李云馨在回梦楼见到了秋红，了解了她凄苦的身世。走出回梦楼的路上被张宪邦和贾铭缠住，危急时刻，云龙出现制服了张贾二人。李云馨告诉云龙，希望可以和他一起把秋红赎出来，被云龙回绝，但是答应师姐自己一定会为秋红赎身。

李云馨决定前去齐鲁大学拆穿云飞的真实身份，云馨穿上师叔给三姨太的衣服前去校园，美貌引起了校园学生的侧目，不料赶上吴警长来学校抓捕尚老师，白凝为尚老师打掩护，被吴警长抓住，此时云馨出现替白凝解围，吴警长落荒而逃。事后，云馨告诉了白凝云飞其实是小偷，白凝被这一事实所惊呆，云馨幸灾乐祸地离开。

云飞再次去学校听课，却发现白凝没有来上课。他心里十分着急，下课后直奔白凝家，见无人开门，便翻墙进了白凝家。白凝因为云飞欺骗她而十分生气，将云飞骂走。云飞生气的回到家与云馨理论，并告诉云馨对她只是兄妹之情，并无男女之爱，自己一生都不会娶云馨，云馨被气走。

云龙为给秋红赎身，盗了韩主席的宝源钱庄。韩主席十分恼火，命令谭家麟一个星期之内抓住燕子李三，谭家麟被逼无奈，不得不将与李三名字有关联的百姓全部抓进了监狱。几个学生都来找白凝，希望可以通过白凝的父亲救出他们被抓的亲属，这时云飞也来到学校找白凝赔礼道歉。

白凝跟云飞骂燕子门不敢承担责任，是打着侠义道旗号的小毛贼，云飞听白凝骂燕子门，心里很是不爽，生气离开。

韩主席要审谭家麟抓来的燕子李三，谭家麟没有办法，只好挑选了几个假李三充数。韩主席在审讯过程中戳穿了谭家麟的把戏。在随后的记者会上，韩主席向记者公开，已经抓住了燕子李三，不日即将宣判。

燕子门得知韩主席要用无辜的百姓做替罪羊时，李显决定要让老百姓知道真正的燕子李三还在监狱外，逼韩主席放人。谭家麟回到警察局，朗诵前去采访，在采访过程中发现燕子门大闹了谭家麟的办公室，并留下标记。朗诵将此事公布天下。韩主席十分焦急，只得将矛头再次指向谭家麟。绿牡丹给谭家麟献计，假借枪决假李三之名引真李三出现。于此同时，李云龙和秋红在一起过上了日子，秋红告知云龙韩主席要用无辜百姓当替罪羊，让云龙想办法，云龙却不为所动。

韩主席召开"百日戡乱暨智擒燕子李三庆祝会"，准备拿假李三充数蒙混过关，不想在要上台致辞之时发现自己的演讲稿已经被燕子李三掉包，韩主席坐立不安，只得硬着头皮上台，在宣布庆祝会开始时，李云飞从天而降用匕首比住了韩主席的咽喉。

李云飞向韩主席承认，自己就是燕子李三，并告知韩主席自己可以留下，但必须放了无辜的百姓。

李德从报纸上看到云飞被捕的照片，立刻回家将此消息告诉了大家，李云馨要去救云飞被李显拦住，并告知监狱戒备森严需从长计议。白凝得知云飞去自首之后，对云飞的误解有了转变，决定发动群众给政府施加压力救出云飞。并希望她爸爸白胜贤可以去找韩主席求情。三姨太将李德所说济南各商铺希望保释燕子李三的想法告诉了韩主席，正在此时，白胜贤也找到了韩主席求情。白胜贤递上济南商界为李三请愿的联名信，没想到韩主席却很强硬的拒绝了保释燕子李三的请求。

谭家麟去监狱审问李云飞，希望可以从他口中得知地下党的消息，结果吃了哑巴亏。

李云龙到了谭家麟包养绿牡丹的证据，并以此威胁谭家麟放了燕子李三，没想到绿牡丹想出了新方法，将计就计让谭家麟娶她，只要他们成为合法夫妻，云龙的计谋就不攻自破。

云龙看到刊登在报纸上的谭家麟绿牡丹的结婚公告后一下没了主意。

李德找到云龙，与他共商营救云飞一事。袁卓为谭家麟在婚礼当天安排了严密的警察部署，没想到李德早已乔装成清洁工混入了绿牡丹入住的就酒店，李德在酒店制造了混乱，云龙趁机将接谭家麟和绿牡丹的司机打晕并乔装成司机。谭家麟和绿牡丹在不知情的情况下上了车，谭家麟在车上突然发现汽车开的方向不对，这才发觉开车的是燕子李三。

