燕青向李师师表明来意，宿太尉也得到了戴宗的传达。燕青顺利地得到李师师的帮助见到了宋徽宗。燕青向宋徽宗传达了宋江期盼为朝廷效力的意愿，并道出乱臣贼子当道祸国殃民，宋徽宗这才知情，并决定欣然接受梁山的请求。宋徽宗当朝破除了童贯的谎言，并派遣忠臣宿太尉前往梁山招安。此番招安虽然也引起梁山众兄弟不满，但无人再敢阻拦。宋江宣布即是顺应众议，将“替天行道”的杏黄大旗降下，经有宿太尉交予宋徽宗手中。宋江率众兄弟辞别梁山，前往朝廷赴命。

梁山军陈兵陈桥驿，军容整齐，气势不凡，徽宗见之十分欣喜，欲封官加爵，蔡京却进谗言，献计将梁山众将分调天南地北，削弱其势力，圣旨传下，梁山众人不肯分开，拒不从命，宋江求信使向皇帝表明心愿，不想和兄弟分开。

朝堂上，宿太尉与蔡京童贯高俅等人唇枪舌战，力保宋江和梁山军，此时战报传来，南方方腊起义作乱，义军势如破竹，边防告急，无人能带兵平叛，宿太尉借机向徽宗举荐宋江，徽宗欣然应允，下诏令梁山军南下剿灭方腊叛军。

出征之前，燕青来与李师师道别，言语之间，燕青流露出不建功立业誓不回的决心，李师师知道自己与他恐怕无法厮守，便提出与之结拜姐弟，其实是想借此机会，完成与燕青拜堂的心愿。

李师师要徽宗以后不要再来找自己，愿意变卖家产，捐资助梁山军，并劝他看清奸臣的真面目，徽宗大怒，认为李师师与宋江有私情，醋意大发，迁怒宋江。

蔡京童贯杨戬三人造访李师师，希望她能在徽宗枕边吹风，进宋江的谗言，否则便以性命威胁，李师师不为所动，以死明志，被躲在暗处的徽宗拦下，终于相信她对宋江只是敬仰，并无男女之情。

徽宗召见宋江，以毒酒试探之，宋江大义凛然，准备慷慨赴死，徽宗大喜，赐予宝刀，并封为讨贼先锋。宋江带领梁山军和众将，誓师出发，南下征战。

梁山军南下征讨方腊，路过要道方岩山，却遇到一山寨拦路。寨主琼英自祖上占山为王，劫富济贫，保护一方百姓，并收留路过难民，梁山军想从此借路，但方腊手下庞万春率先一步跟着难民混进山上，污蔑梁山军在琼英祖籍祠堂烧杀抢掠，毁人宗祠，矮脚虎王英等人在山下叫阵，嚣张轻薄，琼英大怒，认为庞万春所言非虚，拒绝让路。

公孙胜找到负气出走的林冲，将他劝回。林冲重新回到军中，鲁智深等人喜笑颜开。

林冲等人再次叫阵，琼英出站，又打伤了数人。林冲说琼英的飞石绝技和张清一模一样。

张清出马，用飞石子打落山寨大旗，引琼英出寨，二人交手，难分胜负，而情愫暗生。张清请求再战，被宋江制止，要亲自去山寨拜访这位郡主。

宋江只带着张清和武松两人深入敌营，琼英故意刁难，却被宋江一一化解，宋江的正气凛然也震撼了她。然而琼英死活不肯相信梁山军没有毁坏自己祖庙宗祠，一语不合就要动手，宋江表示愿意等她回心转意。

张清私自约琼英见面，告诉她宋军探子回报，说兰溪宗祠被烧一事纯属子虚乌有，琼英仍然不肯相信，张清将宋军即将攻打山寨一事告之，希望她不要以卵击石，琼英还是不放心，张清似乎终于明白了她的暗示。

大帐中，张清向宋江献计，要想琼英求婚，以此换取信任，好为梁山军借路，但琼英山寨的规矩，一旦入赘便要切断与外界的关系，张清思考再三，还是决定以大局为重。

张清向琼英求婚，表白心迹，甘愿留在山上，二人定下海誓山盟。张顺和解珍解宝兄弟假扮难民也混进了山寨，张清写好书信，让张顺偷偷溜出山寨带给宋江，约好次日婚礼时里应外合拿下山寨。

