中平六年，西凉刺史董卓进入洛阳，废少帝，立献帝刘协，自称太师，专擅朝政，曹操不满董卓倒行逆施，怀揣王芸所赠七星宝刀，意欲借探望董卓之际，伺机刺杀董卓，不料却被识破，情急之下，在手下掩护中骑马出逃。谯郡百姓举行顶拐比赛，相国侄子董骠胡搅蛮缠要进行顶拐，谯郡县医官胡半仙提出董家军与百姓们来一场顶拐大赛，董骠被大栓顶倒在地，管家命人将大栓抓起来，华氏医馆第四代传人华佗出手解救，华佗指出董骠腰部有伤，骨头错位，如不及时治疗，将失去双腿。华佗以放了大栓为条件为董骠治疗，治疗过程极为痛苦董骠恼怒欲打死华佗，却发现腰被治好了。华佗缠着大栓要与其比赛顶拐，大栓迫于无奈答应，华佗可是，他输了人却很不甘心，这时，他从小指腹为婚的蕙娘过来想要将他劝回了家，可在半路上却碰到明心，华佗看到明心眼前一亮，而明心和蕙娘却为了华佗而争吵了起来。此时董骠发现华佗与明心等人，他一眼就却看上了明心，想要娶明心。惠娘答应华佗留下来，华佗与明心重返顶拐赛场，大栓调侃华佗与惠娘，明心吃醋要离开。而吴成，华佗的二师兄一直暗暗喜欢着蕙娘，他看到蕙娘没有钱买头花，就帮她买了下来，可是，蕙娘却并没有接受。华佗追上明心，假装受伤引明心关怀，明心称其父明日要坐堂迎亲，华佗与明心打情骂俏并称明日一定会演场好戏。华佗偷偷潜回家，被华父发现并向其丢人参，华父训斥华佗，华佗又跑了出去找大师兄二师兄去喝酒。曹操逃回谯郡吕伯家并以实情相告，吕伯收留曹操，半夜被马鸣惊醒。吕伯出门悄声交代其子看好曹操，曹操起疑。牛二拜见县令明心之父参加相亲，状况百出，县衙内除了牛二再无别的男子来参加相亲，原来是牛二的手下阻拦别的参加相亲，华佗扮成天师自称为牛二和明心合八字，混进县衙内自称为牛大，华佗奉承牛二并提出要先见明心，心花怒放的牛二果然答应了，华佗去见明心却被明心认出，华佗耳语给明心自己的计策。喜莲戴着面纱假扮明心见牛二，牛二欲摘下面纱被阻止，喜莲在明心的指示下给牛二设置了三关，第一关测食量，在规定时间内喝完茶吃完萝卜，第二关测体力，在水流光之前拿到手绢，前两关牛二均未完成，第三关测胆量，要求牛二将自己的面纱揭下，牛二满心欢喜将面纱揭下，却发现将自己画的奇丑无比的喜莲，夺路而逃撞上前来一看究竟的县令，县令澄清明心才是自己的女儿，牛二却因为吃了太多萝卜和热茶放屁不止，事已至此华佗即向县令拜别，却因胡子没有粘好而被识破。县令训斥明心被明心的奶奶阻止。明心跑出来见华佗，送给华佗一把壶希望能安定他的心神。两人互诉衷情，约定一起漂泊天下，悬壶济世。吕伯家人磨刀，曹操以为是要杀他，将其二人杀害，此时吕伯沽酒返回家中，曹操方知他们是要杀猪慰劳自己，曹操一不做二不休三拜于吕伯之后又将吕伯杀害，当空大喊：宁可我负天下人，不可天下人负我。却不知草垛当中始终有一人偷偷在旁观看。

