吴成让胡半仙把沸儿带过来，他给沸儿买了一些吃的玩的，讨好地哄沸儿开心，并告诉沸儿自己是他亲爹。沸儿看着胡半仙，胡半仙点头确认了吴成的话。沸儿小心翼翼地伸出手想接过吴成手里的玩具，却不料甄依柳突然冲出来，对着吴成一顿痛骂，还推搡着沸儿。吴成气不过打了甄依柳一耳光，她便不依不饶，闹的惊动了甄太医。甄太医又将吴成呵斥一通，还威胁要将他赶出太医院。吴成不想好不容易得到的一切化为泡影，他再次选择了仕途和富贵。沸儿失望地跟着胡半仙离开了。孩子那无辜可怜的眼神深深地刺痛了吴成的心。

灵儿和明心跪守在华佗灵前，灵儿告诉明心自己自天来失踪以来对天来的牵肠挂肚，她才意识到自己对天来的感情就是爱。这时胡半仙拉着沸儿回来了。众人突然听到棺材里的响声，以为有鬼，吓的惊恐万分。华佗这时从棺木里爬出来，原来他是服用麻醉药过量出现了假死。华佗搂着明心和沸儿喜极而泣。

曹操听说了华佗死而复生的事非常高兴，亲自上门请他为曹冲看病。曹操不再信任太医院的人，于是华佗提出要让自己的朋友一起亲自为曹冲配药。曹操包下华佗住的驿馆。此时曹丕却给吴成下令，让他想办法迅速医死曹冲。吴成觉得很难下手，但曹丕却给吴成下了死命令。吴成想到华佗那里动手脚，但华佗的驿馆却被重兵把守。

吴成被曹丕逼的走投无路，于是在街上拉着买菜的喜莲，故意危言耸听地告诉他曹丕想要曹冲的命，所以华佗要医治好曹冲的命就会招来杀身之祸，他会对华佗心爱的人动手。喜莲一下子担心起明心的安危，吴成于是故做好人的提出，自己可以做一些治标难治本的药交给喜莲让曹冲服下，然后他再另想他法。另一边，他又安排曹丕的人故意跟踪喜莲，制造一种曹丕真的要向明心动手的假像。喜莲果然上当，从吴成那里取回来他说的那种药，并找机会将药下在胡半仙为曹冲碾制的药里。

甄太医通知天来明天会在丞相府中进行新晋太医的典礼，曹操会亲自参加和主持。天来终于等到这个时机，便霍霍磨刀准备明日刺杀曹操。在典礼上甄太医极力推荐天来，说他过目不忘是难得一见的医学奇才。吴成暗自得意地看着甄太医。曹操要亲自检验天来过目不忘的本事，要交给他一份卷宗让他看后背诵。天来慢慢接近曹操，目露凶光，慢慢将手伸出袖中。曹丕深知吴成的计划，看到时机成熟故意大喊捉拿刺客天来。于是曹兵皆认为甄太医与天来是一伙的，于是将刀剑刺向甄太医。甄太医至死才恍然大悟这都是吴成的计策。曹丕想乘乱杀死天来，但曹操却突然下令不得伤害天来，甚至在天来胁持曹丕时曹操仍然下令不得伤害天来。最后曹操向天来承诺绝不伤害他，放他走，天来才放开曹丕逃走。

此次除掉了甄太医吴成大快人心，曹丕承诺日后保吴成坐上医丞之位。吴成对曹丕感恩戴德。此时曹操将曹丕招去，曹丕还想在父亲面前表功，曹操却一眼看出曹丕是有预谋地安排了这一切。因为他竟然事先在曹操身侧安排了持刀剑的兵士，这让曹操非常生气。曹操把今日在曹操身侧救驾的人，全部捆了起来，交给曹丕让他一一处决。

曹丕知道这些都是自己的死士，但为了在曹操面前表忠心，他还是将这些人一一处死。不久吴成被任命为医丞，昔日的甄府也被改换门庭成了吴府。甄依柳和侄儿小甄见甄太医尸骨未寒就被吴成鸠占鹊巢，恨的咬牙切齿。

