民国初年，燕子门新燕子李三第十二代掌门人李耀被叛徒出卖，落入宛城巡防长官虞大寿之手，虞大寿为防李耀逃跑遂将其大筋挑断。

街头闹市，说书艺人"铁嘴霸王"正慷慨激昂地讲述大名鼎鼎的江湖好汉燕子李三的传奇故事，听众中，一个衣衫褴褛的小男孩听得格外出神。不料，书场被虞大寿带兵查封，小男孩奋起反抗却被虞大寿打翻在地。

燕子李三行刑这一天，沿途挤满了送行群众。李耀师弟李显带着众徒弟混杂在群众中伺机而动。这时，小男孩捧着馒头冲到囚车旁给老燕子李三送行。虞大寿见又是小男孩来捣乱不由大怒，鞭打小男孩，现场陷入混乱之中。李显见状趁机动手，将囚车劫走。逃亡中李耀不幸中枪，死于非命。

李显徒弟李云飞和李云馨撤退时，被小男孩紧随至客栈，小男孩儿自述对燕子李三的崇敬，向李显磕头拜师。李显因无法考察其来历，在小男孩磕头之际带着云飞云馨悄然离去。

李显得知李耀所携掌门信物"燕子金镖"被虞大寿高悬于城门之上，以诱捕燕子门师徒。明知是圈套，李显却仍要将掌门信物夺回。他自己引开埋伏的部队，派云飞和云馨去拿"燕子金镖"，不料虞大寿早有准备，云飞和云馨陷入困境。关键时刻，小男孩挺身而出，协助云飞拿到了"燕子金镖"。

小男孩再次拜师，向李显讲述了他的凄苦身世，原来虞大寿与他有杀亲之仇，他为报仇一心想拜在燕子门下。李显感叹小男孩的胆识，一摸骨相，发现是块练轻功的好材料，遂在客栈将其收入门下，为他取名"李云龙"。

为了引开虞大寿派来的追兵，李显与众江湖人士进行了一场殊死搏斗，不幸在打斗中身负重伤，危难中被日本医生五咸长满所救。李显伤愈后应允为五咸办三件事以报答其救命之恩，并留下三枚黑色燕子标志作为凭证。

一晃数年，燕子门新燕子李三第十三代弟子李云飞、李云馨、李云龙都已长大成人，新一代燕子三杰重出江湖。

一日，李显听闻，李耀当年随身所带燕子玉佩落入津门高旅长之手，于是派遣云飞、云龙二人前去省城取回玉佩。

云飞和云龙趁夜潜入高宅寻找玉佩，不料云龙因贪财物被高旅长发现。云飞云龙二人空手而返。高旅长害怕家中再次失窃，大大加强了守卫，使得二人再入高宅变的困难重重。

与此同时，李云馨女扮男装来到省城，在集剧情市上救了揭发高旅长"买官卖官"丑闻的《现世报》记者朗诵。云馨与云飞、云龙三人聚首，共同商议再入高宅取回玉佩一事。云馨打听到消息，为调解津门军政双方一直以来的尖锐矛盾，高旅长要在家中开一个大型派对。三人决定乔装混入宴会现场，伺机取回玉佩。

宴会现场，李云馨利用美色取得与高旅长独处一室的机会，不料高旅长用迷药将云馨迷倒，要对云馨行苟且之事。与此同时，云龙见过了许久，云馨仍未有消息，焦急难耐，遂与云飞按计划挑拨宴会现场军政两界矛盾，使现场陷入混乱，趁机潜入高旅长卧室将云馨救走。

宴会上军政两界的冲突被记者报道，给高旅长的上司张司令造成了非常大的负面影响，张司令要求高旅长立即平息这场风波。高旅长一时想不到主意，急得焦头烂额。

云飞云龙云馨三人在高旅长家门口踩盘子，发现高旅长被记者缠的四处躲藏，云馨突然想到了集剧情市上所救朗诵正是记者，可以找他帮忙。在朗诵的启发下，云飞想出一套取回玉佩的方法。

郎记者在报纸上登了一篇"街头惊现摩登女，疑似国华报业大亨刘长乐千金留学归国"的文章，并在文章旁附上李云馨戴墨镜的照片。苦于无法澄清过失的高旅长看到李云馨的照片，如获救命稻草，见到李云馨之后想要负荆请罪。

高旅长宴请假冒千金的云馨和假冒报社主编的云飞，求二人刊文证明自己的清白。席间，云飞提出给高旅长所缴获江湖各门派信物拍照，以证明他确是靠自己实力而非买官卖官登上旅长之职的。高旅长大喜，带着燕子玉佩来到报社。

拍照时，假扮摄影师的云龙认出高旅长正是当年的虞大寿，不由怒上心头，险些使得行动再次失手。

复仇心切的李云龙在夜里独自潜入高宅，将虞大寿击杀。

因杀虞大寿，云龙犯了燕子门"绝不杀人"的门规，李显对他施以鞭刑作为处罚。受伤的云龙在云馨的悉心照料下逐渐康复，云龙流露出对师姐的喜爱之情。

由于虞大寿被杀一事惊动了军方，燕子门无法再在青山老寨立命，李显决定派云飞云龙二人去济南打前站，寻找师叔李德，准备在济南筑巢。

在去济南的火车上，云飞对齐鲁大学的女学生白凝一见钟情。正巧云龙偷了白凝的车票，云飞在将车票还给白凝时被白凝怀疑车票是自己所偷，二人由此发生争执。在列车上，白凝的言语惹怒了在一旁的日本武士高岛，高岛挥掌袭向白凝。多亏云飞出手相救，教训了高岛。白凝被云飞的正气和身手所吸引，与云飞尽释前嫌，并希望他们能够在济南相见。