华佗与明心分了手回到家中，生怕怕遭父亲责骂。哪知下人告诉他因父亲医死了人正在县衙受审。原来华佗的父亲一直潜心研究麻醉术，技术还未成熟，所以没有公开，世人也不能理解和接受。此次他为人看病，使用了麻醉，结果病人深度昏迷如死亡一般，故被病人家人告到县衙。华佗到公堂之上为父亲辩解，县令不依不饶。背地里县令悄悄与华父耳语，若华佗不再纠缠明心，他就对华父网开一面。华父很惊诧，他告诉县令，自己已为华佗定了娃娃亲，明日就是成亲之日，自然不会再与县令千金来往。

因为华父医死了人，难逃其责。华佗心急地要为病人做心脏复苏，众人却觉得他是在亵渎病人尸体不让他按压病人心脏。万般无奈之下，华佗师兄吴成使用了九转丹救醒病人，华父才顺利脱身。

华父责怪吴成不该随意使用九转丹，吴成却觉得华父把他当外人，研究麻药之事一直瞒着自己但却让华佗知晓，果然儿子比徒弟亲。这时明心托县令府医官胡半仙给华佗送来密信，因为董骠看中明心向县令提亲，县令得罪不起只得应允，明日董骠便要来强娶明心。明心约华佗私奔。哪知华父知道此消息后勃然大怒，大骂华佗忤逆不孝，于是强行让华佗和惠娘成亲，将华佗关进洞房，让吴成守住洞房门口。吴成一直喜欢惠娘，眼见心爱的女人与别人成亲，吴成心如刀割。

华佗在洞房外苦求吴成放自己出去，他知道吴成喜欢惠娘，于是提议让吴成进来与惠娘洞房。惠娘知道自己在华佗心中没有位置，逆来顺受的她虽然难过，但却恪守妇道。屋外的吴成虽然难过，但向来循规蹈矩的他也不敢违抗师令作出大逆不道的事。华佗逃跑无望，想到明心一定心急如焚，焦虑失落的只得借酒消愁。惠娘劝华佗少喝，华佗醉眼惺忪间将惠娘看成明心而与惠娘成了男女之事。惠娘听华佗醉酒后嘴里一直叫明心的名字，知道他把自己误认成明心，难过的流下眼泪。

县衙此时一番喜庆热闹。董骠要来迎娶明心，县令虽不喜欢董骠但因得罪不起只得强装笑脸。明心久等华佗不来，只好让胡半仙支开父亲，自己带着丫鬟喜莲偷偷地溜出门去找华佗。她翻墙进到华佗家里，疑惑地看着华佗房间门上的大红喜字。叩门时惠娘起身开门更让明心吃惊。她叫醒床上的华佗，质问他为什么不赴约还与别人鸳鸯帐暖，枉自己违抗父令抗婚私奔。华佗好不容易想起昨晚的事情，还来不及解释明心就难过地夺门而出。华佗骑着马追赶明心的马车要跟她解释。一马一车在路上狂奔。

城门外，曹操正被追兵一路追赶，他往城门处飞奔而来，身后是追兵如雨的飞箭。曹操进入城门赶紧关门，此时正好碰到追赶明心的华佗和明心，吴成和惠娘也追了过来。眼看追兵要破门而入，华佗帮着曹操死死地抵住城门。城门被外面的追兵挤出一条缝隙，一支利箭从门缝朝众人射了过来。

门外的利箭朝众人射过来，眼看就要射中惠娘，吴成突然一把拉过惠娘，明心正好探身过来看情况，这支原本会射中惠娘的箭一下子射中吴成，然后箭头穿过吴成的身体正好再次射中他身后的明心。一支箭将两人串在了一起。华佗眼睁睁地看着这突然发生的一切不知所措。幸好曹操的家兵正好赶到，一举歼灭所有的追兵。

众人赶紧将吴成和明心送到县令府中救治。董骠正在为明心逃婚的事威胁县令。曹操如今回到谯郡县，想壮大势力，所以准备与县令结盟。众人都知道曹操刺杀董卓之事，董骠更是怕的躲了起来，完全没有了刚刚趾高气扬的架势。他偷偷地溜了出去。曹操借口要给县令贺喜送贺礼，出去片刻后又返了回来，送上的贺礼竟然是杀了董骠的迎亲队伍和董骠的项上人头。县令和众人皆愕然。县令没有退路只得与曹操结盟。