吴成这一下可是扬眉吐气了，他理直气壮地去驿馆接沸儿回家，结果甄依柳闻讯又跑来大闹，吴成对她毫不手软地扇了她几耳光，然后告诉她甄太医就是自己害的，他忍气吞声了这么多年现在终于翻身。甄依柳听到这些如雷轰顶。吴成又来抢夺沸儿，华佗这时从屋里出来阻止吴成，哪知沸儿突然说他就要吴成这种威风的爹，他不要华佗。众人都愣住了。

曹冲的病突然加重，华佗给曹冲检查时发现他有中毒的症状。因为曹冲的药都是华佗安排的人经手的，如今他难辞其咎。胡半仙将这个消息告诉众人，喜莲吓的魂不守舍，她没有想到曹冲会中毒。喜莲的表情落在胡半仙眼里，在胡半仙的讯问下喜莲告诉了胡半仙吴成欺骗自己所做的事。喜莲决定承担下所有的一切，只为救得华佗无事，明心有人照顾。胡半仙安慰她不要把事情说出去，一切由他来安排。

华佗在检验曹冲药渣里的药物时，因为药被浸泡很多次，他没有能力检查出来，于是他请来了灵儿。灵儿天生异禀鼻子特别敏锐，她检查出药里果然有其他毒物。曹操看着灵儿的眼神别在深意。

灵儿回到山林，她前些日子救了从曹操那里逃脱出来的天来，并把他藏身在山林里一个小屋里。结果灵儿却发现天来不见了。原来天来无意中看到一些人带着弓箭，灵儿跟在他们身后，天来以为灵儿出卖自己，赶紧逃离。到了晚上才偶然听到白天拿弓箭的人议论白天差一点逮住的梅花鹿被一个女孩故意吓跑的事。天来才知道误会了灵儿，他赶紧回到小屋，激动地把灵儿搂进怀里。灵儿劝天来不要再刺杀曹操，但天来心意已决。灵儿见劝不下他，于是将她入曹府时观察到的曹府的士兵换岗人数、时间以及曹府的房间位置详细地写了下来，她将此交给天来，还是劝他放弃刺曹。天天答应明晚再行动最后一次。

曹操晚上把曹丕召进府里，先是告诉他曹冲中毒但幸得华佗救治，又告诉他自己百年之后会位传给他。曹丕受宠若惊，千恩万谢地离开，走时曹操送给他一个小木盒装的礼物。等曹丕走出房间打开木盒，才发现竟然是一盒药渣。曹丕顿时明白自己所做的一切曹操都知道。曹丕吓出一身冷汗。

曹操突然派人将灵儿请到府上，众人皆不知所以。途中只听到众人议论纷纷，都言曹丕给曹冲下毒，甚至连朝堂之上都这样传言。为平息这些传言，曹操决定拿华佗当替罪羊。于是下令将华佗以投毒害曹冲之名抓了起来。

灵儿被带到曹操面前后，看到曹操正对着一副仕女图黯然神伤，图中的女子与灵儿有几分神似，她手上的五彩手镯与灵儿手上的一模一样。灵儿明白了眼前的这个人就是她的父亲。曹操之前看到灵儿的长相早就生疑，他问灵儿的父母是哪里人，灵儿不想认这个父亲，于是谎称自己的父亲是猎户母亲是绣娘，曹操很失落。

灵儿离开后想到天来说了晚上要来行刺曹操，灵儿知道只要天来杀不了曹操就不会罢手，只有用曹家的血来还债才能平息天来的仇恨。于是灵儿将五彩镯让人交给曹操，曹操看到手镯就明白了一切。灵儿向曹操提出两个要求，一是告诉他曹冲之事与华佗无关，让曹操不要乱杀无辜；二是灵儿提出以自己的命换天来的命，让曹操放过天来。曹操还未反应过来，天来就从窗子里跳进来刺杀曹操，曹操躲闪时灵儿却主动迎上天来的剑，天来一剑刺穿了灵儿的腹部。天来看到误杀了灵儿悲恸欲绝，曹操更是老泪纵横。灵儿最后求曹操和天来恩怨就此了结，让曹操不要杀天来，让天来放下仇恨不要杀曹操。说完这一切灵儿闭上了眼睛。

