太后娘娘陈年老疾日益严重，此时又听信崔尚宫的谗言，不愿意接受申主簿的治疗，并且不假辞色斥责中宗退出太后殿。中宗与皇后为此烦忧不已……并且决定先罢除申主簿医官之职，以求太后息怒。如果太后还是不肯接受治疗，中宗甚至准备再设昭格署恢复功臣田，只求太后娘娘接受治疗。长今眼看申主簿即将被撤销官职，不顾性命危险，希望与太后娘娘对弈，以自己的性命作为赌注。太后对于长今的胆识与急智甚为慑服，决定给长今一次机会，但是当太后决定接受治疗时，却已错过最佳治疗时机，深受病痛之苦，连汤药都无法喝下，不但惊动宫廷，甚至中宗也闻风赶到太后殿……

皇后怀念过去长今所做荞麦年糕的美味…请长今再度展现手艺，长今满怀兴奋诚心准备。皇后娘娘吃到美味的荞麦年糕，心满意足称赞有加，今英看在眼里怀恨在心，因此吩咐阿烈必须要想法子将长今赶出宫外。此时，传来京城附近爆发疫病，中宗甚为震惊，派监赈御使以及医官和医女等人到疫区为百姓治病，长今被阿烈陷害被派至疫区，当疫区病情无法控制京城下令要封锁整个村子，阿烈又故意不告知长今，将长今与疫区村民一起封锁在村子里面，无法离开，长今万念俱灰……未料闵政浩发现长今没有及时到达集合地点，回到村子来找长今……

长今一个人被留在封锁的村庄里面。而当长今知道自己是被刻意遗弃在疫区，长今失望伤心，难掩悲痛。闵政浩除了安慰长今，同时打算带长今离开疫区，不过村内的百姓有些人病痛；还有些人是照顾病患的一般村民，长今又怎么忍心丢弃这些人独自离开？因此决心留在疫区照顾村民。闵政浩也快马加鞭到各处去找寻药材，甚至将张德带回疫区一起照顾疫区病患。长今发现菜园里面的蔬菜都腐烂，而且扩及各地，与张德讨论过后得到结论，百姓们并不是得了传染疫病，而是因为吃下病变的蔬菜引发的食物中毒，立即回宫禀报这件事实，崔尚宫却认为这只是长今与闵政浩搪塞延迟回宫的理由，并且决定亲自尝试食用腐烂的蔬菜，确认长今所言是否属实……

闵政浩与长今因为没有在规定时间内到达集合地点受到处分，闵政浩被罢除官职，幸由一位隐居草野的官员详细写了一封文情并茂的上疏给中宗，中宗得知其中原委，立即召回闵政浩并且予以升迁，而长今也因闵政浩力保得以继续留在内医院。连生怀孕的消息传开，并被册封牒纸为从四品淑媛娘娘，而内医院指定由阿烈负责照顾连生，阿烈明知连生身体状况不适，有风热症状，却告知连生只是孕妇血虚症状，让连生吃下不该吃的食物，目的只是希望造成连生小产，幸好长今听连生诉说自己的病状时，再度替连生诊脉，查出原因告知申主簿，希望可以挽回连生肚子里的小孩……

长今识破阿烈的诡计，立即上报申主簿，申主簿等人经过再度诊脉得知连生并不是血虚引起晕眩头痛等症状；而是因为风热所引起，阿烈的行为虽然引起申主簿强烈的质疑，不过阿烈坚持否认事先知道连生的状况，因此也只能让阿烈自我反省，今英知道自己无法挽回闵政浩的心意，决定与闵政浩情断义？但是难掩心中失落与伤痛……长今为了替韩尚宫洗却污名怨恨，决定去偷内书库的皇上病簿日志手抄，希望日后好好研究，未料却被内侍府的内侍盘查，长今情况危急，幸有张尚膳出面保住长今……

崔尚宫对于张尚膳保住长今非常气愤不满，因此透过崔判述找到内需司的内侍不法情事加以威胁，逼内侍说出长今违反宫廷法道的事实。内医正等人对于皇上的病情迟迟无法找出正确的原因，崔尚宫和今英为了讨好皇后娘娘，特地献上远从大明国带来的稀世补品猴头菇熬汤献给中宗，未料中宗食用之后，当夜再次昏倒。内医正顺水推舟将中宗昏倒的原因归咎到御膳厨房，今英立刻被软禁在内需司，而崔尚宫则是气急败坏的找崔判述帮忙，认为这是内医正的误诊，才会导致中宗昏厥，不过这次的事情与上次中宗昏倒的事情环环相扣，崔尚宫等人也不敢太张扬，长今被内需司的人捆绑带离出宫，性命危在旦夕……