绿牡丹想帮李云飞，但是自己也很是为难，最后绿牡丹决定帮助李云飞，但条件是必须陪她一晚。

绿牡丹与云飞聊了一夜，向云飞倾诉了自己的心事。第二天她找到谭家麟，骗谭家麟白凝是她干爹的女儿，希望谭家麟可以出手相救。谭家麟从李云鹤处得到消息，白凝将会被转移到南京。

绿牡丹已经爱上了云飞，心中虽十分嫉妒，却还是将转送白凝的汽车牌号告诉了云飞，助云飞顺利救回白凝。云龙得知白凝被救，十分恼怒，来到芙蓉裁缝铺找李德，让云飞出来与他做生死了断。李德与云龙打了起来，打斗中，云馨突然出现，她经过多年深山练剑，功力大增，与云龙战了旗鼓相当。云龙不愿恋战，逃离了裁缝铺。

李德见云馨回来十分高兴，劝云馨还是放下云飞找个好人家，谁知云馨对云飞还是一直念念不忘。云飞得知云馨回到普照寺，带着白凝来找云馨，云馨却有意躲避，不愿见到和白凝在一起的云飞。

云馨此次回来就是为了找云龙报仇雪恨。云馨的徒弟小凤侦查到云龙喝完酒后要到春香阁快活。云馨便埋伏在春香的房间，打了云龙个措手不及，然而，她还是未能将李云龙制服。

云馨见自己无法为父亲报仇，又不能与师哥终成眷属，不由心灰意冷9度网9duw.com。她来到普照寺，决定遁入空门，削发为尼。云馨找来尼姑定慧师父为她剃度，云飞及时赶到阻止了定慧，然而云馨出家心意已决，她告诉云飞即便无人为自己剃度她也要带发修行，并为自己起法号了缘。

李德和白凝都来到普照寺劝导云馨，却都因说不过云馨无功而返。另一方面，云龙从手下口中得知，一直称赞自己的铁嘴霸王也开始揭露自己的恶性，心中十分不爽，决定找铁嘴霸王算帐。在铁嘴霸王家，云龙被铁嘴连连羞辱，云龙恼羞成怒，要开枪打死铁嘴，可铁嘴却全不畏惧，云龙最终悻悻而去。

谭家麟找到李云鹤，希望李云鹤可以查处袁卓，断了自己的后顾之忧。李云鹤与谭家麟进行了官场上的交易，答应为其处理袁卓，袁卓被李云鹤抓了起来，谭家麟在狱中找到袁卓，告诉他在官场上不仅要会见风使舵，还要懂得"没真的"的三字真言，谭家麟再一次在二人的官斗中占了上风。

此时，李云鹤接到上级的命令，上级要求由保密局护送济南城防计划图到南京，李云鹤将此次任务交给了李云龙，与被押送到南京的袁卓坐同一班火车。于此同时，白凝也截获了云龙送城防图的消息，云飞决定亲自动手从云龙手中截取城防图。

云飞早早上了火车，不想巧遇也要南逃的绿牡丹。

云飞在火车上观察站台上云鹤和云龙的活动，看到装城防计划图的箱子被铐在了云龙手上。云飞正盘算如何动手之时，不料行踪却被云龙察觉。在绿牡丹的安排下，云飞躲了起来。

云龙带乘警对车厢进行地毯式搜查，不想看到了乘坐同班火车的绿牡丹，云龙心知绿牡丹对云飞有爱恋，决定从绿牡丹处一探究竟。

绿牡丹一再用言语挑逗云龙，使云龙意乱情迷，在不知情的情况下喝下了云飞已在杯子上下药的洋酒，晕厥过去。云飞打开云龙手中的箱子却发现箱子中没有城防计划图，这时他才回想起李云鹤交给押送袁卓军官的公文包，城防图一定在那里。

云飞找到押送袁卓的包厢，拿到了城防计划图，不料这时云龙从昏迷中醒来，拿枪挟持住了绿牡丹，云飞与云龙进行了一场恶战，最终云龙被云飞踢出车厢，而绿牡丹为了救云飞也献出了生命。

绿牡丹的死令向来冷血的谭家麟也感到悲痛，不想这一事件却被袁卓利用，他带着党通局的人闯入谭家麟的办公室，以谭家麟老婆绿牡丹通共截取济南城防计划图一事将谭家麟逮捕。至此谭家麟因绿牡丹最终在与袁卓二人的官斗中败下阵来。

与此同时，共产党已占领济南，云龙跑回保密局，发现此时李云鹤早已逃跑，李云鹤留下信件安排云龙带手下到南部山区潜伏。临走前云龙来到秋红住处与秋红道了别。云龙带着手下在逃跑的过程中，不料碰到了李德，李德让云龙和他到师父的灵堂前向师父认错。谁知，李德早已在灵堂里设下重重机关，李德的重重机关将李云龙困在了灵堂，云龙吃力躲闪，但因其轻功而毫发无伤，李德遂决定于云龙同归于尽，引爆了灵堂里的炸药，炸毁了灵堂，没想到云龙逃了出来，云龙恼怒，决定杀了师叔李德，不想此时云飞已赶来，云龙逃之夭夭。云飞要带李德回家，不料李德口吐鲜血，才知在灵堂里已被云龙击中要害，就此死在李显坟前。

