在地球军的月面基地，大天使级二号舰主天使号，一直忙于战斗训练。坐在舰长席的，是娜达尔.巴吉路少校。搭载侵略钢弹、禁断钢弹、瘟神钢弹的主天使号，以及观察员阿兹莱亚，为了讨伐大天使号，即将开往L4殖民地群。娜达尔对于自己必须枪口指向过去的战友一事，受到不小的冲击。在此同时，抵达废弃的殖民地，门德尔后，大天使号、草薙号、永恒号三舰正商讨今后的计划。卡佳里见阿斯兰没有出现，担心的去找阿斯兰。苦恼已久的阿斯兰开口道出心声：「我什么都办不到，什么都不了解．．．」。卡佳理拼命的安慰阿斯兰。此时阿斯兰突然抱住卡佳理。阿斯兰与卡佳理之间，迷惑与安祥的时间流逝。但是，停在门德尔港内的大天使号还是被娜达尔发现，主天使号先发制人发动攻击，与过去的同袍的战争就此开始。

主天使号为了讨伐大天使号而开启了战端。三架钢弹在煌与阿斯兰默契十足的连手攻击下，落居下风。得知草薙号可能参战，娜达尔判断战况不利，决定暂时撤离战线。大天使号勉强脱困。 另一方面，穆与迪安卡察觉扎夫特军混入殖民地内，一同前往迎击。驾驶新型ＭＳ出现的拉乌，与穆的命运决斗开始了。在战斗中，伊萨克发现对峙的暴风钢弹，深感困惑。伊萨克不知驾驶者正是迪安卡，不停愤怒地攻击。拼命躲避攻击的暴风钢弹，一直不肯对决斗钢弹出手，最后终于呼叫伊萨克。伊萨克的决斗钢弹果然因而停止动作。两人下了ＭＳ，气氛极度紧绷。此时，拉乌与穆的激烈死斗因为驾驶自由钢弹赶来支持的煌而中断，逃入一栋建筑物里面。煌与穆也跟着追入，在那里见到冲击性的事实真相．．．！

煌与穆追踪克鲁泽，进入某栋建筑物里头。殖民地门德尔基因研究所…拉乌、穆、煌三人在这个地方展开了枪击战。然后，拉乌打破了紧张的沉默，道出冲击性的事实真相。同一时刻，伊萨克与在地球失踪的迪安卡对峙许久，尖锐质问迪安卡的真正想法。另一方面，在殖民地外侧，强力说服了娜达尔的阿兹莱尔，指示主天使号与大天使号再度展开战斗。枪击战中，拉乌道出过去这个研究所进行的，以人工子宫生产调整者的实验。煌的亲生父母是该计划的研究者，自己便是研究中唯一的成功例子。同时拉乌还告白自己与穆的关系。原来他是利用穆的父亲的基因，制造出来的失败的复制人。事实真相让两人大为震憾。拉乌大喊:「我有制裁全人类的权利!」后，匆匆逃离。 返回旗舰苻泽琉斯号的拉乌，委托俘虏芙蕾一张磁盘片，宣称那是可以结束战争的最后一道门。

大天使号与主天使号再度开战。在二者的夹缝中，拉乌为了攻击永恒号，命令符泽琉斯号出击。拉乌对两方舰队，片面发出交还遭扎夫特军拘束的俘虏的通告。被投射到战斗空域的小艇，里面载着的是对情况一无所知的芙蕾。两方舰队对拉乌的行为大感困惑。芙蕾感受到危险，拼命操作小艇，向大天使号求救。芙蕾「我握有钥匙!」这句话勾起阿兹莱尔的兴趣，突然插手，将小艇带回主天使号。另一方面，被包围的永恒号与草薙号击中火力攻击符泽琉斯号，企图突破重围。符泽琉斯号被击沉了。地球军与扎夫特军见状，双方同时撤退。而在安全归返的永恒号上，煌为了自己没有救回芙蕾一事，失声痛哭。就在此一同时，阿兹莱尔从芙蕾手中拿到磁盘片，晓得内容是「可使用核武的反中子干扰器」数据，而大为狂喜…。

由于芙蕾带来的一张盘片，地球联合军取得了反中子干扰器的技术。在阿兹莱尔的运作下，核飞弹飞上了宇宙。扎夫特预测到联邦将发动大规模攻击，在雅金.杜威与伯亚兹集结战力。然后，决战的火苗点燃了。调解队…搭载核弹的梅比乌斯(零式)部队闯进了扎夫特的军事卫星伯亚兹。剎那间，闪光迸裂开来。再度使用的核弹的火炎，瞬间就把要塞摧毁掉。目睹伯亚兹的毁灭，芙蕾对自己的作为带来的结果生起无限悔恨。原来拉乌「让战争结束掉」那句话，竟然是大屠杀。煌与阿斯兰为了阻止核弹部队「调解队」再度攻击而出动。他们以装备的「流星」将射向殖民地的飞弹全数击落。同时，派屈克.萨拉誓言要向自然人报仇，下令使用强大的激光束武器创世纪。于是雅金.杜威背后发出巨大闪光，射向地球军的舰队！

伽玛射线的闪光在一瞬间歼灭了联合军的前线舰队。扎夫特的秘密武器，甚至可以很轻易的瞄准地球。阿兹莱尔歇斯底里的责难地球军。勉强从毁灭状态中重新振作起来的联合军，下了悲壮的决定，向殖民地的秘密武器创世纪挑战。但是却打不过阻挡在前方的雅金.杜威要塞，而且殖民地的创世纪强大武器本身还装备了PS装甲。煌等人为了阻止双方的杀戮战，投入这最后的战场。煌、拉克丝、卡佳里、与阿斯兰，还有玛琉与穆。在晓得这可能是此生最后告别的情况下，纷纷诉出了自己的心意给对方。而还有另一个人，决定制裁全人类的拉乌，也驾驶天帝钢弹出击了。最终决战拉开序幕，杀到殖民地的地球军，以及立誓要阻止核武攻击的独立军。可惜太迟了。最终武器创世纪向地球军的月面基地发出了第二次攻击！