相国要太后召集三公九卿议事，撤了嬴政的王位，将他贬为庶民，另立国君。太后不同意，而太守也站在太后这边。相国笑太守是为自己的国丈地位考虑，逼他交出杀阿房的凶手。公孙信和范英等人说到了"长玉计划"，公孙信决定把阿房变成第二个长乐公主，来刺杀嬴政。公孙信命人专门保护阿房的安全，还要对阿房晓之以理、动之以情，最后交她练习用短刃。范英推荐了逸云。而逸云此时正坐在水边回忆她和蒙恬在一起的点点滴滴。

赵国使臣来秦，向太后献上了千年灵芝炼就的灵丹一颗，并附上了炼丹的方法。太后命嫪毐妥善收藏。太后不禁感叹夏无且和夏玉房炼丹未成却遭遇不测。彤雄回到咸阳来见彤肆，彤肆担心大王借兵反咸阳的事，彤雄则不以为然。彤雄用一些事要挟彤肆，彤肆答应让他当护军都尉。彤肆让彤雄去找王后彤郦以谋求更高的职位。

彤雄找到王后，并呈献了太守赏给他的王后的旧物---一条旧汗巾，他以为王后会赏给他百两黄金。王后问了彤雄执行太守规定的任务的情况。听说连大王也包括在太守要谋反的计划中，王后没动声色。彤雄对王后口出狂言，还妄想自己住在大王的寝宫之中。彤郦命人取大王的酒具来招待彤雄。

相国来找太后问大王的下落，太后并没有告诉他，反而有意无意地兜圈子。相国想用和太后多年来的情份打动她，太后却不以为然。太后不让相国过问大王的事，并请相国走了。见到相国在太后面前失了势，嫪毐很得意。

彤雄用大王的金杯喝酒，他觉得酒的味道略有不同。彤郦说什么毒也毒不死他。彤雄回想起上次在虎关中毒的事，颇不以为然，仍然以为自己命大。听说大王为阿房上断头台的样子，彤郦不禁啐了一口。不一会儿，彤雄毒发，感觉疼痛难忍。彤雄拔了剑欲杀彤郦，却没有力量了。终于他被毒死了。

嫪毐趁太后睡着的时候打算偷吃赵国进贡的灵丹，不料却被太后发现了。太后命人将他倒立起来吐出药丸，士兵建议剖开肚子取出药丸，嫪毐反抗逃走，士兵去捉。王后彤郦来见太后的时候被嫪毐撞倒，王后禀报了杀阿房的凶手已经伏法的消息，并向太后请求亲自去上庸接大王回来，太后同意了。听了太后说被偷的东西，彤郦不解其意。

公孙信听了上庸方面的消息，他安慰阿房大王并没有死，而公主去见大王也不是要为了行刺。阿房请求自己去劝大王兵不血刃，劝他放弃一切变回小木匠和她在一起。但是公孙信却说迟了。阿房问自己什么时候可以见到爹和师兄，公孙信只好骗她说他们伤势重，暂时不宜见面。

太后来看相国，发现他醉卧在椅子上。太后和相国聊天，太后说出了自己对于相国的观察，相国也表示了自己的情感专一。太后请相国谅解自己最近脾气不好。相国认为大王不会只要彤雄一个人的首级，他是要和相国、太后算旧账。太后说出了事情的真相，她想还政于大王。而相国却责备她忘了以吕易嬴的誓言。相国坚决反对让大王回宫。太后和相国说到了嫪毐，太后后悔自己因为情欲而无法自拔。相国发现嫪毐变成了另外一个自己，他要铲除他，但是太后却说相国低估了嫪毐。相国一心要除掉嫪毐，太后让他小心。

正当相国和太后拥抱在一起的时候，相府管事禀报了大王回宫的消息，要求打扫明月宫停放水晶棺材。相国和太后一惊。

相国和太后听说了大王以水晶棺材成殓"阿房"。一路上烟尘滚滚，大王率军回宫。嫪毐要用宝剑剖开肚子取出灵丹，太后制止了他。太后听嫪毐说灵丹的药效发挥得如此神奇，她要他把活的灵气传给自己。

"阿房"的灵柩被安放到了明月宫，大王、太后等人一起来到明月宫。大王要封锁明月宫，除了他自己，任何人不得靠近。大王不停地对水晶棺材里的"阿房" 说话，他会如何乞求天地赐予她灵气使她复活。太后安慰大王放下阿房的事，准备处理国事。大王以"阿房"的棺材发誓，凡是牵连到刺杀她的人，大王一个也不放过。嫪毐和彤肆听得心惊胆战。

嫪毐和太守商议了大王回宫后的情势，太守说了自己准备兵变的情况和拉拢的大臣们索要的好处。嫪毐要太守把一切好处都先答应下来。说到韩非，他们定计抓了他处死来阻止韩国帮助大王。而给韩非定的罪名就是私下买奴。他们决不给韩非求大王特赦的机会。

