神盾钢弹起动自爆装置，使得攻击钢弹也被卷入爆炸。攻击钢弹与空中霸者二号机的通讯同时中断，在大天使号舰内引起一阵骚动。满身疮痍的大天使号遭到扎夫特军紧密追击，玛琉向欧普发出求救援讯号，以苦肉计解决了这场危机。这时候，欧普的救援队来到了神盾与攻击钢弹发生激战的岛屿附近。在那里，只发现到攻击钢弹与神盾钢弹的碎片。欧普救援队在附近搜索，发现了穿着红色驾驶服，被海水打上沙滩的扎夫特兵。

牺牲许多人命之后，大天使号终于抵达阿拉斯加的地球联合军总部。在基地，所有人都被命令在船上待命，不准下船。九死一生，好不容易才抵达总部，受到这样的待遇，令船员们内心里产生阵阵的不安。这时候，扎夫特军在卡贝塔利亚基地接到克鲁泽队的调动命令。于此同时，煌在殖民地的拉克因府醒过来。煌原本自己已经死在与阿斯兰的死斗中，没想到却被神秘男子救了一命，而大为吃惊。拉克丝对吃惊不已的煌投以温柔的微笑，使得煌放下心来诉说心事。

以俘虏、扎夫特士兵迪安卡为中心，失去托尔的米蕾莉亚等人，在半狂乱的状况中，向迪安卡兴师问罪。大天使号的船员听到一伙人的骚动声，急忙赶到，才将事情平息下来。大天使号少年兵们处在辛酸难过的气氛之中。这时候，玛琉、穆、娜达尔受到沙札蓝德上校的审问。沙札蓝德对于玛琉让调整者少年来操控攻击钢弹这件事，展开了严格的逼问。在那死缠烂打的审问的同时，大天使号的的三个船员收到了调职的命令。

芙蕾对调职命令心感不服，穆也不甘愿地服从命令。支撑大天使号的船员被调走，船上军心一阵动荡。而更加雪上加霜的是，大天使号被从第八舰队，调离到阿拉斯加总部的守备队了。另一方面，卫星轨道上、地上基地、在海中行走的潜水艇等等，扎夫特军几乎已经完成了集结动作。萨拉最高评议会议长为了让战争早点结束，发动了「割喉作战」。当晓得了这个作战的真正目标，不是巴拿马而是地球军总部时，在克莱因邸疗养的煌，为了保护在阿拉斯加的大天使号船员，为了找出战斗的意义，决定返回地球。临行前，拉克丝将某样东西送给了煌。

大天使号在阿拉斯加与MS部队展开激战。面对排山倒海而来的扎夫特军MS部队，主力军已派去守护巴拿马的的联合军，自然陷入了苦战。这时候，穆知道了军方上层是基于战略因素故意弃守阿拉斯加基地，勉强找到战斗机来开回大天使号。战局中扎夫特军占了上风，战争眼看似乎就要结束时，联合军引发了同归于尽的陷阱。差不多在这时间，大天使号被扎夫特军包围起来，已丧失逃脱的机会。在金恩的围堵下，正觉得万事休矣的时候，眼前突然出现从未见过的钢弹，展开双翼站立在前。

割喉作战计划失败的消息，让扎夫特国防委员会陷入混乱。就在同时，萨拉知道了扎夫特军机秘开发的自由钢弹被偷走，而且拉克丝还是共犯之一的时候，便唤来阿斯兰通知这个消息。得知拉克丝犯了叛国罪遭到通缉，两人的婚约已经失效，阿斯兰一阵错愕。萨拉议长掩不住愤怒，命令杀掉拉克丝.克莱因与夺走自由钢弹的所有相关人物。另一方面，在阿拉斯加发动了独眼巨人之后，解除危机的大天使号船员们与煌快乐的重逢。然而，煌的内心，从在殖民地与拉克丝相会后，就不断想找出在这场战争中战斗的意义。同时，在哈啰引导下，阿斯兰与拉克丝重逢，得知了煌还活着的消息。惊愕的他，遭到拉克丝的逼问「你是抱持什么信念而战的?」