夜半时分，惠娘在河边洗衣服。离她不远处一辆马车停下后，有两个人匆匆从车上将醉酒的华佗拖下来，扔进水里后仓皇离开。一直紧随的吴成看到他们离开后，赶紧将华佗从水中救起。华佗醒来后，吴成将胡半仙交给他的投降信递给华佗，劝华佗安心从医，不要过问战事，再说如果曹操得知此事，必定要杀了县令，到时候一定会伤了明心的心。华佗接过投降信想到一个万全之策，然后赶紧去向曹操报信。吴成对华佗的想法不能理解。惠娘洗衣服时看到从上游飘来的华佗的木屐，她惊慌地顺水流去寻，遇到吴成得知华佗安全后，紧绷的神经一下子松懈下来，人也晕了过去。吴成赶紧为她号脉，发现她怀孕了。

曹操将一干欲谋反的副将们聚在一起。以夏侯勇为首的这些人惴惴不安。曹操原本暴跳如雷，可接受了华佗的建议后对这干副将和颜悦色。曹操把他们按了手印的投降书拿出来给他们看，众人大惊失色，手缓缓地握住了剑，准备与曹操拼个鱼死网破。哪知曹操将降书付之一炬，众人不解其意。曹操表示理解他们的想法，就以前对待他们的态度表示歉意，决定对他们的做法既往不咎。曹操这种恩威并施的做法既平息了兵变，又让众副将感恩戴德死心塌地。

华佗连夜研制出一个奇异的木床，用来对伤筋动骨的伤者矫正骨头的位置。众人对这奇异的木床充满好奇和怀疑的目光。曹操却首当其冲愿意一试。此木床使用牵引配合按摩手法，果然有奇效。曹操久久难愈的错位腿骨经此一试竟然能正常行走。这个发明对将来战场上救治伤员起到事半功倍的效果。曹操大喜。

董军已围困谯郡两月有余，如今军中粮草供给十分紧张。县令内心仍然左右摇摆不定。眼见董军再次发起猛攻，曹军因兵力悬殊已岌岌可危。董军开始攻打城门，城门已抵御不住被董军挤开一条门缝，谯郡沦陷已在当下。华佗抱起一根粗大的树干准备抵住城门。惠娘也上前帮忙。明心见状拿起鼓槌擂响战鼓，谯郡肖县民纷纷冲出家门，自发加入到抵住城门的队伍，他们要誓死捍卫家园。

明心原谅了华佗，主动去破庙找他，两人想重归于好。华佗觉得终于守得云开，内心非常激动，拉着明心的手憧憬着两人美好的未来。惠娘看到这一切很失落。吴成却替惠娘抱不平，痛斥华佗为了自己连孩子都不顾了。所有人都惊呆了。惠娘都不知道怀孕，华佗更没想到新婚之夜自己酒醉后唯一的一次接触竟然让惠娘怀孕。明心彻底地心寒了，觉得和华佗再也没有可能了。明心难过的心如刀割。

因为谯郡被围，城里缺医少药，而惠娘的胎气不稳需要安胎药，吴成便向县令提出放他出城采药。县令因为吴成是大夫出城采药不会引起别人怀疑，所以说服了他替自己带一封降书给董军。吴成为了惠娘，加上县令说投降是为了保护谯郡不受屠城，所以他答应下来。

华佗也因为惠娘胎气不稳想出城采药，于是他跟随吴成一起。吴成没想到华佗会一起，为避开华佗将降书交给董军，吴成故意引起董军注意让自己被董军抓住，然后借机将降书交给了董军。逃脱的华佗却为了吴成自投罗网，要求以自己的命换回师兄吴成的性命。吴成没想到华佗如此仗义，内心非常愧疚。

