华佗看华胜赌钱，恨其不争，责怪牛二不应该将谯郡顶拐这种强身健体的活动弄成赌局。牛二不服，于是华佗主动提出跟牛二的人赌一局，如果嬴了以后牛二就能再开顶拐的赌局。牛二答应了。明心还主动拿出所有的银子支持华佗。华佗最后嬴了比赛，牛二虽然不甘心但还是愿赌服输，撤销了顶拐的赌场。

甄太医向曹操推荐无县作为贡药采办地，还力夸无县山好水好出好药。其他大人却提出异议，甄太医还在辩解，曹操却让人把无县的沈大人带到众人面前，看到沈大人被打的遍体鳞伤，甄太医知道自己受贿的情形曹操已了如指掌。曹操最痛恨别人欺骗和愚弄，于是杀了沈大人，杖责了甄太医。曹操问甄太医是否知道哪里错了，甄太医却答非所问。曹操见他不能意识到自己错误，于是继续杖责。吴成冒险将曹操杖责甄太医的真实想法说了出来，曹操和甄太医都很诧异吴成竟然揣摩出曹操的真实意图。

甄太医屁股被打的皮开肉绽，已不能亲自去采办贡药，于是让吴成作为官方代表亲自督办采办之事。因为无县被取消资格，于是甄太医将曹操的故乡谯郡列为采办地。曹操默许了。甄太医为此专门把儿子小甄叫回来，陪吴成一起督办采办。甄太医还一反常态，对吴成和颜悦色，还让他改口叫自己为大哥，并推心置腹地理解吴成在太医院被排挤的窘境。吴成非常感动，他还乘机提出让甄太医允许他另娶一妾为自己传宗接代，因为甄依柳因为上次的早产失去了生育能力，吴成不想断了后。甄太医目前需要吴成为自己卖命，于是忍气吞声地答应了他的请求。

吴成带着小甄到了谯郡，以官方督办的钦差身份与县令接洽。吴成此次觉得自己是衣锦还乡，于是在县令面前趾高气扬。县令不卑不亢，对吴成背信弃义和忘恩负义十分的鄙视。华佗此时正在用猪试验麻药的功效，胡半仙突然来告知他吴成竟然跑到县衙面前向县令提亲，想要迎娶明心。

华佗急匆匆地赶到县衙，吴成正厚颜无耻地说自己是来兑现诺言的。因为之前县令说等他功成名就之时就可以迎娶明心，如今他觉得时机已到。县令和明心对他这种无耻的行径非常的气愤。华佗赶到，斥责吴成，吴成怀恨悻悻而走。

曹操头疼难忍，贾太医亲自为他医治开了药方。写好方子后贾太医让人去煎药，但曹操制止了他，而让下人把药方拿到太医院审核。贾太医回去后，那些叛曹的人赶紧问他往曹操药方做手脚是否成功。贾太医无奈的告诉他们，曹操生性多疑，竟然将下方、拿药、煎药、送药分别交给不同的人去办，如此很难做手脚。

吴成因为谯郡差收药官，于是主动向县令推荐由小甄担任。但县令却告诉他曹操亲自任命了华佗为收药官。华佗本不愿插手此事，但明心不喜欢吴成那种得意的样子，于是劝华佗接下此任。吴成得知华佗要去祭拜惠娘，于是故意早他一步到了惠娘坟前。他知道华佗在身后，于是故意装出一付顾全大局而又不被人理解的委屈的样子。华佗以为他是真的痛改前非，决定再相信他一次。

华佗作为收药官对所有的药商进行了甄选，最后定下药商的名单，并上报给县令。等他从县衙出来，华胜告诉华佗，虽然自己的药品没能入选，但他还是要告诉华佗真相，原来那些入选的药商根本没有那么多的货源，而是互相拆借后欺骗华佗。华佗大吃一惊，赶紧到药商那里去核实。果然发现以牛二为首的药商以次充好，幸亏发现及时，不然酿成大祸。

