吴成听下人汇报，偷听到甄依柳和明心的谈话，称她们两人已结为姐妹，而且明心还要带着沸儿回谯郡等华佗。吴成勃然大怒，将甄依柳暴打一顿。甄依柳现在活的连个乞丐都不如，哭的死去活来。小甄从丫鬟娟儿口中得知姑姑的惨状，一心想帮姑姑出气为父亲报仇。于是他假装对吴成低声下气，请吴成喝酒。他将吴成灌醉后偷偷地和甄依柳把吴成拖进存药屋，然后想放火烧死吴成。结果明心闻到烟味寻过来听到他们的计谋，劝他们不要因为杀了吴成被官府追杀赔了性命。甄依柳本就念在夫妻一场下不了手，明心一劝她就打算放弃了。

吴成早上醒来发现了手上有木炭的痕迹，心中生疑。甄依柳被怀疑吓的要死，明心帮她解了围。哪知沸儿说漏了嘴，吴成知道了甄依柳和小甄的阴谋，便将甄依柳绑起来用鞭子抽用烙铁烫。明心得知消息带着沸儿赶了过来，沸儿看到吴成烙铁烙甄依柳的恐怖血腥的场面吓的昏了过去。沸儿醒来后心有余悸，明心提出带他逃离时沸儿一口答应了。哪知刚逃到门口就被吴成带人堵住，吴成将沸儿抢了回去将明心关在门外。沸儿现在看到吴成犹如见到恶魔，吴成见他如此吵闹就把他关进地窖。

甄依柳知道了此事求娟儿在吴成饭菜里下蒙汗药，麻翻吴成后甄依柳偷到地窖的钥匙放出了沸儿。甄依柳将沸儿交到明心手里，让他们快点逃走，明心劝她跟自己一起走，她说要带着娟儿一起走，她还要收拾一些细软。结果她在屋里收拾细软和值钱的东西耽误了时间。家丁发现沸儿不见后，急忙叫醒昏迷不醒的吴成向他汇报。吴成气的把所有的怨气都发泄到甄依柳身上，他拔下甄依柳头上的发簪刺瞎了甄依柳的眼睛。然后将瞎眼的甄依柳赶出家门，甄依柳沦为了乞丐沿街乞讨。

明心在沸儿的带领下，想回到谯郡等华佗。因为华府被牛二霸占，明心只得带着沸儿住到附近的破庙。华佗回到谯郡，得知华府被牛二霸占的原因，又打听到明心母子住在破庙，于是便去寻找他们。明心听到华佗的声音悲喜交加，沸儿却很不高兴住在这么破的地方。华佗正安慰沸儿时，众乡亲感念华佗平时免费给他们看过病送过药，都自发地赶来为他们送来了被子和其它生活必需品。华佗也很感动，请乡亲们帮忙在破庙外搭一间草屋。

华佗在破庙安顿下来后，在院子里种了很多千睡草。吴成三番两次地来骚扰明心母子，沸儿也不满现在清苦的生活，觉得是华佗破坏他们一家三口，造成他们一家三口不能在一起。沸儿对华佗充满敌意。华佗知道吴成来骚扰明心就是对麻醉药的配方不死心。他把最后一味药引子千睡草给了吴成，让他不要再骚扰明心。同时华佗还希望吴成把曼陀罗的剂量告诉他，他希望早一点研究出麻醉药配方。吴成却心存私心，不愿告诉华佗，他要让华佗多走一些弯路自己去琢磨。

谯郡来了很多西域人。他们听说谯郡的药材好特意来收购的。西域人听闻华佗大名，愿意高价聘请华佗帮他们收药鉴别药材好坏。华佗很愿意帮助他们。哪知刚问了一个药店，牛二的人就出来捣乱。他们要强征这些药材。药农们惧怕牛二，不敢跟他说理。华佗勇敢地站出来，公开挑衅牛二，还要上报官府。牛二在吴成的授意下又想出一计。