回到谯郡的吴成求县令出兵救回华佗，县令怕造成更大的伤亡，拒绝出兵。吴成还带回董军的话，要县令拿出投降的诚意，若真心投降，让他在晚上亥时将曹操抓住交给董军，并大开城门迎接董军以示诚意。县令十分为难，抓住曹操几乎是不可能的事。曹操得知华佗被抓的消息后，立即集合了军队要去救华佗，县令劝阻他不要因个人的感情让其他兄弟陪着去送命。曹操冲动地要孤身一人前去。正在此时，守军通报华佗安然无恙地回来了。原来华佗借给守卫医治腰痛病时动了手脚，不仅脱身还将降书也拿了回来。

华佗把降书给曹操看，曹操很好奇自己对县令严密监视下他是怎么把降书传给董军的。华佗对县令投降的做法很不齿。曹操却告诉他自己也打算撤出谯郡，华佗很诧异，以为曹操轻易要放弃谯郡。曹操却告诉他自己把县令的一些军士收归自己麾下，他有万全之策，可保谯郡百姓的安全。不过，他还需要华佗陪他在县令面前演一场戏。

华佗把县令手下的名叫单眼皮的士兵绑到县令面前，谎说单眼皮拿着县令的投降信勾结董军，并把县令写的投降信出示给县令看。县令极力否认，明心更觉得华佗栽赃陷害。曹操带兵包围了县令府，将县令的家人及下人们通通抓了起来。胡半仙白天时拉着喜莲准备逃走过他们的小日子，但喜莲放不下明心坚持要回来。等他们回到县令府才发现曹操的兵正在清查县令府的人，要将他们全部抓获。

喜莲以为明心会从侧门逃走，于是到侧门找明心，胡半仙只得跟着她。结果他们刚到县令的书房，就被曹军发现。拉扯中曹军将喜莲摔昏，胡半仙气的将曹军打晕后，拿着县令书桌上的大印，扛着喜莲就准备离城。守城卫士看到县令大印打开了城门。一直守在城外等亥时县令投降的董军见城门大开，而胡半仙扛着一个装着人的布袋走出城门，董军以为是县令投降的安排，大批人马一拥而入，并抢过胡半仙扛着的喜莲。

曹操将县令府所有人绑起来示众，曹操告诉谯郡百姓，县令想投降董军将谯郡拱手让给董军。顿时人群沸腾，百姓纷纷指责县令。为了将戏份做的更足，曹操手起刀落刺死了单眼皮。华佗很震惊，质问曹操说好的不伤及性命为什么不遵守诺言。曹操告诉他欲成大事不能拘于小节。明心的奶奶见曹操杀人又惊又怕，突发疾病撒手西去。

这时有人惊呼董军杀过来了。曹操不慌不忙地带着曹军从之前挖好的地道撤离到城外。曹操与华佗演的一出戏就是要让董军认为谯郡县令和百姓都是受他的胁迫才抗董，如此才能保全县令及百姓的性命。一切都如他计划的一样。董军并没有为难谯郡。哪知半途突然出现一个人将谯郡又置于水火边缘。

原来此人就是当初陪董骠一起到县令府迎亲的家丁。他是当初曹操杀死董骠时唯一的活口。这些天来他一直装成乞丐混迹在谯郡。他突然抓住董军将军的衣衫，急切地告诉他自己是董骠的家丁，是县令和曹操勾结杀了董骠，这些天以来自己亲眼目睹县令与曹操勾肩搭背共同抵御董军。空气突然凝结了，将军眼中突现了杀气。吴成给胡半仙眼神示意，让他接近董骠家丁。

胡半仙装出仙姑上身的神神叨叨的样子慢慢接近家丁，还说他得了失心疯。将军还未反应过来，吴成就悄悄的乘乱向家丁身上穴位扎了一针。家丁顿时出现失心疯的症状，将军以为他真是失心疯胡言乱语。众人这才有惊无险地躲过一劫。但明心因为奶奶的突然去世和华佗一直针对父亲，对他的误会越来越深。华佗很难过，觉得与明心越走越远。