华佗弃婚私奔让华父暴跳如雷，他把家族的一些重要人物请来做见证，他要把华佗逐出家门。惠娘觉得事情皆因自己而起，于是哀求华父自己愿意退婚成全华佗和明心，华父根本不答应。于是惠娘提出要随华佗一起出家门，追随他照顾他。华父见惠娘心意已决也只得随她。华佗和惠娘在一处破庙安家。经过救治身体已无大碍的吴成随后送来一些被褥。华佗与惠娘约好晚间分开而住，惠娘没有提出异议。华佗一心要找明心解释，明心嘴上怒气未消，内心却还惦记着被逐出家门的华佗是否安好。

县令要在谯郡县招兵买马扩充势力。谯郡县的精壮劳力都来参加验兵。胡大仙是此次验兵的体检官，他借着手中的权力想借此机会敛财。他的做法引起前来验兵的大栓等劳力的不满。华佗也来参加验兵，胡半仙劝他回家，他作为华佗的大师兄知道华家就只有华佗一棵独苗，师父是不会让他去当兵的。于是华佗另立山头，自己要成立一支队伍，于是将大栓等人拉到自己麾下。曹操带着自己的曹家军来到招兵现场，让他们演练给众人看。曹军的威武雄壮震撼了县令和华佗。华佗更是将曹操当做心目中的英雄崇拜。

晚间有董卓的细作潜入谯郡县令府，劝县令不要与曹操合作，要看清形势，不要与董太师的精兵强将以卵击石。县令很纠结，想到董骠之死董卓可能不会放过自己，于是提出要董卓的手谕，对董骠的死不予追究。细作满心欢喜地回去复命。

细作行色匆匆路过一片坟场时正巧被醉酒睡在此处的华佗绊倒，华佗看到从他身上掉落的董军的令牌，便知他是董卓的细作。华佗将他交给曹操。

在细作离开后，县令一直非常矛盾。明心这时帮父亲分析形势，让父亲分清利弊，着眼长远，不要与董军联盟，与曹操共同抗董才是正道。县令内心摇摆不定之时，曹操邀县令一起查看练兵。当着众军曹操把细作抓到台前，要县令弑细作壮军威。面对曹操咄咄逼人的目光和眼前众目睽睽的注视，县令只得杀了细作。此举彻底将县令逼上与董军对立的境地。

明心一直担心华佗的安危，自己又不好意思亲自打探他的消息。于是让父亲请吴成给自己治伤，她不动声色地向吴成打听华佗的近况，也想给华佗一些帮助。吴成旁敲侧击地告诉她，华佗一切安好，让明心不要打扰他和惠娘的生活。

董卓的军队兵临城下，形势十分危急。曹操的军队、县令的军队以及华佗招募的军队三方一起共抗董军。华佗在作战时穿梭于军队之中，忙着抢救伤员，在他眼里只有伤员不分敌我。大栓对华佗迂腐的医者之心无可奈何，作战之时还要分暇照顾华佗。董军来势汹汹训练有素，谯郡的军队最后虽然取得胜利但也损失较重。在众人欢庆胜利的时候，县令想到谯郡兵力有限没有可补充的力量，而董军的兵力却可以源源不断地增援。县令忧心匆匆。

华佗一直见不到明心的面得不到她的原谅，便常常喝酒麻醉自己，聊解相思之苦。得知二师兄吴成正在为明心治伤，于是他将自己要对明心说的话都写在信上，拖吴成带给明心。吴成转念一想答应下来，并告诉华佗如果明心不回信则表示不能原谅他，让他从此死心好好与惠娘过日子。华佗将信交给吴成，兴高采烈地走了。吴成转身就把他的信扔了。

