中宗得知皇后下令要求长今做长今宁死也不愿意做的事情，便下令任命长今为中宗的主治医官，引起宫廷轩然大波。闵政浩与长今准备搭船离开时，副官和右议政快马加鞭赶来，阻止闵政浩去路，右议政对闵政浩晓以大义，希望闵政浩和长今都回到宫廷，而且要求长今拒绝皇上的任命，闵政浩却坚持希望长今接受中宗旨意，唯有这样长今才是做原来的自己，当长今接受中宗的旨意，果然朝廷一片混乱，众多儒生群起反抗，中宗却坚持己见，不愿意改变心意，连生被太后和皇后叫到中宫殿，太后厉声责问连生为甚么安排中宗与长今单独对谈之事，连生一时心急紧张不安，引起早产，幸好长今细心照料连生度过生死难关顺利产下小公主，宫中洋溢一片喜悦……

庆源大君突然生病，高烧不退，引起内医院一阵惊慌，而长今坚持婉拒担任中宗的主治医官，闵政浩对长今如此轻易放弃感到遗憾，此时京城已经开始传出痘疮病症，长今深入乞丐的住处，愿意一个人和患有痘疮的小朋友被隔离在茅屋，专心替孩童治病，内医院禀报中宗和皇后，庆源大君的症状正是痘疮，皇后痛哭流涕，亲自出宫找寻长今，此时虽然长今已经治好痘疮的孩童，但是并不知道确切的病因，奉皇后之命回宫之后，与所有内医院医官和医女一心一意同心协力，治疗庆源大君，庆源大君终于康复，完成困难的使命，皇后对长今另眼相看，对过去自己所犯下的错误请求原谅，而中宗也不顾朝廷众臣反弹，执意要任命长今为从六品主簿……

中宗执意命长今为主治医官，引起宫内不小波动，不只朝廷众臣议论纷纷，太后娘娘甚至在大殿门口跪席待罪，中宗无法承受不孝的罪名，答应太后收回任长今为主治医官的成命，但是对于自己的懦弱和无能甚为感叹无奈，由于中宗心事繁重忧心忡忡，因此长今时常劝中宗要如何打开心门，将自己内心的苦闷向最信任的人倾诉，中宗和长今接触频繁，太后认为既然中宗喜爱长今，就应该立即封长今后宫牒纸才是，消息传出，长今再次陷入无尽的痛苦深渊，立即求见皇后娘娘，希望皇后娘娘了解自己的心意不要下赐后宫牒纸……

中宗逼问长今是不是爱慕闵政浩.长今坦承相告，心中却暗地担心会不会连累闵政浩……第二天中宗约闵政浩比赛射箭，一时难忍心中的愤恨，想要一箭射死闵政，但是终于忍住……中宗犹豫到底要不要封长今为后宫，此时闵政浩求见，告知中宗他曾经打算和长今一起逃离宫廷，但是又回到宫廷来，那是因为长今必须要发挥她的所长，继续行医，这是他爱慕长今的方式，也恳求中宗爱惜长今的才华，不要封长今为后宫，但是要命长今做中宗的主治医官，中宗终于下定决心，不畏一切艰难，命长今为正三品堂上官，下赐大长今的称号，闵政浩则被流配到异乡……

长今将自己所研究学习的成果告知申益必和郑云白，希望得到支持可以帮中宗施行手术，但是所有的人并不支持长今的做法，长今苦无他法，眼见中宗病情每况愈下……中宗隐密下令.让内侍府的人将长今送到闵政浩被流配的地方，希望两人远走他乡，避免被朝廷官员追杀，但是长今坚持不愿离去，此时传来中宗驾崩的消息，各地已经张贴逮捕长今的布告...多年后长今和闵政浩结为连理，生下一女，但是还是过着颠沛流离的逃亡生活。连生向皇后禀报得知长今的消息.皇后立即恢复两人身分，请两人回到宫廷，长今与多年不见的友人相见，喜极流泪……