曹操把天来带到自己的密室，那里骇然有几尊吕家一家的雕像和灵位，在他们面前还是一个是跪着的曹操的雕像。曹操告诉天来当年因为误会失手杀了吕家一家老小的原因，并告诉天来这一直是他最痛苦的心理折磨，这些年他每次想到这件事都夜不能寐。当年他四处寻找天来不是为了杀他，而是想好好地保护他，延续吕家最后的血脉。如果不是为了天下苍生，他愿意以命抵命。他更是主动邀请天来到他的队伍做监斩官，时时提醒他昔日犯下的过错。

喜莲看到明心因华佗被抓走哭的死去活来的样子，于是下了决心要去找曹操承担过错。胡半仙劝阻了喜莲，他主动到曹操面前承认自己是因为嫉妒华佗的才华才故意陷害华佗。曹操知道胡半仙说的都是托辞，但毒害曹冲一事总得有人顶罪堵住悠悠之口。于是曹操准备当众处决胡半仙。

在胡半仙行刑前，明心带着沸儿站在围观的人群中，泪如雨下而又无能为力。刽子手举起刀准备砍向胡半仙时，却被人群中有人叫停。只见喜莲穿着一身红嫁衣，提着一个装酒的篮子，当着众人的面宣布自己要在刑场上与胡半仙举行婚礼。胡半仙想劝阻喜莲，但喜莲却心意已决。喜莲将带来的酒为自己和胡半仙各倒一杯，端给了胡半仙。胡半仙喝下酒后不久就和喜莲一起口吐鲜血，众人惊呼是毒酒。喜莲和胡半仙双双倒地而亡。

曹操厚葬了胡半仙夫妇，但华佗却对两人成了曹家内斗的牺牲品而怨恨曹操。曹操搬出一大套为了百姓苍生只能牺牲胡半仙等人的理论让华佗根本不能接受。华佗失望地离开了。

天来向华佗辞行，他要去曹操军营当监斩官，看看曹操是不是真如他自己所说是为天下苍生，如果曹操不是如他自己所说，天来说一定会杀了他。此时大战在际，曹操将与关羽对战，华佗见之前一同喝酒的二人将要兵戎相见，他想和天来一起去曹营上战场。明心让他安心去，自己会回谯郡安定生活。

此时小甄突然到访，因为他力量单薄，找吴成复仇一事难上加难。于是想拉拢天来和华佗。天来本不想与小甄有任何来往，但小甄将吴成利用天来害死自己的父亲，然后和曹丕勾结当上医丞的事告诉了天来，天来想到自己就是因为仇恨蒙蔽了双眼才没在发现吴成的阴谋，所以他不想再找吴成报仇。小甄见天来放弃报仇，于是转身想拉拢华佗，华佗不想听他挑拨，但小甄却告诉了他华父死亡的真正原因。华佗没想到吴成会做出这种禽兽不如的事，一时痛苦的不知如何发泄。小甄见华佗也没有报仇的想法，悻悻离开。

吴成这时又来抢沸儿，华佗抓起一把手术刀逼问吴成是不是害死了自己的父亲。吴成巧舌如簧不承认。沸儿见状冲上去拉华佗，让他不要伤害自己的父亲吴成。华佗终究没有下的了手，放了吴成。他不是相信吴成，而是不愿意相信吴成会做出那种遭天遣的事。

大战开始后，百姓因为疾病和饥饿民不聊生。曹操告诉众将百姓如今食不果腹的情形皆因战乱不断，于是在兵粮紧张的情况下，力排众议让将士们将粮食施舍给百姓，并且从他自己和众将士做起每日只食一餐。天来在军帐中目睹了曹操的所作所为，内心非常震撼。心中对曹操有了新的认识。