叶清发现了送信的张顺，告知琼英。琼英不动声色，稳住张清等人，把解家兄弟用酒灌醉抓住。转天婚礼上，琼英发难，告诉张清自己已经知道他的阴谋，早就在山上做好埋伏，等着梁山军钻进圈套。

张清不顾危难，苦劝琼英投降，琼英却仍旧做困兽之斗，想要和宋军决一死战。宋军大兵压境，攻破了山寨，琼英见大势已去，也终于明白了张清的苦心，束手投降。战后，宋江为张清和琼英补办了没有完成的婚礼。

梁山大军继续南下，终于攻下网师园，收复苏州，王英、扈三娘战死。然而蔡京高俅不给他喘息的机会，急命催促梁山军继续攻打杭州。

杭州易守难攻，梁山众将发愁，宋江力排众议，执意要与方腊见面和谈，并派李逵和燕青去送信。蔡京得知此事，又在徽宗面前进谗言，宿太尉据理力争，徽宗最终答应静观其变。

宋江苦于方腊不肯相见，想要派人再去传话。吴用献计，想让送信人带上火药，潜到城门口安放炸药，若劝降不成，便炸开城门，攻入杭州。但此行凶险，稍有偏差就会丧命，水性好的将领们都争抢着去，最后宋江钦点张顺，张顺欣然领命而去。

张顺爬上杭州城外的涌金门，喊着自己是来送信的，却中了庞万春的埋伏，万箭齐发，张顺中箭落水。宋江下令炮轰涌金门，火烧水淹，终于攻破杭州。

杭州城内，梁山将领灵堂上，摆满了一具具尸体，血迹未干，童贯前来犒军，明知宋江等人悲痛欲绝，仍要他们欣赏皇帝赏赐的鼓乐，宋江只有默默忍受。

梁山军攻陷方腊的皇宫，方腊早已逃走。阮氏兄弟穿上方腊的龙袍，扮做皇帝和方腊，做游戏将假方腊拉出来斩首，宋江卢俊义发现，将他们斥责了一顿，责令脱去龙袍，让他们继续追击，寻找方腊的踪迹。

阮氏兄弟追上方腊残部，一番血战，阮小七受伤，方腊逃脱，阮小二让两个弟弟回营报信，自己寻着方腊的踪迹继续追踪，沿途好留下记号，给后面的援军。阮小五放心不下，又返回来，兄弟二人一起与方腊残部血战，寡不敌众，口唱山歌，双双阵亡。与此同时，张清夫妇也在战乱中战死。

阮小七回到大营，却得到两位哥哥全部战死的消息。吴用让小七护送哥哥们的灵柩回乡，从此隐居不要回来，希望能够为阮家抱住一脉香烟，小七不肯，述说当日石碣村七人聚义的缘由，表示宁肯战死绝不退缩。

方腊带着残部路遇菜园子张青孙二娘夫妇，又是一场混战，张青和孙二娘奋力将方腊残部剿灭，双双战死，但方腊却又命大逃脱。

谁知前面还有武松拦住去路，二人交手，武松一只胳膊被兵器刺中，插入柱子，他忍痛砍掉自己的手臂，追上方腊，以一只手臂将方腊擒住。方腊起义军自此才全部被剿灭殆尽。

宋江探访囚牢中的方腊，方腊赠给宋江自己的一条红头巾，他敬佩宋江是一名英雄，满怀惺惺相惜之意，而宋江却唾弃他造反作乱祸害黎民，方腊告诫宋江警惕奸臣，而宋江不为所动，话不投机，宋江拂袖离去。

童贯视差前线，要将方腊部下的兵将们全部斩首，宋江苦苦求情，说明那些都是被迫为贼的良民，童贯不允，告诉他一日为贼，终身不改，宋江似是听出了一些弦外之音。

徽宗听闻方腊叛军被平定，召宋江率领梁山军回京接受封赏。

鲁智深在六和寺中听见潮信，这才明白当年五台山文殊院智真长老留给自己的八字之含义，遂含笑而逝。宋江等人前来寺中看望鲁智深，只见到他的尸体，和他留下的一首偈语，众人悲痛，宋江难过病倒。

武松向宋江辞行，愿意留在寺内修行，请他抹去请功名单上自己的名字。宋江心里不舍，却不愿强人所难，希望武松日后能得善终。武松从此再也没离开六和寺，直到八十岁善终。