西域人临走时把买药的银两都交给了华佗。华佗送别他们回来时，突然发现银两都不翼而飞。牛二这时过来了，幸灾乐祸地怂勇药农向华佗要钱，华佗很尴尬，承诺宽限几日他想办法把那些钱还给药农。沸儿看到这些人都来欺负华佗，于是当面告诉大家，是吴成让他把钱藏起来，然后陷害华佗。众人都很诧异，半信半疑地跟着沸儿到了院子里，原来他真的把钱藏在院子里的一个篮子里。

华佗想到一个夺回华府的计谋。他带着沸儿乘牛二在树下打盹时，悄悄地将一只地蜥子放到牛二的裤管处，然后他们就躲在不远处。一会儿地蜥子顺着裤管爬进牛二衣服里，牛二一阵手忙脚乱地找寻后抓到地蜥子并将它踩死。华佗和沸儿假装寻找东西，说他们有三只地蜥子不见了，华佗利用牛二有臆想症的毛病，故意说地蜥子会钻入人的肚子里，让牛二小心一些。这句话让牛二生了心病。他三天没有吃喝，他怕自己吃饭后反而喂大肚子里的地蜥子，于是强忍着饥饿。结果他越发产生臆想，觉得家里到处爬的都是地蜥子。牛二快崩溃了。

牛二由家丁扶着找到华佗，华佗危言耸听地说牛二肚子里的地蜥子是母的，说不定会生子。牛二吓坏了。华佗乘机说只有还回自己的房子才会为他看病。牛二只得把房子还给华佗，华佗装模作样地故意为他诊治，最后叮嘱他只有多做善事才可能逃过劫。

华佗带着明心和沸儿欢天喜地地搬回了华府。

明心给华佗做好粥，让沸儿给华佗端去。沸儿对华佗还是没有好感，但不能违背明心的意思，只得不高兴地从厨房往前厅端去。牛二此时正在前厅向华佗诉苦，说他想做善事，但不敢得罪吴成。在华佗的追问下，牛二一咬牙把吴成曾指使他做的坏事都告诉了华佗。他说了逗蛐蛐骗沸儿逼的明心母子流落破庙的事，又说了当年太医院选药时他以次从好害死那么多人的事，还说了西域人买药他从中捣鬼想陷害华佗的事等等。沸儿此时正好走到门口，他才知道原来自己的爹那么坏，对他们母子也下的去手。沸儿扔下端来的粥哭着跑了。

华佗听到动静追了出去。华佗安慰沸儿，沸儿的心渐渐平静下来。此后他不再念叨想跟吴成回京城，而是一心跟着华佗学书法、采草药、学五禽戏。沸儿和华佗的感情越来越深。一日，沸儿好奇地问华佗为什么要给猪扎针，难道他也像爹吴成一样心狠手辣喜欢虐待吗。华佗跟他解释自己是为了提高医术，研究麻醉药医治更多的天下苍生，也医治他母亲的眼睛。沸儿同时也知道了华佗为什么还在他自己身上扎针。沸儿小小的心里对华佗充满敬意。

华佗要研究曼陀罗在人体的剂量。他让沸儿守着他，如果他食用曼陀罗后半个时辰不醒，就让沸儿帮他叫大夫。沸儿看到华佗舍己为人地以身犯险试药，为了让母亲的眼睛早点好起来，他也想帮帮华佗。他悄悄地拿走华佗的曼陀罗果实，躲在郊外试吃。结果华佗发现自己研究的曼陀罗果实丢失后正纳闷时，明心过来告诉他沸儿不见了。他们正准备出去寻找时，有乡邻抱着沸儿回来了。