吴成看到惠娘在破庙艰难度日很是心疼，他将惠娘怀孕的事告诉了师父。华父很高兴，亲自接惠娘和华佗重返华府。

回到华府后的华佗专心医术坐堂问诊。为了研究针灸麻醉之术，他不惜先在自己身上做实验。这天牛二来看病，华佗第一次用针灸麻醉为他医治，果然有效，牛二很满意，华佗却劫富济贫收他高额的诊金。在为穷人看病时，华佗很好奇他们在战后领取抚恤金的情况下还过得如此潦倒。结果众人告诉他，他们战后根本没有从县衙领到抚恤金。华佗为他们打抱不平，认为是县衙将抚恤金贪污，于是将自己双手绑起来，带领众人到县衙请愿。

明心和吴成等人正忧心县令的病情。县令因胸口积着的淤血不能出去，整日咳嗽吐血已病的卧床不起。华父和吴成对他的病也束手无策。明心看着父亲病的奄奄一息忧心忡忡。耳听华佗带着众人击鼓鸣冤，父亲明明将抚恤金发放下去了可华佗却污蔑父亲贪污抚恤金，明心认为一定是华佗看自己不理他故意打击报复。

华父听说华佗带人到县衙请愿，大骂他无事生非，于是留下惠娘在家，自己带着下人们去县衙劝回华佗。华佗见到县令后，看他病入膏肓，于是主动上前为他把脉。哪知把完脉后华佗突然指着县令破口大骂，众人赶紧制止，谁料他越骂越凶，越骂越难听，县令气的急火攻心将胸口积压的淤血全部吐了出来。原来华佗剑走偏锋用这种方法帮县令除淤血。明心以为华佗要气死父亲，急的不知如何是好。县令吐了血就昏了过去。突然有人来报，说是惠娘摔倒流了好多血。吴成听后第一个冲了出去。华佗却被明心死死拦住，要他等父亲醒来确认无事才行。

原来惠娘在家时见突然下暴雨，而屋外还晒着华佗的草药。她冒雨帮华佗收草药结果滑倒导致出血。吴成赶到华府后将惠娘从地上抱进屋内，看到她大出血吴成非常内疚。他告诉惠娘自己在她的安胎药里偷偷地放了小剂量的堕胎药，她这次流产皆因自己不想让她和华佗的孩子出生，因为华佗根本就不爱她。惠娘没有责怪他，只求他以后不要再害华佗。吴成见惠娘危在旦夕心里还想着华佗，他感到深深的绝望和不服，自己在惠娘心里一点位置也没有。

等华佗回来，惠娘已生命垂危。华佗知道已无力回天，只能紧紧地抱着她。惠娘在生命的最后时光，只希望听到华佗能叫她一声媳妇。听到华佗叫她媳妇，惠娘知足地闭上了眼睛。

胡半仙又让喜莲随他离开，还说要让她过上好日子。喜莲故意激将他凭什么能给自己幸福生活，胡半仙得意地出示自己包裹里大量的银锭。喜莲大惊，经过盘问才知道他竟然贪污了抚恤金。县令大怒，将胡半仙驱逐出县衙。胡半仙对喜莲一往情深，不愿远离，于是在谯郡留下来以算命打卦为生。

惠娘意外去世后，华佗抱着她的尸体站在县衙外，称惠娘之死皆因明心阻拦他回家贻误了救治。明心也很内疚，于是亲自送挽联到华府祭拜惠娘，却被华佗不领情地将挽联扔在地上。明心遭此羞辱，当场说出从此以后与华佗恩断义绝。

惠娘的死让华佗非常内疚，觉得对不起惠娘。他将自己亲手为孩子做的小核桃手链放在惠娘坟前后黯然离开。吴成看华佗离开，偷偷地到坟前祭拜惠娘，他因为自己害死惠娘内心的罪恶感无法排遣，而转念将一切的过错都归于华佗和明心，他要得到华佗得不到的。于是他开始别有用心地接近明心。

华佗有一日在街上看到一个约摸三四岁的小孩，他手里竟拿着从惠娘坟前拾到的小核桃手链。孩子看到华佗竟自然而然地生出亲切感，他亲昵地依偎在华佗怀中。华佗觉得这是惠娘怕自己孤单特意为自己找来的伴，这一切如天意一般。华佗收养了这个孩子并为他起名天来。

