群岭山峰之处，昆仑仙院就坐落在云端深处，仿佛天地灵气皆聚集于此。哪吒与小龙女、摩昂二人最后一个前来，杨戬才操纵法宝，打开结界，带着众弟子进入仙院之内。在这众多弟子当中，还有两个妖界奸细混入其中，更是看不起哪吒这个凡人之躯。
太乙真人亲自前来，为新弟子们介绍他们的各业老师，并郑重嘱咐云仙洞乃是仙院禁地，绝不能随意进入，这反而引起了弟子的好奇，也让两个卧底，金银二宝怀疑妖族大帝很可能就是被囚禁在此处。他们此次是身带任务而来，自然不能在仙院惹是生非，况且，哪吒是小龙女的朋友，自然也就有龙族太子摩昂相护。
哪吒身为三千年来，第一个可以进入仙院的凡人，也引起了众人的注意。这第一课就是飞天之术，哪吒借用天儿师傅的法宝，第一次尝到了可以飞天的滋味。只可惜，不论飞天还是阵法都一窍不通，深受同学们的嘲笑，再闻炎姬所言，凡人修仙需千百年，更是吓得再也不要修习法术。
哪吒前身是为太乙真人坐下灵珠子，接玉虚法旨，下界诞于陈塘关李靖门下，出世名为哪吒。故而，就算李靖千般不愿，也无法阻止玉鼎真人将哪吒接来昆仑仙院。此番，太乙真人必要将哪吒再次训练成才，望能早日得道，成为仙界有用之才。
金宝与银宝深夜潜入云仙洞，误中机关，只得暂时无功而返，倒让太乙真人发觉有人闯入，却终究不知是何人所为。此间插曲暂了，哪吒无意中碰得小龙女手中宝物，谁知那物竟发出银铃般地说话之声。只见一个名唤水精灵的女孩从宝物中现身，三人便从此成了朋友，玩耍嬉闹。
转眼，又到了上课的时辰，哪吒却一个人躲在亭中，再见前来劝慰的小龙女，竟拉着她前往禁地云仙洞。天儿师傅正巧路过，连忙阻止二人，哪吒本就有意离开昆仑仙院，却因此次犯错，以不与太乙真人汇报换来他甘心留在仙院修炼。
哪吒、小仙女和摩昂一同修炼，时光流逝，很快就成了少年少女之状。金宝和银宝因为真身乃蛙，故而一直保持着孩童的状态，反倒给就他们机会，反过来嘲笑二人身高，也算是风水轮流转。
天妖星蔽日之期将至，或许就意味着昆仑仙院的劫数将至。妖族大帝果然被囚禁在云仙洞之中，整整五百年光景，他的怨气早已冲天，正等着这次机会破封印而出。妖族之人早已筹备良久，金银二宝也分头偷盗小龙女的金水令牌和杨戬解开仙院结界的法宝。
云仙洞内，哪吒三人追银宝来此，一番打斗倒反而让金水令牌解开了妖族大帝的结界。一时间，仙院结界被破，妖族众人一举攻入昆仑仙院，如此情况危机之时，太乙真人却不知去往何处，竟不在院内。
妖族大帝出来的第一件事，就是想要摧毁炼化封印他五百年的玉仙轮，谁知竟然哪吒机缘巧合吞服而下。哪吒以自身性命相护，竟就此让玉仙轮臣服于他，二人合力与妖族大帝相斗。