老人把华佗带到他的藏书室，里面有很多医书孤本，华佗如获至宝，如饥似渴地阅读。如此数月过后，华佗惦记明心，估计她的孩子已出生。华佗写信给明心时正碰到她的孩子出生，明心生了一个男孩，起名沸儿。

华佗和灵儿在郊外采药时，灵儿告诉华佗自己是老人捡回来的孤儿，家人抛弃时除了留给她一个晶莹剔透的手镯什么信息也没有。正说话间附近有猎户射中一只老虎，灵儿看老虎是一只刚生产的母虎，于是求猎户放了老虎。猎户却因为母亲风湿需要虎骨必须杀了老虎，华佗于是主动提出帮猎户母亲治病，让他放了老虎。通过给猎户母亲治病，华佗告诉猎户他母亲的病一些是因为病痛，更多的是因为孤独，希望他多陪陪母亲。老人很赞成华佗治病又治心的做法。

华佗通过观察，注意到动物常常活动精力充沛，想到如果人经常运动一定也会强身健体。于是华佗根据动物的形态研究创造出了模仿动物形态的体操，起名为五禽戏，用来模仿锻炼强身健体。几番寒暑过后，华佗的医术、心态和心境都有了很大的提高。老人甚是满意。

一日明心和喜莲带着沸儿上街，结果喜莲看到了吴成，几个人赶紧往回走。吴成是回来祭拜惠娘的。结果牛二为了留下讨好吴成，主动告诉他明心有个儿子，但 明心并没有成亲，所以不知道孩子到底是不是华佗的。吴成心中生疑，想到明心家里去看她和孩子。尽管胡半仙和喜莲百般阻挠，但吴成还是冲进院子，看到了失明的明心。吴成很吃惊明心的样子，还想再看看孩子时，突然下人来催他回去给曹操看病。曹操头疾越来越严重，太医院里的太医根本束手无策。

华佗此时在山中已准备下山给周瑜看病，想借看病之机劝周瑜不要杀戮，多拯救苍生。灵儿舍不得离开，但老人劝她跟华佗一起下山历练。为了让灵儿放心，老人故意称自己如果不是因为要照顾灵儿早就云游四海了，但背着灵儿他偷偷告诉华佗皆因自己已算到不久要离开人世，所以才将灵儿托付给他。临走他告诉华佗只有心系苍生才为大医。华佗将此教诲铭记于心。

华佗与灵儿刚下山，路途就遇到夏候勇正在追杀一个人。华佗心生怜悯，救下此人并为他包扎好伤口。此人激动地看着华佗泪如雨下，喊出了华叔。原来他竟然是四处颠沛流离的天来。华佗心疼不已，让他从此跟着自己不 要流浪。

华佗为周瑜医治失眠彼有奇效，周瑜非常满意，因为他广招名医都没有医治好，华佗手到病除让他免除了多日来失眠的痛苦。这时有属下来报，称曹操军营中出现瘟疫，曹操十分的头痛。周瑜却觉得这是难得的出兵灭曹的时机。华佗乘机让周瑜放弃杀戮，称只有这样才会心平气和，也才不会再失眠。但周瑜否定了他的建议。

曹操营帐之内是人心惶惶，眼看大敌当前军营却生瘟疫，如此必将不战而败。曹操质问吴成，吴成诚惶诚恐地回答若要治愈最少要半个月之久，曹操大怒。于是吴成建议将患病的将士尸体丢入江中，让他们随江而下流入东吴，将瘟疫带进东吴。曹操对吴成生为医者却生出如会危害更多人性命的念头侧目。但为了战事曹操还是接受了吴成的建议。

华佗为周瑜治疗失眠后提出要前往曹营救治受瘟疫感染的将士，因为在他眼里只有病患，没有敌我。周瑜非常生气，此时有属下来报，临江边的村民受瘟疫感染。华佗自愿到村子里去治疗瘟疫，周瑜却不想村民将瘟疫带入军营，想封闭村子，情况不对时就焚烧了整个村子。既便如此，华佗还是准备前往村落，灵儿也不顾华佗的阻止坚持跟他去了村子。周瑜手下大将奉周瑜命令，给华佗三天时间，三天之后会屠村。华佗义无反顾地进到村子。

