之后，武太后宣布复政于睿宗李旦。李旦深知自己的能力远不及母亲，固辞不受。武太后继续理政。她面临的阻力仍然不小。首先是新宰相老臣刘仁轨的警告，他陈说吕后祸败之事以申劝戒。刘仁轨的劝戒代表了大批朝臣的看法，是一种至诚的劝戒，所以武太后报之以赞赏与安慰。她致书赞扬刘仁轨的忠心，同时坚持亲政。大臣们看到武太后的态度，并且武太后在高宗在世时确实政绩斐然，所以都不再坚持了。其次就是宗室王公们的非议。太后临朝，宗室大权旁落，李家宗室成员无不伺机欲动。武太后将这一切看在眼里，记在心上，胸有成竹。

千金公主是唐高祖的第十八个女儿，现在虽已年近六十，但姿色未衰，风韵犹存。她性格开朗活泼，举止优雅娴静，在年复一年的寡居生涯中渐渐为人们所忘却。只有当她与男宠们的风流艳事在宫中闹得沸沸扬扬时，人们才会意识到她的存在。

在泰山封禅大典到武后神都摄政，千金公主目睹了武皇在官廷倡扬女权，推行新政的整个过程，李氏家族气息日衰千金公主也许并不在意，重要的是，武皇的一系列革新计划给她呆滞、压抑的生活带来了一股从未有过的清新空气。当整个李氏王室在武皇的弹压之下感到惶惶不可终日时，千金公主却独享优游，与武后过从甚密。

千金公主在一名宫女的引领下来到了武皇居住的英贤殿，看着一脸疲惫的武后，千金公主告诉她，太后眼下的心情灵性已近纯阳至刚，可身体却仍是阴气弥积，混沌未醒，这不仅有损于太后的玉体，而且将会妨碍到日后的功业，只有采阳补阴才能使匮竭的身体得到滋养。

很快，千金公主带着一个名叫冯小宝的男人，来到了武太后住居的英贤殿。武太后将冯小宝赐名为薛怀义，让他帮着照料宫中花园的草木。一个月之后，武皇令薛怀义剃度为僧，以白马寺住持的身份时常出入宫廷，陪伴左右。

徐敬业叛乱虽已平息，但它的阴影在武后的心中久久未能除去。虽然她通过这次叛乱的契机剪除了宰相裴炎，凤阁侍郎刘景光、胡元范，大将程务挺、王方翼等异己势力，可李唐门阀的根基依然未受动摇。这些世袭显贵和遭受贬谪的旧臣暗中勾联，并与朝中权臣幽通款曲，武皇日益感觉到，自己在朝中的影响力和权势正在受到无形的钳制，御吏许有功、杜景俭等人更是独行其事，对武皇的革新计划置若罔闻，他们甚至敢于违逆武后谕旨，将朝廷重犯无罪开释，使负责侦讯审押的司刑寺形同虚设。

另一方面，远在江南的几个书生居然能在一夜之间集合十万人马兴兵举事，而朝廷竟毫无觉察，这至少也昭示出这个庞大帝国的中下层机构已面临瘫痪，如果不能及时地了解各地的隐情，防患于未然，克敌于未发，类似的事变势所难免。

骆宾王的一篇檄文使武太后感到了舆论的重要，她准备用矫枉过正的方法，把国内不利于自己摄政的舆论彻底地纠正过来。

垂拱二年正月，武太后批准了一个名叫鱼家保的人的上奏，在洛阳城的神庙四周设立了告密用的铜匦。铜区分为四格，东西南北各面均有投书入口，依次为延恩、招谏、伸冤和通玄四门。

铜匦亦称告密之门，它的设立通过布告昭示天下，一时间，全国各地的告密和鸣冤者从四面八方朝神都洛阳蜂拥而来，一度将神庙围得水泄不通。

地方州县的各级官吏莫不谈匦色变，他们不得不用极为小心而谦恭的态度对待那些潜在的告密者，倘若稍有得罪，这些人便会立即踏上前往洛阳的道路。这些告密者大都是一介草民，不过，他们的告密文书一旦受到朝廷的重视，官吏们轻则获罪下狱，重则人头落地。在朝廷内部，情况亦是如此。朝臣之间互相猜疑，彼此提防，惶惶不可终日。有些人仅仅因为同僚冷眼相视，便疑心对方告密而抢先下手。到了垂拱二年的秋天，朝廷大臣就已养成了上朝之前与妻子诀别的习惯。

武太后除了命令正谏大夫亲自接待那些奉旨告密的民众之外，自己和上官婉儿也时常于早朝之后来到紫宸殿，破例接见告密者。不久之后，武太后就敏锐地意识到，随着告密者的日益增多，罪犯的数量也在急剧增多，而主管诉讼的司刑寺和各级州衙已不能适应新形势的需要，因此，武太后在朝中新设肃政台。肃政台御史集调查、搜捕、审讯、施刑数职于一身，即便处死朝廷要犯，亦无需向上后通报。除此之外，为了缩短诉讼程序，武太后感到必须任用一批严酷的官员执掌法律大权。她起用了来俊臣、周兴、索元礼等几名酷吏。