沸儿嘴唇发黑昏昏欲睡。华佗赶紧检查，发现已经晚了。经询问才得知沸儿看华佗为明心试药也想帮忙，他也偷偷地拿曼陀罗果实试吃。他奄奄一息但是很高兴地告诉明心，经过他试吃发现曼陀罗一点也不苦，让明心放心。明心看到沸儿虽然不懂事但这么孝顺，早已经哭的伤心欲绝。沸儿有气无力地告诉明心自己一直想看十五的花灯，但估计等不到了。华佗马上把沸儿放在板车上推着他到了街上。众乡亲配合地拿着各式花灯模拟着十五那天的灯会，天空中又放着各色烟花。沸儿幸福地看着这一切，满意地闭上了眼睛。明心哭的撕心裂肺。

回到家中，华佗犹豫再三向明心提出想打开沸儿的身体研究药理反应，明心不能接受。华佗陈明大义，明心经过心里斗争最终忍痛答应了。隔天华佗在家里设置了沸儿的灵堂，众乡亲自发地前来吊唁。吴成怒气冲冲地过来指责华佗害死自己的儿子，说这是华佗在向自己报复。明心痛斥他如果不是他的私心不愿告诉华佗曼陀罗的剂量，华佗不会做研究，沸儿也不会误食而死。他才是害死沸儿的元凶。吴成愣住了。接着他又要抢夺沸儿的尸身，说不能让沸儿做孤魂野鬼。牛二此时也站出来阻止吴成，说他如果再胡闹就把他当年以次从好换假药的事告诉众乡亲，看他还能走不走的出谯郡。吴成退却了。华佗拉着明心跪拜在华家列祖列宗面前，说要把沸儿归入华家人里面。吴成愤然地看着这一切。

华佗在列祖列宗面前祭拜后，拉着明心走到众乡亲面前，让大家作证沸儿从此再与吴成无任何瓜葛，而是他华家的子孙。牛二此时代表众乡亲告诉华佗，因为众人这些年来基本都受过华佗的医治，感念他的恩情，都承认沸儿为华家人。吴成占不到便宜，指着华佗和牛二等人，出言威胁他们日后他一定加倍奉还。吴成怀着满腔的仇恨愤然离去。

吴成和华佗分开后各自独立研究麻醉药。吴成按照华佗以前的配方始终不得要领，他异常恼怒；而华佗亲自试药多次试验终于有所成。他激动地把研究成功的麻沸散交到明心手里，并把这个令人振奋的消息告诉了她。明心也发自内心地替他高兴，她称华佗终于完成了他的心愿。华佗却告诉她自己还有一个心愿，就是把自己的见闻和医术写在青囊中，以后汇集整理成一本书，传给后人，让自己的医术能够广为流传造福更多的天下苍生。明心没有想到华佗有这种更宏大的志愿，她建议此书就起名为《青囊经》。华佗觉得有了《青囊经》、麻沸散和五禽戏，此生足矣。 

华佗想用麻沸散给明心做手术。但他心中十分忐忑，他一个人面对华父的灵位诉说心中的担忧和徨恐，他怕万一有个闪失会失去明心。明心听到他的倾诉，拉着华佗到了娘娘庙要与他当着女娲娘娘的面结为夫妇。华佗很激动，怕这样简陋对不起明心。明心告诉他，自己相信他，愿意让他做手术，但为了防万一给自己留下遗憾，所以她想在这之前与华佗成亲。华佗感到明心对自己的情深意重非常感动。两人让娘娘庙的女娲娘娘为证结为百年之好。两人布置了洞房。晚上，红烛摇曳，这一对苦命的鸳鸯终成眷侣。

次日，华佗将麻沸散端给明心喝。明心表现的比华佗还要淡定和勇敢，她要让华佗没有顾虑和担心。手术进行的很成功，明心也从昏睡中醒了过来。华佗告诉她七天后她将重见光明。华佗将研制成功麻沸散的消息告诉了众乡亲，让他们以后有病都可以找他来看。众乡亲感激不尽，有了华佗和他研制的麻沸散真是为大家造了福。

