长今因皇后娘娘的密令得以延续性命，不过必须要找出中宗的病因，在这之前要先到多栽轩隐居研究中宗病情。能够让长今在瞬间转危为安是因为闵政浩在紧急时分想出来的好法子，闵政浩又请来张德陪同长今一起治疗伤寒病患，也希望长今从治疗这些病患当中，得到一些可以治疗中宗的启示。中宗再次昏倒，郑允寿用过去同样的方法，陷害是膳食方面出了问题，这次轮到今英和崔尚宫等人被关进义禁府，长今终于研究出可以治疗疑似伤寒病症的妙方，如果将这妙方公诸出来，就可以让崔尚宫和今英脱离险境，此时，长今心中犹豫，不知道该如何下定决心……

郑允寿翻遍医书找寻中宗的病因，申主簿与郑主簿也认真查询中宗病因，当内医院得知长今回到宫廷来，莫不惊讶！尤其当长今说出中宗的病状，却不知病名为何，郑允寿断定这就是西汉张仲景金匮要略书中所提及的狐惑病，并且说出处方，却与长今的处方大相径庭，皇后正在犹豫不决之时，吴兼护等人力挺郑允寿，因此决定用郑允寿的处方治疗中宗，未料中宗腹痛难耐长今所预言的病症一一出现，因此皇后决定信任长今，让长今放手一博治疗中宗，但是中宗又出现了失明的症状，皇后又急又气下令将长今与闵政浩抓起来予以严厉惩处……

长今治好了中宗的眼疾，皇后喜出望外，中宗对长今也是另眼相看，从此皇后对于长今更是信任依赖，而内医正内心愧疚，难以平复终至自尽崔尚宫等人因内医正自尽，认为事情总算告一段落，未料长今告知手中握有内医正死前写给长今的遗书，希望崔尚宫等人自己说出真相，诚心向韩尚宫和母亲请求原谅，不过崔尚宫等人对于长今握有内医正遗书半信半疑，并且积极安排令路离开宫廷，以绝后患，吴兼护终于查出崔尚宫家族和长今之间长久以来的恩怨是非，不愿意牵涉其中，准备劝说令路到义禁府将事实真相揭晓，以定崔尚宫等人罪行……

尹尚宫带着崔尚宫给她的银票和吴兼护右相给她的银票去找长今，希望藉由协助长今定崔尚宫等人的罪行而保障自己未来可以登上提调尚宫的位置，长今明确告知，她不接受任何不正当的交易，当尹尚宫决定到司宪府告发崔尚宫等人的罪状途中却被崔判述手下掳走，崔尚宫使出反*让尹尚宫和阿烈等人将所有的罪行导向吴兼护所为，并且杀死尹尚宫企图脱罪，甚至先到太后娘娘处告状要将吴兼护等人连根拔除，而当太后得知长今手中握有内医正的遗书要求长今交出来，长今只好承认自己并没有内医正遗书，此时，崔尚宫更是志得意满，认为自己已经胜券在握。中宗下令要求全面清查硫磺鸭子事件，在大司宪的主导下，所有关联硫磺鸭子事件的人必须到场说明当时情况，会议途中，赫然见到死去的内医正出现，引起众人诧异……

内医正出现之后，硫磺鸭子事件总算水落石出，沉寂多年的案子告一段落，而崔尚宫还是不肯接受事实，做最后的挣扎，使尽方法希望见到太后娘娘和中宗，却不得其门而入，一个人独自到明伊的坟前将自己多年来埋藏心底的话诉说给明伊，除了希望得到明伊的谅解，但是也表示会继续这场战争，当崔尚宫准备到义禁府替今英脱罪时，不慎摔落山谷，终于身亡...而吴兼护、朴副兼崔判述和今英以及内医正和阿烈等人都被判刑或流配或罢职……中宗大喜，除了奖赏长今之外也答应长今恢复韩尚宫以及长今母亲的身分，并且让长今了却多年来的心愿，暂时代理御膳厨房的最高尚宫职位……

中宗问及长今是不是多年前送酒的小朋友，长今称是，中宗大喜认为这真是奇妙的因缘...并且答应长今的要求到活人署去工作。最近以来闵政浩对长今甚是冷漠，长今百思不得其解终于忍不住向闵政浩倾诉思念之情，原来闵政浩只是希望长今也要尝尝甚么是思念之苦，两人相对开怀大笑感觉彼此的心意。闵尚宫经过御膳竞赛，赢得御膳厨房最高尚宫的职位，战战兢兢准备皇上膳食未料却得到中宗的赞赏，喜出望外……皇后命长今回宫，希望长今照顾世子病情，经过至密尚宫的解释，长今得知皇后的另一层意思，长今陷入痛苦，最后选择逃离此地，要求闵政浩带她一起离开这是非之地……