夏候勇因为对天来有看法，觉得他每天带剑在曹操身边，终是大患。曹操狠狠地批评了夏候勇。夏候勇不服，他见军粮紧张，当他打听到有一个村庄为关羽蜀军供粮，于是突袭了村庄，血洗了一半村民抢到了粮食。曹操听说夏候勇屠杀百姓的事后，不顾众将士说情，依军法将夏候勇处斩。

因为华佗随军，明心母子留在谯郡，吴成天天骚扰明心，在明心和沸儿面前做戏装样，想千方百计地将他们母子带到京城。最后他见明心意志坚定，于是说服沸儿跟他回京城。沸儿却坚持明心不走他自己也不会走。

牛二在集市上斗蛐蛐，牛二的黑头将军所向披靡，沸儿也挤在人群中看热闹，此时有人出价一百锭银子买他的黑头将军。人群沸腾了，黑头将军受了惊吓跳出蛐蛐罐，沸儿不小心正好踩在蛐蛐上，等他把脚拿开，蛐蛐已经死了。牛二讹上沸儿，要明心赔他一百锭银子。正在争执时吴成拿着银子从人群中走了出来，他称沸儿是自己的孩子，自己愿意为他赔偿。明心坚持不要他的钱，将华佗的宅子抵押给了牛二。母子俩搬出华宅，吴成劝他们不如跟自己回京城，但明心拒绝了。

牛二和吴成一起喝酒，牛二一直夸吴成有计谋，帮自己白白得到一个大宅子，而吴成将明心母子逼上绝路，害他们母子流离失所，他想借此机会将儿子夺回。明心带着沸儿住进一个破庙，明心想带着沸儿去找华佗，沸儿却一直是想回到吴成那里，他不顾外面下着大雨冲到外面，明心把他劝回房里。半夜沸儿发起高烧，明心急的没有办法时吴成赶到。吴成劝明心带沸儿跟他一起走，明心明确告诉他今生今世自己也不可能跟他有什么交集，至于孩子等他成人后让他自己选择认不认吴成。

关羽在曹操阵前与曹军对阵时，被曹军的弓箭射中。关羽撤回蜀军后，曹军大将告诉曹操关羽中的是毒箭，曹操虽觉胜之不武，但想到两天后关羽就会毒发身亡，曹军从此失去一个劲敌也未尝不是件好事。华佗听说了关羽中毒的事后找到曹操，提出要去蜀营为关羽医治。曹操告诉他关羽中毒是故意放出的稳定军心的消息，华佗相信了。曹操命人严密监视华佗防他逃到蜀军军营。

关羽派人拿着令牌去曹营救华佗，夏侯勇的弟弟一心为兄弟报仇，主动在曹营中接应他们。他们故意装着劫持华佗，夏侯将军则让其中一人故意装着俘虏，借向曹操汇报的机会杀了曹操。曹操得知夏侯将军来报于是在帐中见他。但曹操见俘虏衣衫整洁，脚上无泥，且捆绑处无淤伤，曹操顿时生疑。等夏侯勇出手时曹操已有防备。夏侯勇刺杀失败后曹操却令人放了他，并对他兄长的死表示遗憾，但为了夏侯家决定还是放他。夏侯将军深感曹操的大义，主动臣服并坦白了蜀军劫持华佗的事。曹操的士兵得信后及时阻止了华佗出营。

关羽此次行动失败，帐下属下献计让关羽诈死，蜀军军营一时到处蒙上了白布，将士们也带着白孝。曹军的探子将此消息上报曹操，曹操虽失了劲敌，但他佩服关羽的大义，心中还是非常的难过。曹操带华佗一起到关羽灵堂前祭拜，华佗提出想在关羽灵堂房设帐，白天看病，晚上替关羽守灵。曹操答应了。