牛二带着一箱银子找吴成请他高抬贵手，吴成以公事公办的口气让牛二去找华佗，因为他才是收药官。其实是因为他根本看不上那一箱银子，觉得太少。牛二不甘心地离开又去找华佗。华佗拒收他送的银子，但答应他晚上的宴请，牛二非常高兴。哪知晚上的时候华佗将众多的乡邻一起请到酒楼，说这些人都是自己的朋友，结果让牛二狠狠地破费。牛二怀恨在心。

牛二带着一帮药商到县衙门口闹事，说华佗徇私录用堂弟华胜的药物。其实华佗在验收华胜的药物时，确实看到他的药成色和品相都十分合格。原来这是吴成的主意，他故意让药商们把药品放到华胜药铺，等华佗验收后，他们又集体回去把华胜药铺的好药搬走，等牛二带着华佗来验证时当然验到的全是华胜铺子里的差药。华佗吃了哑巴亏，提出当场辞职。于是在吴成的建议下由胡半仙接任了验药官。

胡半仙欣喜若狂。牛二拿着大量的银子行贿吴成和胡半仙，胡半仙看到银子眼冒绿光。吴成又提出这些是小钱，问胡半仙想不想挣大钱。胡半仙素来贪财，哪有不挣的道理，忙不迭的答应了下来。吴成和小甄把他带到山上的一个小屋里，屋里堆放的全是次药。胡半仙不解，于是小甄告诉他，他们准备用低买高卖的形式把这些次药混入贡药，然后借机大赚一笔，现在只需要胡半仙在验药时做做手脚。谁知胡半仙良知未泯，觉得药品关乎人命，不答应参与此事。

因为胡半仙得知了吴成的计划，吴成决定除掉胡半仙。晚上，胡半仙在卧室酣睡，一条毒蛇从门缝爬了进来，一直朝胡半仙的床边爬去，然后对准了胡半仙裸在外面的小腿张开了口。

胡半仙的惨叫声惊动了华佗，等他出来看时就见胡半仙被毒蛇咬伤。华佗用嘴帮他吸出了蛇毒。胡半仙获救后，拿着蛇偷偷去找吴成。胡父觉得毒蛇出现的太诡异，于是借口要出去采药，偷偷地跟在胡半仙身后，最后看到胡半仙气愤地从吴成房里出来。正疑惑间忽见吴成随后出门，于是华父又跟在了吴成的身后。

因为第二天是验药日，胡半仙为了躲避故意砸伤自己的脚在家休息。华佗于是代替胡半仙帮着验药。他请县令帮忙去找华父，因为他昨晚出去采药后到现在也没回来，实在是放心不下。吴成听到这些神色十分异常。这时大帮的药商来到县衙，吵闹着要吴成退回他们行贿给吴成的钱，因为吴成并没有帮他们办成事。华佗念及师兄弟一场，不愿看到吴成如此窘迫，于是自己出面帮他说情，让他把受贿的钱退出后了事。最后华佗验收完药签字后，吴成就带药回去了。

这时，有衙役来报华父采药坠亡。华佗非常震惊，想到华父晚上采药离开时行色匆匆，他对华父的死非常怀疑，委托县令帮他调查。华父的去世对华佗打击沉重，几天来他一蹶不振，不吃不喝，医馆徒弟和下人也纷纷离开。明心劝华佗如果真要孝顺华父就要振兴医馆，以此方式让华父省心。明心的话深深触动华佗，他开始打起精神。

吴成将药物运回存放仓库时，因为药品里有好药和次药两种，吴成交代属下将药品按先左后右的顺序放置。哪知属下一眨眼的功夫就忘了，记错了顺序，按照先右后左的顺序放置到仓库里，将本应放在里面的次药放在了靠外面的位置。吴成回到家里，为华父立下灵位拜祭。他内心尚存的一点良知让他感到还是丝丝的愧疚。原来当晚他和小甄上山分贡药和次药时，跟踪而来的华父发现并质问他。他和华父争执时华父失足掉落悬崖，吴成一把抓住华父，但因华父刚正不阿致死都不愿放弃告发他，于是他松开了抓住华父的手致使华父坠崖而亡。

