满身疮痍的大天使号勉强从自爆的阿拉斯加基地逃出来。为了修理受伤的船身，开到了欧普的淤能碁吕岛。见到煌还活着，卡佳里忍不住泪水盈眶地扑向煌的身上。另一方面，失去了阿拉斯加的联合军为了准备战争的最后一仗，以国际情势恶化为由，不容许欧普维持中立国的立场，强制要求欧普协助地球联合。地球联合军为了拿下最后的质量投射装置，在黎明的时候，巴拿马的大地上成了扎夫特军数量庞大的MS部队的阿拉斯加复仇战的舞台。面对这些敌人，地球联合军投入了自认为可以扭转形势的反击部队。这时候，在欧普的摩根雷堤工厂修理的攻击钢弹即将苏醒。准备迎接新的驾驶员的到来…

扎夫特军对巴拿马的攻势越来越激烈。为了得到地球上最后的质量投射装置，地球联合内部拟立了一个策略。占地球联合的主导地位的大西洋联邦，与一位男子共同对欧普设下了下一个策略。霍姆拉朗读了地球联合对欧普的最后通牒。面对欧普再三拒绝联合军的要求，该内容是勒令欧普解除现在的政权、并解除武装。如果不顺从，将被视为支持扎夫特的国家，遭到武力讨伐。把世界一分为二，非友即敌的二分法，让人无从选择的选择题，使欧普的首长们头疼不已，乌兹米则忿恨不平。差不多同一时间，玛琉促请全体船员决定自己是要参加战斗还是直接下船。在紧迫的时间中，市民撤离了市中心与军事相关设施周边区域。全国进入备战状态。然后，时间来临的同时，战争的火苗也燃起了。

地球联合军最先进的三架钢弹与煌驾驶的自由钢弹对决了。这时煌的前面出现了阿斯兰驾驶的正义钢弹，这敌我难分的MS的登场，使战场气氛顿时更加紧张。然而，他暂时放下了扎夫特士兵的身份，以个人意志决定掩护煌。然后自由钢弹与正义钢弹以绝佳的合作默契渐渐将三架钢弹逼得无法招架。同一时候，在淤能碁吕岛近海，地球联合军展开了大攻势，以多得吓人的量产型MS「攻击钢弹」来进攻欧普。煌、阿斯兰的奋战虽然击退了联合军，可是欧普军已经受到了几近毁灭性的打击。彼此都以为对方被自己杀死的煌与阿斯兰再度重逢，两人过去的感情又回来了。但是，煌还是询问了阿斯兰的真正心意…

欧普数度尝试与地球联合交涉，但是地球联合的要求只有一个：要欧普解除武装。在再度展开总攻击的情况中，煌与阿斯兰互相表白自己的心意，化解了误会，同时阿斯兰也开始询问自己，战争的意义为何。而，以禁断、瘟神、侵略钢弹为首的地球军MS部队，开进了欧普的大地，几乎覆盖了整个淤能碁吕海岸线。在这情况下，乌兹米.那拉.阿斯哈放弃淤能碁吕岛，要求国民与大天使号脱离该地，自己则留在国内，决意战斗到底。为了将煌等人发射上宇宙，质量投射装置展开了发射准备。好像早就瞄准好这机会一样，在煌等人的面前，有三架钢弹阻挡了他们的去路。同时，决定留在国内抗战到底的乌兹米，告诉了卡加里冲击性的事实真相…。

草薙号与大天使号飞上了宇宙。草薙号接舷完毕，船员们为了补给与整备，航向因战乱而化成废墟的L4殖民地。此时，拉克丝在殖民地以全体市民为对象做地下广播，秘密进行反抗活动。其影响力连萨拉议长也大感棘手，派出搜捕的宪兵也全都无功折返。另一方面在地球，地球军虽然夺取欧普的质量投射装置不成，却也抢回了维多利亚基地，成功拿下进出宇宙的途径。地球军在打败扎夫特MS部队后，想乘势收回宇宙，以新型MS部队为主力，用质量投射装置将物资发射上空，想要展开大规模侵略行动。阿兹莱尔总合手上三架钢弹的战斗记录，察觉到自由与正义钢弹使用的动力之秘密，企图得到这两架钢弹。此外，阿斯兰下定决心，为了解父亲的真意，离开了大天使号，独自飞返殖民地…。

为了了解自己的父亲，扎夫特最高评议会议长派屈克.萨拉发动战争的真正想法，阿斯兰来到了殖民地。煌自愿驾驶自由钢弹护卫阿斯兰的航天飞机。阿斯兰向煌道出了自己的觉悟。煌体会到其中的深意，在分开时说道:「不论是你、或是我，现在都还不能死」。 阿斯兰当面询问父亲对这场战争的真正想法。但是，他所面对的并不是以往的父亲。对于萨拉带着疯狂眼神道出的战争的目的，阿斯兰吃惊到颤抖。萨拉枪口指向自己的儿子阿斯兰，质问正义钢弹与自由钢弹的下落，派人押走被烙上叛徒标记的阿斯兰。 达哥斯塔率领拉克丝派的成员，救走了解送途中的阿斯兰。拉克丝终于展开行动了。她夺走最新战舰永恒号，逃离殖民地。在她的舰桥上，赫然可见过去人称「沙漠之虎」的渥特菲德的身影。 大天使号、草薙号、与永恒号在L4会合。放下过去的敌我之分，一支独立部队在此成立。然后，拉克丝投入煌的怀里，宣泄自己的丧父之痛…。