董军果然派来增援大肆进攻谯郡县，县令这次采取了坐山观虎斗的做法按兵不动。曹操带军与董军浴血奋战，无奈兵力悬殊很快曹操就伤痕累累，危在旦夕。明心看到这一切，劝在城墙上观望的父亲出兵救曹操。县令还在犹豫，却看到华佗带着他的兵们用推车推着一车发出浓浓的黄烟的药草冲入阵前。药草发出刺鼻的气味，众军士纷纷捂鼻。华佗乘乱救回曹操。曹操感恩华佗再次救得他的性命。

战事还在进行，伤员是越来越多。华父看到一向顽劣的华佗此时专心致志地救护伤员深感欣慰。明心借故来看伤员，为伤员送来食物，看到忙碌的华佗内心窃喜，表面却装着冷冰冰的样子。华佗一直没有收到明心的回信，不知道她的真实想法心里十分惶恐，却一直没有机会与她交流。

大栓受了重伤从战场上被抬了下来。看到大栓痛苦不堪的样子，华佗无法想象像大栓这等铁血男儿都紧皱眉头，那该是怎样的疼痛。再看旁边另一个伤员，因为伤口很深无法处理，已经溃烂长了蛆虫。华佗知道如果有麻醉药物为他们止疼，只要进行一些小的手术他们的伤就不会这么恶化。华佗很痛苦，于是他给自己灌了很多酒，然后让惠娘在他醉的不省人事时用刀刺伤他，他想试试醉酒后能忍住多大的疼痛。

华佗眼看大栓等人受伤痛折磨，于是不计前嫌求父亲将麻醉药交给自己救人。华父告诉他麻药目前还没有研究成熟，极易出事。但横竖都是会死，华佗还是想试试。哪知用过麻醉药为大栓做完手术后，大栓竟然还是死亡。华佗用麻药失败痛失好友，内心深受打击。华父见华佗用心从医，于是将自己研究的麻醉药的配方交给华佗，让他继续研究下去，将麻醉药研制成功。

县令见曹操兵力有限，数次作战已让他元气大伤，他自己还受伤一直静养。而今，军队的粮食供给也已出现危机，于是他决定弃曹操投奔董卓。为瓦解曹操的兵力，他乘曹操受伤养息之际，先后说服曹操的副将夏侯勇等人，约定时间发动兵变，将曹操一举拿下送给董卓，作为自己投诚董卓的诚意。

由于大战在即，而大将夏侯勇称病不出。曹操疑心有异，于是让华佗前去为他医治。名为探病，实为探得他的虚实。华佗查出夏侯勇根本无病，夏侯勇担心华佗的如实汇报会让曹操心中生疑，而约定兵变的时间就在几个时辰以后。县令带着胡半仙赶到夏侯勇府上，为堵住华佗之口，他们准备杀了华佗。胡半仙念在华佗是师父的独苗，于是建议留下他的性命，因为他不回去复命曹操照样会生疑。如今两全的办法就是灌醉华佗，让他回去后也开不了口。

明心偷听到父亲与胡半仙的密谋，他们准备还是把华佗沉江灭口。她心急如焚，因为县令下了她和胡半仙的禁足令，他们无法将消息传出去。晚上明心在胡半仙的窗外放了一张供桌，说是要祭拜亡灵，还威胁下人们守口如瓶，然后借口让亡灵享用供品将桌子留在了窗外。胡半仙在屋里听到明心与下人们的对话后心领神会，他偷偷地从窗子溜了出去。

胡半仙心急火燎地将从县令那里偷来的曹操副将们按了手印的投降书交给吴成，还把华佗的现状和曹军副将要兵变的事告诉了吴成，让他赶紧去通报。他自己得乘看守房间的人未发现时赶紧回到房间。

华佗喝的酩酊大醉不省人事。不久便有人架起他，将他拖上屋外的马车。