逸云夜探将军府，她看到蒙恬在写字。范英突然出现拉逸云走，逸云走时撞到了花盆上弄出了声音，蒙恬发觉有人带了匕首追出。范英和逸云跃上墙头，蒙恬的飞刀刺伤了范英的手臂。逸云带范英到了一个山洞中，范英说了自己是在等逸云。逸云从范英的口中得知了"万字帮"要实行的"长玉计划"的始末。逸云表示自己无力帮上忙劝阿房刺杀大王。逸云打算自己去行刺，而范英认为她不适合。逸云要给范英上药，却被拒绝了。

大王和阿丹守在"阿房"的棺材旁。大王想起上次叫卢生帮阿房看她在明月宫的设立宝座的时候说的"映月而坐，天造地成；映月而卧，刁斗鏖兵。"大王和阿丹说了卢生的预测，大王越发觉得卢生的预测是灵验的。大王感慨生死，正一筹莫展的时候，听阿丹说赵王派人送来一颗千年灵丹，有起死回生的功效。但是被太后发现嫪毐想偷吃。大王决定想太后要灵丹救活"阿房"。

大王向太后要灵丹，太后推三阻四，就是不肯给大王。太后说灵丹丢了，大王当即揭穿了嫪毐偷吃的真相。太后被逼得没办法，只得让大王在自己这里翻找。大王无可奈何地走了。逸云为范英包扎了伤口，范英问她有没有见过阿房用针治病。范英说了公孙信要对阿房实施"灵海消尘"术，逸云感到了残忍。逸云也想忘记过去，她被范英责问的时候，说了自己不堪回首的痛苦回忆。范英只好安慰她。

大王叫蒙恬带一千秦镒和十五万精兵去向赵王再要一颗灵丹来，蒙恬领命而去。临行前，蒙恬让阿丹看好大王。大王等蒙恬走后还是不停地和棺材中的"阿房" 说话，说自己救活她要采取什么措施，也说了自己下令建造的宏伟工程。王贲来见大王，述说了韩非被捕而引起上庸兵围攻太守府的事。大王要王贲代替蒙恬前去降旨放人。他也听说了太守给韩非安的罪名。大王不禁感慨韩非如同飞蛾扑火。韩非被太守杀死在狱中，死前说出了"书生不容于秦，秦必灭亡"的话。王贲迟来了一步。

太庙早已经派人驻守，专人把韩非的尸体抬入了太庙，众多将士也聚集在太庙，大王全身披甲，在太庙问案。太守、嫪毐被带到太庙，他们向大王喊冤。太守说了很多为自己辩解的话。大王拿出了大臣上表的太守的罪证。太后和相国匆匆赶来太庙，遭到了阻拦。太后见有阻拦，心急如焚。嫪毐让阿丹转告大王让他放了自己，免得自己嚷嚷出丑事来。大王让人放了嫪毐，并请他到后殿去。

相国被激怒了，他要点兵来对付大王。相国硬把太后拉走了，太后很是放心不下嫪毐在里面胡言乱语。阿丹要伺候嫪毐却被他推开，大王亲自为他捶腿。嫪毐说出了阿房是因为撞见自己和太后行云布雨才离开咸阳的，而后大王也知道了他是个假阉人的事，亲手阉割了嫪毐后杀了他。嫪毐的惨叫声传到了外面，彤肆听得战战兢兢。

王后求见大王，并带来了金杯之酒。王后被准许进了太庙，大王让她赐彤肆一杯金杯之酒。太守还是不住地哀求彤郦求大王放了他。彤郦迫于无奈，哀求大王，众大臣也求大王开恩。而大王说起了韩非的冤屈，要彤郦去求韩非，如果没有风吹烛动就算他答应了。彤郦向韩非的尸体悲切地陈述着，然而天空电闪雷鸣，韩非的眼睛睁大了。彤肆知道自己没有了再活下去的可能，主动喝了毒酒。大王亲自用手重新把韩非的眼皮阖上了。

范英带逸云来见公孙信，见公孙信正给人用针灸。公孙信听逸云和范英说了咸阳方面的情况，感到大快人心。逸云见到了被"灵海消尘"的阿房，阿房木讷着没有任何反应。逸云也知道了对阿房用针控制的步骤，看着被控制的阿房，逸云难过不已。