贾太医为曹操治疗头疾，让潜伏在曹府多日的天来为曹操端药。曹操端起药碗喝药时，天来因为年幼胆小，手抖的厉害，最后被曹操看出异样。正危急时曹操突然吐血倒地。贾太医以为得手，就让天来离开，自己将此消息去告诉众反曹的人。哪知曹操根本无事，贾太医他们突然遭曹军屠杀，连天来也被曹军四处追杀。

曹操因为自己差一点再次被毒药所害心有余悸，他觉得自己没有信赖之人，因为贾太医是太医院的人，曹操连太医院也不再相信。于是曹操将华佗从谯郡请来，让他调查此次中毒事件。华佗来后很不愿意插手官场争斗，但曹操告诉他这碗药是天来端给自己的，也许华佗调查此案时可以找到天来。华佗很震惊，为了天来答应下来。

华佗在查案时发现贾太医的药多了一味中药附子，附子本没有毒，可与贾太医开的药方里的麻黄这味药在一起就会产生剧毒。华佗百思不得其解，不知道这味药是什么时候怎么加进去的。结果曹操却通过分析知道问题出在送药环节，于是他注意到药壶里有机关。只是他喝了毒药为什么没有死，却让他们不能理解。不但他们不解，甄太医和吴成也非常不解。于是他们同时怀疑到药库的药

品。

华佗到药房查看药品，吴成急忙赶来制止。华佗最终查出问题出在药品上，因为贾太医用了次药，药性不强，所以曹操才捡回性命。但曹操却要彻查此事，将与采办贡药的相关人等全部抓起来。华佗想独自揽下此事，但曹操却将吴成和小甄、县令和华胜都抓了起来。

甄太医深懂曹操心事，他不怕贪官，却痛恨反贼。于是他故意将所有过错都揽到自己身上，将自己贪污的过错夸大表达自己的忠心。曹操之子曹丕揣摩到曹操的心思，没有追究甄太医贪污的过错，答应放了吴成和小甄。胡半仙拿着吴成与牛二的账本让吴成救出县令，不然就把他和牛二勾结的账本交出去。哪知吴成根本不予理睬，似乎不怕账本。

胡半仙将账本交给华佗，华佗到牢里问过华胜才知道原来贡药之事竟然是华胜在里面做了手脚，他因为欠赌债被吴成买通。如果华佗拿出账本就害了华胜，如果不拿出来又救不出县令。华佗非常纠结。谁知曹操在审案时，县令拿出账本承担下一切过错。县令被判次日处决。

明心走投无路决定找吴成说情。吴成对明心言语一番羞辱，明心为了父亲忍辱负重，暂时忍下吴成的奚落。哪知吴成最后无耻地提出让明心陪他一晚。明心震惊了。

吴成无耻地占有了明心，明心让他信守诺言明日救出父亲。吴成却嘲笑明心痴心妄想，他告诉明心自己跟她在一起一直是想报复她，他根本没有喜欢过她，他只是想看到她被抛弃后痛苦的样子。明心很震惊。接着吴成又告诉她一个让她更吃惊的消息，原来之前甄太医偷偷地到牢中警告过县令，让他认下所有的罪过，不然就会伤害明心的性命。甄太医还告诉县令，曹丕是自己背后的大人物，县令是斗不过他们的。所以县令为了明心才在曹操面前认下了所有的罪。吴成言语中对明心充满了鄙视和厌恶，称明心就是个不祥之人，是她害了惠娘，害了华佗还害了她爹。明心得知所有的真相心如刀绞，自己白白失了清白之身却没有一点意义。悲恸之下吴成所言的她是个不详之人一直如魔咒般萦绕在她耳边。