曹操的头痛病发作，疼的死去活来。他让人快马加鞭地赶到谯郡让华佗火速到京城为他医治。华佗称自己妻子手术后尚未痊愈，不会到京城，请曹操见谅。来人只得回去如实禀报。此时吴成暂时缓解了曹操的疼痛，曹操听闻华佗为妻子不来给自己医治倒也能够理解。吴成乘机挑拨离间说华佗将一民妇看的比魏王曹操还要重。结果曹操反夸他一句为表忠心把兄弟都拿来出卖。吴成闻言非常尴尬。

东吴孙权主动向曹操称臣，信使带来的信中还劝曹操取代汉室称帝。曹操当着众人的面称自己今生不会主动称帝。曹操与群臣正商议时事时，头疼再次发作，众臣看到曹操痛不欲生的样子顿时乱作一团。

因为曹操的头痛此次发作非常厉害，华佗和明心被接到京城。华佗将明心安置在客栈，一个人到丞相府给曹操看病。经华佗仔细检查，他告诉曹操他的头风已侵入骨髓，现在的医治方法是开颅切除病灶。众太医皆惊呼，觉得他大言不惭，存心要害死曹操。华佗平静地告诉曹操，自己已经把麻沸散研制成功，且已经为明心做了手术。曹操命下人试服麻沸散，下人服下后迅速昏迷，无论华佗用发簪怎么刺激他都没有醒来也不会觉得疼。曹丕甚至拔剑斩断下人的手腕他也没有醒来。吴成上前为下人号脉惊呼下人死亡。华佗说那是服药后的正常反应。曹操疑心顿起，他觉得华佗是想借此机会害死自己为关羽报仇。曹丕就盼着曹操早死后自己接位，他早就视华佗为眼中钉。于是他借曹操发怒疑心之机，命人将华佗关进死牢。

吴成到客栈找明心把华佗入监次日要处斩的消息告诉她，他就是要看到明心痛苦着急的样子，那样他才有报复的快感。明心闻言果然心急如焚，她杵着拐杖一路慢慢向大牢寻去，她想去看看华佗。此时华佗正向狱卒说情，他怕自己此次难逃此劫，他请求狱卒将他的手术刀和《青囊经》交给客栈里的明心，他怕自己如果真的死了那本能造福苍生的医书失传。狱卒敬佩华佗为天下苍生的大义，答应了下来。哪知等他去找明心时，明心已外出去寻大牢了。狱卒只得把书带回家。结果他的妻子见他带回来死囚的物品怕招来祸事，一把就将《青囊经》塞到灶里，等狱卒去抢夺时书已烧毁了半部。

曹操此时疼的在床上翻滚，曹丕和吴成在一旁看的干着急。曹操让下人给自己拿酒，想借酒暂时麻醉自己的痛感。曹操在醉酒后一时气愤脱口而出要杀了华佗。曹丕乘机下达命令次日处死华佗。

明心寻了一天好不容易寻到死牢，门口的看守却无论如何也不让她进去探望，说是曹丕专门交待不得探视。明心正无助地哀求时，为华佗传讯的狱卒也找到这里，他把明心拉到一旁，把她带到了华佗牢房的外墙处，让他们能够隔着墙说上话。明心在墙外听到华佗的声音心如刀割，华佗温和地劝她安慰她。两人说了一会儿话后，吴成突然到牢房探视华佗。他告诉华佗，华父是他杀的，连惠娘肚子里的孩子也是他杀的，华佗害死沸儿他却害死了华父和华佗与惠娘的孩子，自己还赚了一条人命。吴成丧心病狂地陈述这些年他做的坏事，害的人命，他就想引起华佗的仇恨，想让他跟自己一样生活在仇恨之中。明心在墙外听到吴成的话，没想到吴成会恶毒至此。吴成说完没有看到华佗气急败坏痛不欲生的样子，华佗反而很超然地告诉他自己不会恨他，只会可怜他同情他，因为他已经众叛亲离，他心中只有仇恨没有爱。反而华佗自己充满对天下苍生的爱，对明心的爱，对自己的亲人朋友兄弟的爱。吴成气的要发疯。华佗最后告诉他，如果明天自己要被处决，希望吴成能放下仇恨重新做人。吴成崩溃了。