云飞云龙二人来到济南，性格顽劣的云龙"逃离"了云飞，他要在师父来到济南前先好好逛逛，让云飞自己去寻找师叔李德。

李云龙在济南四处游玩，在大观园集剧情市上，云龙替铁嘴霸王的徒弟付了馒头钱，得知铁嘴霸王生病在家，为给铁嘴霸王拿钱看病，云龙偷了微服私访的韩主席的怀表，之后与铁嘴霸王相见，希望他能继续把燕子李三的故事说下去。

李云飞为找师叔去学校找到了白凝，希望白凝可以带他到济南最有特色吃食的地方，找爱吃美食的师叔李德。白凝带云飞来到了趵突泉集剧情市，云飞在集剧情市上发现了一名貌似李德的中年男子，他刚要上前相认，不料被纠缠白凝的一帮小混混耽搁了。

李云飞一路跟踪中年男子到了芙蓉裁缝铺，得知此位中年男子的确姓李名德，是裁缝铺的掌柜，云飞想与师叔相认，不料被师叔装傻搪塞过去，云飞在晚上观察师叔的生活，进一步肯定了裁缝铺掌柜的身份。新燕子李三第二日，云飞去裁缝铺以量体裁衣为名，逼李德使出燕子门的武功，使其承认了自己的身份。然而李德一心想隐退江湖，拒绝了云飞重回燕子门的邀请。

云龙独自去戏院看戏，不想赶上谭家麟来戏院找绿牡丹，云龙打算灭灭谭家麟的嚣张气焰，于是趁着谭家麟和绿牡丹眉目传情之时，悄悄偷走了谭家麟的公文包。不想，公文包里装着谭家麟勾结日本人的卖国协定。在铁嘴霸王的提议下，云龙将这些文件送到了报馆。不想，报馆却将文件送还韩主席手中，韩主席大怒，免去谭家麟秘书长的职务，将他派去警察局当局长，严抓济南城的治安。

谭家麟上任之后得知警察局因得不到经费而缺人手缺装备，遂想到了一个赚钱的"好主意"。

谭家麟雇用当地恶霸金钱豹作为警察局协理，对商家大肆敲诈，收取治安费。李德得知此事后，并未着急，心想自己一直给韩主席的三姨太做衣服，有这张虎皮，没人敢对他怎样。可谁知，金钱豹却偏偏要来扯虎皮。李德见金钱豹势大，无奈之下只得暂时屈从。

李德去求助三姨太，谁料收取保护费也是韩主席默许的，李德万般无奈。谁知，这时候云飞又借助此事，以李德之名偷了金钱豹的钱包，使李德彻底得罪了金钱豹。最终，金钱豹将李德逼上绝路，使他不得不想办法反抗。李德找到云飞，答应云飞若帮他除掉金钱豹，他就认祖归宗。云飞心中早已制订好计划，二人决定于关老爷磨刀日这天降服金钱豹。

关老爷磨刀日各商街都会组织花梯队参加夺刀大赛，夺刀大赛上，金钱豹率领的协理队力压群雄，眼看就要夺得头筹，这时化妆作武松的云飞和化妆为老虎的李德，带着芙蓉街花梯队赶来，二人与金钱豹进行了一番殊死搏斗。进过数番较量，金钱豹被打翻在地，云飞告诫金钱豹不得再欺负百姓，否则定当严惩。

金钱豹找到谭家麟，想让他为自己报仇，没想到谭家麟翻脸不认人，以非正式聘用之名将其轰走。李德自此回归燕子门。

李云龙夜晚在屋顶吃喝的时候发现了身形酷似李云馨的女子被人绑走，他一路追赶到妓院回梦楼。从老鸨子口中得知那女子名叫秋红，是刚被抢来的妓女。李云龙出钱希望包下她，不料秋红已被吴立庆警长包下。就在吴警长要强暴秋红之时，李云龙偷走了他的衣服悬挂在回梦楼屋顶，为秋红解了围。翌日，李云龙再次来到回梦楼见秋红，得知她身世凄苦，便给老鸨一根金条让她好好照顾秋红，不得再让秋红接客。

李显带着云馨来到济南，在书场得知了弟子李云龙戏耍吴警长的案子，云馨还在书场戏耍了吴警长。之后，师徒四人在普照寺如约会面。

与此同时，韩主席骑自行车微服私访，甩开了相跟的谭家麟和袁卓，正得意时与两警察相撞，被大个警察一通暴打，吃了哑巴亏。韩主席心中不满，尾随两警察至一当铺，不料二人正在此倒卖老海，韩主席大怒，开枪将其中一警察当场击毙。

舆论指责韩主席未经审判私自枪决警察，不符合法律程序，韩主席气得大发雷霆，命谭家麟让报社刊文重发文章，并决心将鸦片彻底禁绝。

与此同时，师徒一行搬入芙蓉裁缝铺，正在这时李德的徒弟二毛捂着头跑了回来，原来是遭到贩卖大烟的不法分子殴打。李显决定查出烟土源头，消灭济南的贩烟组织，让济南的老百姓知道燕子门又回来了。

韩主席大肆宣传自己禁烟的成功，燕子门的人却发现日本人为卖鸦片专门开设的凤凰会馆却安然无恙，李显让众人沉住气，继续观察。