转眼几年过去了。谯郡一直安宁祥和，而其他地方却战火连天，各路诸侯纷纷征战。如今的曹操已位及丞相，却挟天子以令诸侯。这一日，天来在街上和几个小孩争论当今世上刘备、关羽和曹操等人谁是真正的大英雄，华佗路过，孩子们缠着他问他过去与曹操交往的事。华佗不愿多说，数落了天来几句，天来生气的把腿就跑。华佗赶紧追赶解释，吴成正好遇到满街寻找孩子的华佗。吴成告诉他现在正在招考太医，谯郡有一个名额，他想和华佗一起去考。华佗却满足于现在与世无争的生活，不想涉足官场，于是拒绝了吴成的邀请，让他一个人去考。吴成转身又去县令府找明心。经过几年的接触和吴成别有用心地接近，明心已对吴成有了好感。她绣着鸳鸯，脸上满是怀春少女的幸福和甜蜜。吴成来看她，告诉她自己准备参加太医招考的事。明心替他感到高兴，却无意中眼前一黑，有一瞬间失去光明。这种症状已出现好几年，只是近些日子发作的比较频繁。明心有些担忧了。

喜莲和明心都好奇明心到底生了什么病，以致眼前老是发黑。吴成劝她好好修养。说到考太医院的事，喜莲劝吴成积极参考，因为县令虽然知道吴成与明心这几年日久生情情投意合，但总嫌他是个方外之士。如果他能进太医院，县令一定会答应将明心许配给他。吴成也觉得如今曹操要肃清董卓在太医院的势力，太医院要大换血，所以空出很多职位，这才全国招考，这是个千载难逢的机会。

喜莲为明心熬的药好了，她要去端来给明心喝。而吴成跟以往一样坚持要自己去端。吴成去后，喜莲将她的疑惑告诉明心，这些年来喜莲老是发现吴成抢着去端药，而且好几次发现他往汤药里加一种药粉。明心让她不要疑神疑鬼。喜莲去厨房想帮吴成，结果发现他正在捣药，然后将捣好的药粉加入明心的汤药碗里。看到喜莲过来他神色慌张地失手掉落了一颗药丸。喜莲疑窦顿生。

吴成将汤药端给明心后，匆匆向明心告辞离开。喜莲却发现他竟然又回到了厨房，似乎在地上寻找什么东西。看到喜莲他只得匆忙离开。喜莲更加怀疑，也在地上寻找起来。结果找到一颗药丸。喜莲拿着药丸去街上的卦摊找到胡半仙，胡半仙认出这是吴成研制的九转丹。师父曾说过九转丹技术不成熟，含有毒性，禁止吴成使用，没想到他竟然给明心用。胡半仙心中有了主意，决定以此要挟吴成。

胡半仙觉得谯郡最有竞争实力的就只有他们师兄弟三人。华佗不参赛，就剩他和吴成。而这次参选太医是他唯一的翻身之机。于是他拿着九转丹胁迫吴成退出遴选。吴成知道他如果退选明心一定会帮他，于是他答应了胡半仙。果然，当明心听说吴成是放不下自己的病情舍不得离开自己才退选，内心非常感动，哭着让县令保留吴成参选资格。县令于是力劝吴成不要放弃遴选，自己还希望他能当上太医，谋得一官半职，只有这样自己才会答应将明心许配给他。吴成暗自得意，装出千恩万谢的样子应允下来。

吴成将多年积蓄交给胡半仙，让他就此隐瞒下九转丹的事。至于参加太医院考试的事，因为县令和明心坚持，自己也没有办法退出。胡半仙气急败坏，看到吴成似乎无所畏惧毫不退缩的样子，胡半仙气的决定向明心揭发九转丹的事。翌日，胡半仙偷偷溜进县衙找到喜莲，告诉她自己有重大事情要告诉明心。