有些村民十分的恐慌，开始往村外逃窜，结果被守在村外的官兵用箭射死。其他村民绝望之时得知华佗是专门来医治瘟疫的大夫重又燃起生的希望。这时有村民发现江边漂流过来的尸体。经辨认是曹军士兵的尸体，灵儿建议大家将曹军的尸体全部烧掉，防止尸体往下流污染下游的村落。结果在处理尸体时，村里的刘奶奶发现了孙子大宝的尸体，哭的死去活来。灵儿去刘奶奶家照顾她时，刘奶奶认出她手上独特的手镯。原来灵儿的母亲是个大家闺秀，当年与一个军官私奔有了灵儿后因未婚先孕后遭到家族的排挤，最后因为身体羸弱生病去世，那个军官刘奶奶也不知姓名，只知道他擅长丹青。灵儿没有问到父母的下落，很失望。

天来听说华佗在瘟疫村有可能被烧村，着急的赶紧过去帮忙。守村将军托天来带话给华佗，可以在晚上偷偷放他出村，但村民们却要被烧死。天来知道华佗的秉性，一口回绝了将军。哪知华佗却提出自己愿意出村，他要利用将军的士兵搬运草药，表面用来烧村，实际是将草药点燃烟醺去除瘟疫。此举既除了瘟疫又保全了全村村民的性命。周瑜非常高兴要给华佗赏赐，华佗什么也不要，只提出准许他过江。但周瑜却不允许，因为他知道华佗会去曹营救那些得瘟疫的曹兵。于是他便将华佗软禁起来。

曹操得知华佗三日内便帮江东除了瘟疫，对吴成一干人等非常生气。吴成得知华佗又一次抢了他的风头，吃惊又不甘。此时华佗因为被软禁，便在住处教下人们一些五禽戏。周瑜过来看到后十分不解，但听华佗说可以强身分体，便吩咐下人们好好学习。

周瑜的士兵见华佗带着一帮下人在练五禽戏，并将他们带到户外练习，于是准备向周瑜禀报，谁知此时周瑜正在议事，属下只得等在旁边。等周瑜议完事听了属下的汇报大发雷霆，赶紧派人追赶。此时华佗果然带着灵儿和天来逃跑，华佗准备渡江去曹营中治疗瘟疫。哪知天来突然打晕华佗并将他捆了起来。华佗苏醒后天来跪在他面前，他希望华佗原谅他的不得已行为，因为曹操与他有不共戴天之仇，自己又没有能力杀曹操，所以他不希望华佗去给曹营的官兵治病，哪怕将来曹操死后自己以命抵那些无辜官兵的性命。华佗说服不了天来急的正不知如何是好时，走散了的灵儿这时找到华佗和天来藏身的山洞，灵儿也支持华佗的观念，于是三人剧烈争执起来。争吵声惊动了正在树林巡逻的夏候勇，夏候勇看到天来正要杀他，华佗拼命救下天来。东吴的追兵也已赶来，夏候勇想带着华佗撤离。在与东吴追兵争斗间，天来和灵儿失足跌下山坡，夏候勇拼命救出了华佗。

华佗到了曹营，面对曹操还是他的那一番劝曹操不要杀戮的言辞。曹操为了治疗瘟疫让军营的太医们都到了议事大厅，结果华佗很直接的让吴成出去，自己不愿与他为伍，因为像他那种让病尸随江而下感染更多人的行为不仅没有医德连人性都没有了。吴成气的火冒三丈，无奈华佗坚持曹操支持，吴成只得悻悻而走。

曹营得瘟疫的官兵得到华佗的医治很快转危为安，众将士对华佗感恩戴德。这一次前方打仗受伤的士兵因重伤在华佗面前眼睁睁地死掉，再加上吴成的冷嘲热讽，华佗意识到自己改变不了时局，不能阻止杀戮，做不了苍生大医，内心非常失落。因为曹营里瘟疫已治好，华佗想离开曹营，曹操苦劝后称曹营中还有一人生病，所以他不能离开。

华佗在给病人刘二宝医治时，发现刘二宝其实没有病，原来他就是东吴刘奶奶的二儿子。他因大哥得瘟疫而死，家中老母无人奉养，所以才让华佗帮他装病想避开战争。吴成得知这个消息后向曹操告密，曹操对刘二宝临阵脱逃扰乱军心的行为大怒，他对刘二宝进行了严惩。华佗已对曹操彻底失望，于是离开了曹操准备回到家乡。

华佗回到家乡，看到了阔别已久的明心，明心面对华佗更是百感交集，两人泪如雨下。华佗见沸儿老是被别人欺负，于是教他学五禽戏强身健体。天来和灵儿准备回谯郡找华佗，两人走到城门口被守城侍卫追杀。他们最后跳入潭中才逃脱出来。

