了心灵受创的两人之间的距离。暗中观察前往阿拉斯加、在沙漠中前进的大天使号。卡佳里.由拉.阿斯哈也是在旁观察的游击队的一员。

大天使号在非洲沙漠。连喘息的时间都没有，就遇到扎夫特军绰号沙漠之虎的安迪所率领的地上部队的夜袭。煌无法压抑求战的情绪，在黑暗中出击了。但是，在陌生的沙漠的战斗，使得攻击钢弹脚步不灵活，被身手活跃的敌人逼入了苦战。这时拯救煌脱离险境的，是卡佳里.由拉.阿斯哈率领的游击队。

得到反抗军「光明沙漠」的帮助，攻击钢弹击退发动猛烈攻击的巴库部队。在等待天明，与大天使号会合的人员中，煌与海利欧波里斯遇袭时碰面的少女卡佳里.由拉互相惊讶的发现彼此。反抗军的头目，赛布带领玛琉一行人到基地参观时，告知一行人联邦军在飞洲的据点维多利亚基地已经被攻陷。于是大天使号决定穿越红海，由太平洋到阿拉斯加。但是，路上却有沙漠之虎安迪.渥特菲德跟地上航空母舰雷塞布斯的阻挠。同一时候，渥特菲德正准备对光明沙漠展开报复攻击。当夜，大天使号的船员们得到暂时的休息。煌调整攻击钢弹的设定，为即将再度发生的作战而准备时，被卷入赛伊与芙蕾的口角。当芙蕾告知自己与煌的关系不浅时，赛伊恼怒的逼问煌。面对咄咄逼人的赛伊，煌压抑已久的情绪一下子就爆发出来。这时候，反抗军的家人居住的阿哲高原遭到了攻击。

札夫特军的雷赛布斯攻击反抗军居住的地方，阿哲高原。这时候，态度骤变的芙蕾导致赛伊与煌之间的关系产生决定性的裂痕。另一方面，穆与反抗军的人员赶往阿哲高原时，惊讶发现敌军早已撤退，而且受害程度也没预料的大。但是，还是有几名反抗军的人愤不可抑的对札夫特军发动追击。煌的攻击钢弹也出动掩护，但是…