次日，华佗和明心等人赶到刑场。华佗请执行官夏候勇念在同乡份上让他们送行县令。县令告诉他们早在当年他投降董军时曹操就起了杀心，这次不过是找个借口，不是曹操不明真相，而是借机杀他而已。他还告诉明心当年不是华佗害死的奶奶，自己一直不愿意解释是因为怕明心和华佗重归于好。时至今日，他说出真相是想把明心拜托给华佗照顾，那样自己才能安心上路。明心不能接受这个现实，一心求死要跟随父亲而去，县令和华佗苦苦相劝后明心才放弃了死的念头。

县令被处决后，华佗、胡半仙、明心、喜莲四个人回到华家的医馆，华佗让他们从此就在此住下来。明心因父亲死后终日以泪洗面眼疾越发的严重。最终她在坟前祭拜父亲时眼睛突然失明。华佗经检查发现明心眼睛治愈的可能非常小，明心心里很清楚自己的病情，她觉得配不上华佗这样的好男人，为了不连累华佗，她狠心说出一些绝情的话想让华佗讨厌自己离开自己。可华佗却下了决心从此对明心不离不弃。

华佗给明心做了一支拐杖，让她慢慢适应失明后的生活。考虑到明心现在的情况，为了更好地照顾她，华佗决定向明心表白，想给她一个安定的家。当他正鼓起勇气准备当面向明心表白时，明心突然恶心欲吐。华佗赶紧为她号脉检查 ，但结果让华佗大吃一惊。

华佗为明心号完脉后不敢相信，他一言不发地冲出房间。众人不知所以，胡半仙追出去也问不出来，于是胡半仙亲自为明心号脉，竟然是喜脉。所有的人都震惊了。华佗痛苦不堪，明心更是羞愧难当。明心要华佗帮自己除掉这个吴成留给自己的孽种，因为这个孩子的存在无时无刻不在提醒自己受的屈辱，可华佗却觉得孩子是无辜的，他不会帮明心打胎。明心痛哭着跑回县衙，她捶打着肚子想自己打掉孩子。胡半仙看她坚持已见，于是决定帮她。

明心将打胎药端到手里，正要喝时，华佗突然赶到打翻她手里的药碗，并告诉她自己明天就会让八抬大轿来娶她，不仅娶她还要娶她肚子里的孩子。明心虽然深爱华佗，可她不想让华佗受这种委屈和屈辱。不管华佗怎么表明自己对她的决心，明心始终不能坦然地接受华佗。华佗见明心心意已决，于是把自己配制的药方交给胡半仙，让他照料明心安心养胎，自己将寻访名医找到为明心治眼疾的方法。

华佗背着简单的行李踏上了寻访名医的道路。刚出城就碰到一个衣衫褴褛的人踉跄几步突然晕倒在地。华佗检查他有中毒症状，救醒他后他惊恐的喊着让吴太医不要杀他。等他看清眼前不是吴太医时，就向华佗娓娓道出他的经历。原来他本是一个逃到京城的难民，被吴太医救治后藏在一个山洞，并将他捆绑起来，每日里不是给他喝药，就是在他身上针灸。后来甄依柳发现了吴成用活人试验麻醉药，于是放走了这个难民，但让他不要告发吴成。华佗听说了吴成惨绝人寰的行为，给了难民一些钱和药，让他解毒和谋生。华佗找到吴成，让他不要再做这种用活人做试验的伤天害理的事情，他可以把麻醉药的配方给他。甄太医偷听到他们的谈话将吴成又责骂一通。

华佗继续寻访名医，在一个山林华佗失足从桥上掉落。等他醒来，发现自己在一个世外桃源，救他的是一个白发白须仙风道骨的老人，还有一个古灵精怪的叫灵儿的小姑娘。老人看出华佗脾气桀骜心有怨气，于是故意为难他让他磨一磨心智，改一改脾性。灵儿却处处帮助华佗，责怪爷爷对他过于苛刻。没想到华佗很有悟性，体会了老人的用意。老人对华佗很是满意。