李云馨将绿牡丹绑在郊外，李云龙和李显压着谭家麟来到监狱，威胁谭家麟将李云飞放走。

谭家麟放走了"燕子李三"，因此事被韩主席贬为袁卓手下，让他在警察局扫地，袁卓因终于踩在了谭家麟头上而十分得意，谭家麟十分郁闷，所以只得求绿牡丹去讨好韩主席，以求晋升的机会。云飞回到芙蓉裁缝铺后，云馨对云飞悉心照顾，希望可以得到云飞的爱，云飞却一直想着要偷偷去看望白凝。云龙营救之事后也回到了秋红处，云龙对师父不将云馨许配给他一事还是更更于怀，李云鹤借谭家麟认出燕子门的长相一事发挥，进一步拉拢云龙。与此同时，隔壁的王掌柜发现了李德可能和燕子李三有瓜葛，李德遂与李显商量，李显觉得芙蓉裁缝铺已不能就待，需另寻地方筑巢。

李云飞从家里偷偷跑出来找到白凝，白凝不但原谅了云飞，而且因云飞自首救了无辜百姓一事二人关系变得更加亲密，云飞将一枚燕子标志给予白凝，告诉白凝若有急事便可拿着燕子标志去芙蓉裁缝铺找他。李显从别处打探到白凝是共产党，因燕子门不与官府打交道的门规，希望云飞不要再与其来往。云飞把此事告诉了白凝，白凝看出了云飞心中的顾虑，故而拿着燕子标志到芙蓉裁缝铺找到李显，希望可以让李显明白如今的共产党不是以前的官府，他是服务于老百姓的优秀组织。

白凝说不过李显便生气离开，云飞追上白凝劝解不料被云馨撞见，云飞的话刺激了云馨。

云飞心知已爱上白凝，决定跟白凝参加共产党。云飞回到芙蓉裁缝铺将这个决定告诉了师父李显，李显虽很痛心但还是让云飞离开。

由于绿牡丹和韩主席的关系，韩主席打电话委任谭家麟为济南城防司令，不料到警察局才发现被耍，并听说日本人将到济南，当官的都已逃离济南。李云鹤再次找到云龙，希望云龙可以和他回南京躲避日本人，玩世不恭的云龙决定留在济南与日本人较量。燕子门把窝挪到了普照寺。日本人来到济南，雇了汉奸金钱豹一行，金钱豹等人大闹大明书场并向百姓兜售太阳旗。

藤田带人首先来到普照寺找堂畿大师超度日本士兵的亡灵，堂畿大师自毁牙齿拒绝藤田。藤田受挫找到五咸，一同商议对付中国人的方法，五咸早已想好让中国人内斗的计划，令藤田十分满意。与此同时，云飞回到普照寺找到李显，希望燕子门可以和白凝一道对付日本人，被李显拒绝。

汉奸金钱豹等人带高岛到了芙蓉裁缝铺，没想到燕子门已离开，高岛想尽快铲除燕子门，金钱豹想出一计，决定杀害江湖人士以逼燕子门出现，高岛接纳了意见，在比试中杀了江湖义士过江龙，高岛的做法引起了李显的注意，李显决定前去惩治高岛。

李显将高岛约在城北仓库一决雌雄，没想李德将此事告诉了云龙，云龙急忙赶到仓库。

云龙与李显合力一同教训了高岛和他的日本武士。藤田对高岛私自找李显比武一事十分恼火，欲处置高岛，却被五咸制止，五咸希望藤田不要急躁，要按之前的计划进行。五咸前来普照寺欲招安堂畿大师，被大师拒绝。

云龙回到普照寺看师姐，云馨希望云龙留下一起打鬼子，但云龙心里想的是师姐，却再次被云馨拒绝，云龙生气离开，去追云龙的云馨碰到前来求助的小凤，岁与小凤前去回梦楼就其母亲。在回梦楼，日本兵正在伤害奸淫中国女人，云馨大战日本兵，不料小凤娘还是惨遭日本人毒手，云馨答应小凤娘收小凤为徒。

日本兵越来越多，危急时刻李显前来将云馨小凤救走。李显招回所有弟子，在普照寺开香堂，决定更改不杀人的门规，与日本人抗争到底，光大燕子门在江湖上的声威。

李云飞在街上打探到日本人将召开升起大典仪式，李云飞想出一计，回到家中将计划告诉了众人，得到了大家的肯定。升旗仪式现场，燕子门的人早已埋伏在人群之中，在升旗进行中，云龙造成了现场混乱，云飞趁机摘了日本旗，闹得日本人团团转，李德留下了了燕子门的标记已警告日本人。众人回到家喝庆功酒，没想到云龙没有回来，与此同时，云龙来到小酒馆喝起了酒，却遇到了前来巡视的日本人。

云龙回到普照寺与众人相聚，云飞因云龙未按计划撤退而十分生气，云龙随性的性格也看不惯云飞的说教，被李德劝解。藤田对此次燕子门大闹升旗仪式十分恼怒，不了却被五咸拉去看中国电影，五咸将他的春之燕计划告诉了藤田。