曹操又开始头疼时，下人给他送来茶水，他突然认出端盆的下人正是那天试麻沸散的人，他被曹丕砍断的手腕绑着绷带还在渗血。曹操见他安然无恙才知道错怪了华佗。这时有下人来报说曹冲病危。曹操连忙赶去，曹冲已奄奄一息。曹操命人赶紧传华佗，一旁的吴成告诉曹操华佗已死。曹操大怒，痛斥曹丕乘自己酒后乱言假传命令，下令要将曹丕处决。

小甄作为太医一直站在一旁，此时他突然站出来为曹丕说情，说他都是受了吴成的蒙蔽。他痛斥吴成是个卑鄙的小人。他说吴成把天来暗插在父亲身边，以致害死父亲同时置曹操当时处于危险境地。吴成巧言令色百般狡辩，小甄顿时哑口无言。哪知曹操之前从天来那里已经得知了详情，知道小甄所言非虚，他怒斥吴成要杀了他。吴成走到穷途末路向曹丕求救，曹丕如今自身难保赶忙与吴成撇清关系。吴成被侍卫拖了出去。

此时华佗已被拖至刑场，在路上他遇到了双目失明行乞的甄依柳。华佗为了给她生的希望，谎称自己要陪魏王出征，等他回来帮她治好眼睛。甄依柳顿时燃起新的希望。吴成在被拖到刑场的路上，众太医向路人陈述吴成的罪行，太医们和路人纷纷向吴成投菜叶和杂物，吴成如过街老鼠一般。

刑场上，华佗和吴成这一对冤家相遇，真是事事难料，他们最后竟然还结伴而行。众乡亲自发地到刑场集体跪地向行刑官求情，让他帮华佗说情。狱卒带着明心赶到，在众人的哀求下，监斩官允许华佗为明心拆下眼上的纱布。明心重见光明，但华佗却即将被处斩。两人好不容易盼到的幸福转瞬即逝。这时狱卒跪地向华佗认错，他没有保管好《青囊经》以致只剩半部。华佗坦言，只要心存一颗治病救人之心，这尚存的半部经书足矣。接着华佗曾帮助过的铁匠以及在曹操营中救过的大宝，他们和狱卒一起三人齐刷刷地跪地向华佗表示愿意拜他为师学习他的仁心仁术。华佗甚感欣慰。

而跪在华佗旁边的吴成没有一个人为他送行。这时甄依柳从人群中挤出来，她抱着一坛酒来为吴成送行。她恨吴成，可同时她在名义上还是吴成的妻子。她的仁义之举终于让吴成流下了悔恨的泪水。明心扶持着甄依柳，让她和自己一起好好地活下去。

吴成直到最后一刻才认识到自己的错误，才感慨自己机关算尽坏事做尽得到的一切都成了过眼云烟，到现在自己回到起点一无所有。他希望华佗死后见到惠娘能帮自己说一声对不起。华佗含笑看着吴成，虽然他们都将走到生命终点，但最后一刻吴成能悔过他也觉得善莫大焉。此时，时辰已到行刑官宣布行刑。

曹操在此后的太医甄选时告诫新晋的太医们，医术很重要，医德却更重要，只有心怀天下苍生，将患者看作自己的父母兄弟姐妹或儿女，才会在医治患者时有众生平等之心。众太医受益匪浅。

华佗临刑前收下的几个徒弟果然如他们所言，潜心学医，悬壶济世，造福四方苍生。一日，一医者背着行囊在路上行走，看背影似是过去四处游历行医的华佗。等他回过头来竟然真的是须发皆白的“平生只有两行泪，半为苍生半美人”的华佗！

（全剧终）