晚上，华佗独自在灵堂外喝酒，想到与关羽的过往，华佗很感伤。突然灵堂的帆布被风吹开，华佗俨然看到了关羽的身影。

华佗进到帐中，惊见关羽正襟危坐在帐内。关羽告诉华佗形式危急迫不得已出此下策。华佗见关羽没死喜出望外，于是准备为他做手术。这时关羽手下的将士周仓告诉华佗如果能有他家乡的一味药草千睡草就好了。华佗听闻他说的这味草药千睡草可以起到麻醉的作用非常感兴趣，向周仓打听详情。关羽见华佗一副医痴的样子顿感好笑。关羽让周仓摆好棋盘，让周仓陪自己下棋，而华佗则在一旁为关羽做手术。华佗拿着手术刀为关羽剖开伤口，关羽疼的拿棋子的手都在发抖，而脸上却没有表露出来。

这时属下通报曹操派人来请华佗，称曹操头疾发作。华佗赶紧走出帐外，不让来人发现关羽，然后跟随来人赶紧赶去。周仓担心华佗会出卖关羽，但关羽相信华佗的为人。曹操正在帐中疼的痛不欲生时，华佗及时赶到。华佗告诉曹操此番医治得扎三针，每针间隔一柱香的时间。华佗为曹操扎了第一针后就要匆忙离开，他告诉曹操刚刚他才为一个伤兵切开了伤口，现在他必然回去接着医治。曹操手下大将曹仁觉得华佗轻慢了曹操在些生气，但曹操却应允了。

华佗匆匆赶回去，为关羽继续医治。一柱香时间到后，华佗只得又赶到曹操那里。当华佗再次向曹操提出要去医治伤兵时，多疑的曹操让曹仁跟着去查看。结果当周仓看到帐外情形后，当机立断地用刀划伤了自己的胳膊。当华佗走到帐外时，让曹仁等在帐外，哪知曹仁坚持要进去看看，华佗正为难时，周仓满身是血的从帐里出来，装着生气的样子责怪华佗不该治疗半途而废。曹仁这才相信华佗的话。

华佗最后返回医治好关羽后，关羽感到伤口疼痛立止。关羽怕时间久了让曹操生疑害了华佗，于是起身告辞。周仓想借此机会杀了曹操，但关羽制止了，觉得此时杀曹操只会连累华佗。曹操在帐中时见曹仁若有所思的样子，问他时曹仁突然想起刚刚见到的伤兵面熟，是关羽的属下。于是曹操急忙赶去找华佗，华佗直言刚刚就在帐内为关羽刮骨疗伤。曹操大惊，命曹仁火速追赶。

此时关羽和周仓正往回赶，他们突然发现随行的周光不见了。原来周光不想放弃刺杀曹操的良机，坚持返回要行刺曹操。已混迹到曹操身边的周光突然发难，华佗和天来见状立刻掩护曹操。曹仁及时赶了回来，朝纠缠在一起的天来和周光同时放箭，天来中箭而死。华佗伤心地斥责曹操名为天下苍生，实则连累害死了很多人。曹操下令厚葬天来。关羽单枪匹马地来到曹营，曹操知他心意，命人打开营门并为关羽拿来一件丧服，供他一同祭拜天来。华佗身心疲惫不想再到任何一方的军营，华佗求关羽善等苍生，希望刘备、孙权和曹操三方势力不要为一已私欲害了天下苍生。随后他想寻到麻醉药的最后一味配药后回到谯郡。

吴成将明心和沸儿带回京城，明心不愿意住进吴府。吴府下人向吴成建议给明心一个名份，她才会答应住进来。吴成带着甄依柳，甄依柳受吴成胁迫，跪在明心面前自愿放弃正室，自愿做小，求明心回吴府。甄依柳声泪俱下的痛哭加上沸儿一心想跟吴成在一起，明心答应搬进吴府，但要住离吴成最远的房间，也不愿跟吴成同桌吃饭。

因为甄依柳对沸儿不喜欢，惹得吴成大发雷霆，让她从此后跟下人一起吃饭，不得再上饭桌，甚至有一次一天不给她饭吃。明心将沸儿多带的饭菜给一天没有吃饭的甄依柳，甄依柳还是充满敌意，明心告诉人心最难做到的是宽恕，她从来没有对甄依柳有任何的仇恨。甄依柳感动的热泪盈眶。