蒙恬在校场点兵，他想起了大王要他向赵王要灵丹的嘱托。秦军浩浩荡荡地杀奔赵国。大王在宫中急等蒙恬，坐立不安。阿丹把自己见过水晶棺材盛殓人的变化说给大王听，大王终于笑了。阿丹劝大王宽心一些。太后要来见大王，大王不准，后来阿丹去叫太后才得见面。大王见了太后的面，并不请安。太后感谢大王没有治她的罪。听说太后要到华阳宫，大王要太后去荒凉的芬阳宫去，而且不准太后带人。大王表明了自己对太后的强硬态度也表示一定要处死吕不韦的决心。太后捧着大王扔给她的卢生所留的袍子，默默地走了。大王跪地叩头，泣不成声。

逸云等人教阿房听见嬴政的狼嗥就用刀刺杀，逸云示范给了阿房看。李忠说李云吼得不像，他自己吼起来的时候，阿房冲着他下刀来了。公孙信知道针灸的实验成功了。大王到天牢去看了蒙恬押来做人质的赵国众多世子和公主，也听说了还有半丸丹药在长乐公主那里。大王下令二十日内不找到长乐公主，他就要日杀赵国人质一人。

逸云夜探将军府，她偷听蒙恬、王贲和蒙武谈论关押赵国人质的事。王贲也问了有关长乐公主的一些事。蒙恬以为大王说杀人质的话只是空话，而王贲却看出大王是认真的。最后蒙恬等人决定张贴布告寻找长乐公主。逸云听到了蒙恬调侃自己和她的一段情。当听王贲说他训练的轻功好手的时候，逸云投掷飞刀扎在了桌子上。蒙恬等人追了出去，他故意挡了王贲一下放走了逸云。逸云被飞刀刺伤。逸云告诉公孙信，即刻让"长乐公主"入宫。

李云、李忠护送"长乐公主"来见大王。听说灵丹并不在公主身上，大王很生气，告诉了他们后果。阿丹安排"长乐公主"在甘泉宫住下。大王看着水晶棺材里的"阿房"悲痛不已，发出狼嗥，"长乐公主"听到了，拿起匕首寻找声源。大王似乎觉得有人来，出来查看的时候看见了和阿房长相极其相似的"长乐公主"，误以为是阿房，惊喜莫名。

大王见到"长乐公主"误以为是阿房，又继续发出狼嗥，阿丹出来劝大王时被吓了一跳。阿丹说"长乐公主"不是阿房，而李云、李忠赶来将"公主"接回。相国府的舍人们要被遣散了，总管通知相国他们要来辞行的消息。相国安排车队去四川，吟了首诗表达了自己一生所经历的事。相府总管去处理舍人们要盘缠的事了。吕威带来了大王送给相国的酒。听了吕威的述说，相国才知道原来他一直都在替大王办事。而且相国等人的一切阴谋把柄都被吕威告诉了大王。相国喝了毒酒，用话"提醒"吕威杀庄襄王的吕元也是凶手之一，大王不会放过吕家的。相国要吕威提了他的人头借机会杀了大王，以保全自己。

李忠来找公孙信，向他汇报了阿房行动的情况。李忠觉得"灵海消尘"似乎渐渐对阿房失去了作用。李忠也说了明月宫周围的防卫甚严，不好下手。公孙信让李忠看住阿房，怕阿房渐渐回忆起秦宫的一切而使针灸的作用失效。

"长乐公主"来见大王，她看见水晶棺材里有一个人，表现出很奇怪的神情。阿丹向"长乐公主"讲述了阿房的故事，伤心不已。大王拉"长乐公主"看了即将要建造的阿房宫模型。

"长乐公主"刚想出匕首刺杀大王的时候，华阳老太后来看"阿房"了。老太后带来的"华阳歌"勾起了"长乐公主"的回忆，她想起一切了，脱了长袍、丢了匕首，唱完了"华阳歌"。老太后也发觉"公主"的不对劲。阿房的身份终于被证实了。阿房也瞒了大王长乐公主要来行刺的事。大王核实阿房的身份无误，与她相拥而泣。

蒙恬和王贲等人见阿房没死，也很高兴。李云、李忠求见大王意图刺杀未成被捉、被杀。阿房见状被吓。李忠诬说是吕不韦指示赵王杀嬴政的。大王命人把李忠拉下去砍了。吕威带来了相国的人头和口信，在刺杀大王的时候被发现被捉，他请大王不罪吕门而后自尽身亡。

大王当着众将军的面，宣布了他要兼并七国一统天下的事。大王要和将军们研究出兵的方法。眼见大王下令即日出兵攻伐它国，阿房跪下劝阻。大王劝阿房不要过问秦国大事，阿房不听。阿丹劝阿房回避，却被阿房的话说服了。蒙恬、蒙武、王贲都赞成大王出兵。阿丹也请求回国纠合同志抗秦，大王狠狠地骂了他。见大王执意出兵，阿房自杀身亡了，大王抚尸悲痛不已。大王统一了天下，放过了一对木匠夫妇，联想到自己，大王感叹，遥望远方，耳边似乎听到了阿房唱的"邯郸曲"。