灵儿和天来从潭中爬上来后，灵儿受寒冻的浑身发抖。天来生了火后看灵儿瑟瑟发抖昏迷不醒的样子，急的没有办法后脱了外衣将灵儿抱在怀里。一夜过后，灵儿终于醒了过来。天来按照灵儿的描述给灵儿找来草药，将灵儿救了过来。

吴成这一日乘轿路过谯郡，顽皮的沸儿不小心用弹弓打到吴成的手下，手下与沸儿正拉扯时惊动了轿里的吴成和正在寻找孩子的明心。吴成注意到这个孩子，缠着明心问沸儿是谁的孩子。明心拉着沸儿快速离开。吴成不死心，又向胡半仙打听，胡半仙已改过去贪财没有原则的性子，他拒绝了吴成的银子和拒绝回答沸儿的身世。哪知隔天吴成又来看明心和沸儿，他拉着明心咬定沸儿是自己的骨肉，不停地纠缠明心，明心吓的赶紧离开。

一日天来拉着灵儿躲过追兵，逃脱到集市上，结果遇到正带着明心和沸儿的华佗。华佗原谅了天来过去的事，叔侄俩冰释前嫌。天来和灵儿的到来起初让这个大家庭非常的热闹，但灵儿不拘小节地与华佗亲近让喜莲很不高兴。她觉得明心与华佗好不容易苦尽甘来，眼看就要修成正果，灵儿的突然到来不免让华佗与明心会心生出嫌隙。胡半仙看出了天来对灵儿有意，于是劝天来勇敢表达自己的心意。     

吴成离开谯郡时又一次来到华府纠缠明心，华佗为保护明心和沸儿，在吴成硬说沸儿是自己孩子时，华佗站出来宣布沸儿是自己的孩子，并当着众乡亲的面故意说自己当年不负责任抛下明心母子，现在他要承担责任娶了明心。众乡亲看到这一对苦命鸳鸯终成眷属，都齐心祝福。吴成悻悻而走。

灵儿心中早就对华佗暗生情愫，看到华佗与明心两情相悦的样子，伤心地跑了出去。天来看灵儿跑出去追了上去，勇敢地向灵儿表达了自己对她的情意，灵儿却告诉他自己有喜欢的人了，是华佗。

天来得知灵儿的心上人是华佗后伤心难过的以酒消愁。结果喝的酩酊大醉，在街上遇到了正准备连夜赶回京城的吴成。吴成连哄带骗地把天来带上马车，想把他交给曹操加官进爵。华佗正和明心等人喜气洋洋地准备明天的婚礼，胡半仙急忙赶到告诉华佗，天来被吴成带上马车往京城驶去。众人分析以吴成的人性绝对是要拿天来换得自己的仕途。华佗放下婚礼的事，赶紧往京城赶去救天来。

吴成假说要帮天来刺杀曹操，将天来藏在密室。暗地里他去向曹操举报天来，哪知曹操外出。于是吴成为安定天来，故意怂恿挑拨天来说华佗夺走了他们两个人心爱的女人，谁知天来根本不理会吴成的挑拨，在他心里华佗就如同父亲一般。吴成回到甄府甄依柳为他到谯郡认孩子的事又吵又闹，还搬出哥哥甄太医为她主持公道。甄太医将吴成骂的狗血喷头，称不可能让他带个野种回来继承自己的家产。吴成见甄太医对自己这个入赘妹夫鄙视和不屑，心中十分不满且怀恨在心。在他准备去举报天来时，他突然又起了其它的念头。

他先哄得甄依柳高兴，然后乘机将化名为吕仇的天来让甄依柳推荐给甄太医，因为天来本身就有一些医学基础，加上甄依柳的推荐，甄太医收留了他。吴成之前私下跟天来商议，哄骗他说让他在甄太医处卧底，说甄太医贵为医丞接触曹操的机会比较多，将来要报仇有的是机会。于是天来爽快地答应了下来。他果然不负重望，在甄太医考核时对答如流，很快获得甄太医的重视。甄太医还承诺如果天来将来足够优秀，自己还会推荐他给曹操。天来心中暗喜。华佗和灵儿到甄府找吴成，让他交出天来。但吴成一口咬定自己根本没有见过天来，华佗没有证据只得作罢。他和灵儿决定在京城暂时安顿下来，支个摊位看病问诊，慢慢寻找天来。

