时间过了两年，德久准备行李，到济州去看长今。长今专研医术已经稍有成就，随时可以独自帮病患把脉开立药方，但是因为曾经帮张德施针出过很大的差错，因此对于施针迟迟不敢再度尝试。德久因为晕船严重，被人背到官衙药局，长今以熏疗法治疗德久，德久终于渐渐苏醒，德久与长今两人久别重逢，感慨万千……当闵政浩与张德离开济州到牛岛去的时候，倭寇突袭济州。倭寇主将生病急需大夫诊疗，长今被逼上阵施针，终于成功治愈倭将并且协助闵政浩击退倭。

长今被义禁府的官员押送到京城，济州牧使呈给皇上的奏折内容谎称长今内通倭寇。因此，长今受到义禁府官员拷问，幸好闵政浩挺身而出说出真相，长今才得以脱离险境。当长今知道闵政浩不愿意留在京城，想要再度回到济州去，长今劝闵政浩要留在宫内担任京官职务为国效力，长今在回济州的途中，到埋葬韩尚宫娘娘的地方拜别韩尚宫。因缘际会遇到一户官宦子弟，并且替他根治久年不愈的陈疾得知宫廷即将举行医女选拔，立刻赶回宫去参加选拔，郑云白为当时主考官之一，希望长今舍弃仇恨之心，以仁心仁术行医。德久在得知长今高中金榜，欣喜若狂，长今也正式入宫接受医女训练……

长今正式开始接受医女教育训练，遇到一位严厉的医学教授。对于长今在途中帮一位户判大人的公子治病事情相当不满，因此还没开始正式上课，就被教授视为眼中钉，此后教授更是处处难为长今，虽然长今表现优异，不过申教授对于长今始终不假辞色，申教授的考试等级分为五等，如果得到三个不通就会被淘汰，长今已经被申教授记了两个不通，万一这次的考试再不通过就必须要被淘汰……

长今与信非相互激励，努力学习，成为医女训练班的最优秀学生。张德远从济州来看长今，长今喜出望外，同时郑云白也带来一个坏消息：告知长今已经得到三个不通，显然不能留在宫廷做医女。原来是李教授公报私仇，故意刁难长今和信非。申教授虽然据理力争，却被李教授威胁，万不得已申教授决定让所有的医女训练生，不通过这次的考验，惹恼了督提调，督提调决定亲自来检定这批医女，意外发现长今等人非常杰出，长今终于如愿以偿进入内医院做医女，开始崭新的生活……

皇后娘娘突然有流产迹象，内医院召集所有相关人员开紧急会议，此时御膳厨房最高尚宫也进入内医院开会，长今和今英终于相遇。多年不见，竟然在这样的场合，并且各以不同的身分相见，两人难免震惊。当崔尚宫见到长今回到宫廷来，也忍不住惊讶与愤怒。内医正郑允寿居心不良请崔尚宫放心，并且答应崔尚宫尽快想办法将长今逐出宫廷。皇后娘娘身体一直没有好转，长今虽然对于内医院第一医女阿烈的诊脉持有不同的意见，但是只能在心中存疑不敢明说……

皇后娘娘自从小产之后，身体一直无法恢复健康。内医院诸位医官以及医女甚为忧心，却又苦无其它办法。此时，信非将长今与阿烈的诊脉结果并不相同的事实告知申主簿，申主簿大为惊讶，认为此事非同小可，内医院紧急开会并且决定由长今和阿烈重新再来诊断一次，阿烈认为皇后娘娘的脉象是牢脉，而长今则是把出散脉，散脉意谓皇后娘娘的腹中还有死胎，但是大家分明亲眼见到皇后娘娘已经产出死胎，万一娘娘腹中真有死胎，除非娘娘怀的是双胞胎，但是皇室内从未有过双胞胎前例，但是郑云白相信长今为皇后所把的脉，并且决定使用佛手散芎归汤，皇后娘娘终于产出另一个死胎恢复健康，众人对长今的把脉正确而另眼相看……