解放大军进驻济南，昔日的警察局已变成了公安局，李云飞成了公安局治安科的科长。有人到公安局举报，在玉和堂药店发现了国民党特务的行踪。马洪国立马带人前去搜查，李云龙凭借过人耳功，迅速逃跑，马洪国带人一路追捕，逃到了山间的小土山上，马洪国将土山包围，李云龙自知无处可逃，于是将自己"吊死"在枯树之上。当马洪国发现李云龙时，发现李云龙已经没了脉搏，将他送到了医院的太平间。

云飞得知云龙吊死后，忙前往医院太平间确认，谁想，云龙早已逃之夭夭。马洪国不解，云飞告诉他云龙是用了闭气功蒙骗了公安。

云龙逃到荒野，不想毒瘾再犯，为了搞到大烟他杀害了一位老中医。云龙频频作案，引起了上级领导的高度重视，对云飞等公安局战士做了重要指示：一不能逼案犯流窜到外地，二要生擒活捉，三要在开国大典前破案。

另一方面，云飞和白凝都去劝云馨还俗，希望在二人结婚的时候得到云馨的祝福，云馨却将二人统统拒绝。尚市长得知云馨放不下心结的事情，也来找云馨，告诉她一人向隅众人为之不欢的道理，云馨有所感悟，决定给大家一个交代。

云龙被公安局的战士逼得走投无路，只得回到秋红的住处，秋红虽然接纳了他，却也劝他自首。云龙不愿自首，这时屋外响起了警报声，原来是公安战士在周围巡防。

云龙如惊弓之鸟，心里越来越慌，假意告诉秋红只要和他再做一天夫妻，他便会去自首，秋红满心欢喜地答应了，谁想第二天，做过夫妻，抽过大烟的云龙又再次反水，不愿去自首。秋红没有办法，决定杀了云龙后再自杀。秋红举起剪刀正要动手，却被云龙发现，云龙挥掌将秋红打死。

得到刘妈报信的云飞赶来，却发现房间里只剩下秋红的尸体，云龙早已逃之夭夭。李云龙化妆成了老人，躲在客来回客栈，躲避公安的抓捕。不料他的踪迹被李云馨发现，二人一场激战，李云馨渐占上风，云龙被打得奄奄一息。眼见云龙就要被云馨勒死，李云龙却再此使诈，趁云馨不备一脚将她踢晕在地。就在云龙要置云馨于死地的危难关头，白凝赶来救下云馨，并在云龙扔下手雷后紧紧抱住了云馨，替云馨挡住了手雷的弹片。

白凝被送往医院，伤势十分严重，医生尽了很大的努力仍也没能将白凝救活。此时，云馨跑来用惊人掌力将白凝救活。

云龙偷盗尚市长的住宅，却发现尚市长家竟是一贫如洗。云龙毒瘾发作，实在搞不到毒品，便来到了刚刚改作药铺的烟馆。在吸食大烟后，他将想要抓捕他的伙计二噶打死。

公安局布防的包围圈越来越小，铁嘴霸王也参与到治安联防的队伍中，发动群众四处搜捕，飞贼李云龙无处遁形。无奈之下，云龙只得留信给云飞，要与他做生死了断，云飞在普照寺找到了云龙，二人以门里的规矩做生死了断。二人一路追逐打到了重型机械厂，几番恶战之下，云龙渐渐落了下风。

从航车到冷却池，重型机械厂内云飞和云龙几番番缠斗，最终云飞使出堂畿大师传授的推碑手，将云龙制服。匆匆赶来的云馨要手刃云龙，却被云飞制止，说云龙应该得到百姓的审判。

云飞跑到医院看望白凝，告诉了白凝已将云龙擒获的好消息，并告诉白凝云馨已经还俗，等白凝出院二人便可以成亲了。

云龙被带回了公安局监狱，云飞不但给云龙大烟抽，还和云龙铐在一起，为他疗伤，云龙向云飞认罪，得知云飞一直念着同门之情并不怪罪于他。云龙伤愈，云飞要对云龙进行最后的审讯，在审讯过程中，云龙得知共产党已经查清师傅并非自己所杀，还了自己的清白，云龙决定认罪画押。得知在公审大会后将被枪决时云龙后悔莫及。

出于同门之谊，李云馨来到监狱看望云龙，云龙向云馨吐露真情，说这辈子爱过的女人只有师姐云馨一个。云馨见云龙对自己犯下的罪行真心忏悔，便去求云飞宽恕云龙，但云飞说，现在云龙已经罪大恶极，没有人能救得了他了。

云龙被人民政府处决，结束了其亦正亦邪的一生。他的坟前，云飞与云馨相对无言。重新回到书场的铁嘴霸王说起了新燕子李三的故事，由衷地感慨道：人民政府威力大，得民心者得天下。