一日华佗在街市遇到官兵给难民施粥，但粥里米粒太少，难民们根本就不能裹腹。华佗看施粥的官员像是有头疾，于是心生一计。他赶紧走在官员前面，吸引他到自己的医摊看病。然后华佗一番神乎其神地忽悠，又亦真亦假地开出了真的药方，然后让他去找集市卖胡瓜的人那里买瓜，并将胡瓜的疗效渲染的包治百病。最后附近的达官贵人们闻讯纷纷去那里买瓜。卖瓜人对华佗感激不尽。

吴成在太医院里的病人越来越少，才得知很多人都直接去了门口华佗的药摊面前看病了。吴成气急败坏，偷偷地观察华佗。一日为百姓施粥的方大人来华佗摊前看病，华佗以为他和贪污的那些官员是一伙的，所以提出了很高的诊金。方大人为官清廉，付不起诊金，气的起身而走。结果把钱袋落下。华佗拾起钱袋追了上去。

华佗追上方大人，正听到他和下人说话。下人让他不如做些手脚贪一些钱财做为诊金，结果遭到方大人严厉的呵斥。华佗才知道误会了方大人这位清官，于是主动为他看病。吴成通过观察发现，华佗与瓜农互相勾结，故意抬高诊金，骗的达官贵人们纷纷抢购胡瓜。而后瓜农将多卖的瓜钱交给华佗。吴成为此状告到曹操面前，原想让曹操以行骗之罪处罚华佗，哪知曹操却从达官贵人们能高价购买胡瓜看出这些人贪赃枉法。吴成没想到事情发展成这样，有些意外。而华佗却将这些额外得到的钱全部用来施粥。曹操对华佗这种虽然烂却有效的法子非常赞赏，有彼对其脾性的意思。

华佗又亲自试药，试验前他吩咐灵儿一旦他有事及时帮他找大夫。结果华佗试了药后就头晕眼花，他感到自己不行了，于是赶紧写下遗书。曹操的小儿子曹冲病重，太医院久治不愈，于是曹操让人去请华佗。哪知去的人很快回复回来说华佗去世了。曹操非常难过，想到与华佗的交往，觉得华佗是一位难得的挚友，不禁潸然泪下，曹操决定亲自去祭拜他。他让曹丕安排由吴成为曹冲治病。曹丕却暗暗交待吴成治疗曹冲时只可治标不能治本。吴成惊呆了。

吴成将曹丕的指令告诉了甄太医，他们分析曹操年事已高将来会传位给谁。此时他们都惶恐怕站错了队将来祸及自身。于是甄太医见吴成站到曹丕队伍时，甄太医就选择了站在曹冲那支队伍，将来不管谁嬴到最后，他们都可以实现双赢。此时华佗的死讯传到谯郡，明心悲痛欲绝，带着喜莲等人赶到京城来祭拜他。

明心听了喜莲读的华佗的最后的遗嘱，得知华佗为试药拿自己的性命做赌注，信中又最不放心明心，字字句句字里行间无不表露出对明心的关心和放心不下。华佗的深情让明心更是哭的泣不成声。这时吴成假惺惺地来祭拜华佗，可眼睛却直勾勾地看着沸儿，他认定沸儿是他的孩子，硬是要将沸儿抢走。喜莲等人阻止了他，还要赶他出去。明心让他在华佗灵前说句实话，天来到底在哪里，可既便这样，吴成还是昧着良心说自己不知道。

这时甄依柳寻吴成过来，对明心和沸儿一番羞辱不说，还踢着华佗的棺木恶毒的咒骂。沸儿看不惯甄依柳对母亲的无礼，上前替明心抱不平，甄依柳动手想打沸儿，吴成一掌一耳光打向甄依柳。甄依柳像泼妇一样准备大闹，这时曹操突然进来祭拜华佗，吴成赶紧带着甄依柳仓皇而走。曹操拜完华佗准备离开时，突然发现一旁的灵儿。曹操盯着她欲言又止，这时下人来报曹冲病情反复，曹操这才匆匆离去。

吴成宴请胡半仙，在他巧舌如簧地劝说下，胡半仙考虑到华佗已死，明心母子的确无依无靠，再加上吴成赌咒发誓，胡半仙真的相信他会痛改前非，于是告诉了吴成沸儿的身世，沸儿果真是吴成的亲生儿子。吴成激动的跪地拜天。回到家吴成极力地讨好劝说甄依柳，哪知她死活都不松口。