女娲炼石补天后留下两块仙石在世上，其中一块爆出齐天大圣，另一块则在唐僧取经时爆出，引发另一惊天动地的故事。唐僧发噩梦见到巨猴袭击长安，悟空以元神出窍，请到八仙齐到皇君府偷看时间轮以找真凶，惜因杨戬赶到，八仙慌忙拉悟空逃走。悟空玉身被众马骝发现，悟空元神回体后立即喝走众马骝。其中一小猴却死缠住悟空教法术，而这小猴前身愿为六耳弥猴，生性聪明百厌，因捣乱天庭被贬落凡间。

小六耳锲而不舍尾随唐僧，悟空唯有收留它。八仙送来各式法宝给唐僧防身。唐僧在照妖镜中发现小六耳真身，正是梦境中遇见的黑白长尾巨猴。于是沙僧、八戒加害六耳，它惊惶地逃走。六耳被悟空以前的师父须菩提祖师所救，并收为徒弟栽培。唐僧师徒借宿高昌国，国王向他们道出高昌国正受兽精控制，并需以进贡宝物来换取平安。好打不平的悟空，为了高昌国人民的幸福，向兽精下战书。

小六耳跟随须菩提，并常常梦见自己变成大猩猩踩死唐僧，在忧虑之下决定放弃学法术，以免梦境成真。在高昌国，唐僧师徒与三兽精决斗，三个回合中八戒输了第一个回合，幸悟空在第二、三回合中以法术赢了众兽精。兽精恼羞成怒，竟与悟空大打出手，终被悟空赶离高昌国，令高昌国百姓终可享受安乐日子。须菩提奉玉帝之命离开三星洞接任经河龙王，然而小六耳则决定跟随小鹏女投奔大鹏精。

小六耳跟小鹏女去到大鹏精屋企，被二精戏弄下吃了过量大宝丹，变成高如山齐的巨猴，还失去常性跑向长安城。长安城内，太宗下令活捉巨猴，并建筑观兽台，准备中秋赏月观兽。唐僧为救苍生，派三位徒弟兵分三路回长安报信，却遭杨戬率天兵截击。八戒跳入海中，虾兵蟹将向他穷追不舍。至于沙僧在大风沙中盲目狂奔，而悟空却与杨戬大战，不慎一起被困玲珑塔中。

悟空被困在托塔天王的宝塔内，由于答不出智慧尊者的问题无法脱身，沙僧却走错方向跑到乌鸡国，只有八戒最先游水到长安城，与三兽精齐被太宗封为灭魔大将军。灭魔大军与公主随行出发，由于强敌当前，八戒装醉不愿出兵。三兽精密谋将巨猴引入湖中浸死。但巨猴遇水变龙，凶狠无比，八戒急急退兵咸阳城。太宗命程、尉两名将军领兵与八戒会合，务求要在中秋前夕捉到巨猴与各国使节赏月观兽。

公主与众大臣力劝太宗趁机诛杀巨猴，除去大害。太宗不允，认为巨龙是瑞兽，要三兽精把巨猴再变为巨龙。唐僧得知太宗举行观兽大会，决定返长安阻止浩劫发生，途中走入洪荒世界，抵受不住烈日风沙，终晕倒并被风沙覆盖。观音的眼泪令唐僧苏醒。唐僧返回长安力劝太宗放弃观兽，太宗仍执迷不悟。宝塔内，悟空苦思问题不得，惜机反问尊者问题，以观音大士为救众生，不受封为佛的典故，严责尊者置长安千万百姓性命不顾。尊者被大义所动，私放悟空出塔。悟空、八戒及沙僧分别向长安进发……