酷吏政策使朝廷内部肃静之极，朝臣们人人自危，进谏之声也越来越少了。但武太后知道，这种平静是暂时的，平静背后仍旧潜伏着危机。

武太后的这一措施不久就遭到了一部分朝臣的竭力反对。御史许有功、杜景俭，尚书省补遗陈子昂等人相继上奏，他们认为武后大开告密之门，任用酷吏的结果导致了先帝法律的名存实亡。

武太后对于这些言词锋利，直言犯上的奏折似乎并不在意，她下令将许有功等人贬往外地，而对他们遭受贬谪的原因未加任何说明。

在上官婉儿看来，武太后皇在任用了索元礼、来俊臣等人后，全国上下似乎都被卷入了一场恐怖之中，她从上朝时官员们的脸色中可以清晰地看到这一点，连日来朝廷的混乱局面使她目眩神迷。不过，武皇看上去倒是春风扑面，踌躇满志，自从冯小宝入宫以来，太后素来忧郁的脸上再度容光焕发，而她的心思似乎也越来越让人难以琢磨了。

酷吏和铜匦成了武太后肃清政敌、匡正舆论的杀手锏，原来要费尽周折才能实现一二的治国之策，全都在一瞬间实现了。

从魏晋开始兴盛起来的门阀制度，一直到唐朝都没有太大的改变，不仅限制了人才的开掘，而且滋生出无数积弊。武太后一反门阀，大举贤才，在科举中，她将眼光放在有才华的平民身上，大力提倡平民举仕，并且开创了殿试先河，名列前茅的贡生最后要直接通过她的面试，才能获得名次。这种自下而上，逐级科考的方式，在她之后一直沿用了一千多年。

酷吏政策的直接结果是告密之风盛行。武太后专门置狱于丽景门，以清理谋反案为由，将政敌一一肃清。

武太后在洛阳拆毁了乾元殿，下令由薛怀义建造明堂。武承嗣为了制造舆论，造了一块写着“圣母临人，永昌帝业”的“瑞石”，以象征武太后荣登九五之尊乃是上天之意。武太后借这个机会，封山神，封水神，加尊号，封王孙，为实现自己的政治抱负做好了一切准备。

终于，李家宗室成员们再也忍受不住了，他们知道，武太后下手将他们除灭，似乎只是一个时间问题。唐室王公之间彼此密书往来，谣言四起，除了在“如欲活命，勿来京都”一项上达成了一致意见之外，似乎也没有什么更好的应急办法。

起兵征讨的信号是由韩王元嘉之子、通州刺史黄国公首先发出的。他伪造了睿宗的玺书，内容是“朕被幽禁，尔等宜各发兵救我……”

李贞之子琅琊王李冲情急躁，鲁莽，他立即致函各王迅速进兵京都，自己则带领刚刚招募来的五千兵勇率先攻打济州。

当琅琊王冲起兵的消息传到神都洛阳，武太后并未张皇失措。她命张光辅为督军节度，率领十万大军西出洛阳，平叛诸王之乱。

平息这次叛乱仅用了二十天就大获全胜，叛将一个被手下效忠朝廷的部将所杀，另一个自尽身亡。武太后借这个机会穷寇亦追，将宗室中与叛乱有关的人一律严惩。经过这些面对面的较量，宗室成员们再也不敢小觑这位女性了，朝臣们也越来越敬佩眼前的这位执政者，朝廷内外，人心思定。

讨武之乱在这么短的时间内即被平灭，也出乎武皇的预料。这次事变中泄露出来的某种信号使武后兴奋不已，李唐王朝看来的确气数已尽，尽管叛军打出了匡复唐室的旗号，但天下臣民竟无人响应，它使武皇清晰地看到了人心的向背。

在叛乱之前蠢蠢欲动，在发轫之际左顾右盼，力求自保的诸王宗室未能逃脱厄运，韩王元嘉、鲁王灵等人被押回东都，在秋官侍郎周兴的逼令下，相继自杀。

十二月二十五日，武皇在洛阳南效的“圣图泉”畔举行了盛大的拜洛典礼。在破晓的晨光中，洛水徐徐东流，武皇峨冠博带，迎风而立，向着冥冥之中洛神拜谢祈祷。几乎在拜洛大典举行的同时，一场更大规模的杀戮也在迅速进行之中：

霍王元轨、纪王慎在流放途中被杀；

东莞公融及江都王绪被斩于曹市；

济州刺史薜顗、其弟薛绪被杀后，尸体暴晒示众；

常乐公主在狱中饮鸩自尽……

明堂建好了，武太后将它命名为“万象神宫”。她身着皇帝冕服在明堂布政，接受百官们的朝贺。

武后的威望已与在世时的高宗一样，令万众仰止。此时有人劝她称帝，武后拒绝了，她认为还不到时候。从徐敬业起兵反叛这件事当中，武后深知“名不正而言不顺”之累，她要从一个看家的，逐步变成一个真正的当家人。任用酷吏，就是为了加速实现这种改变。

载初元年七月，在明堂潜心修行的十位高僧联名向武太后进献了一部《大云无相经》，据《大云经》所载，武太后作为当今圣母，实为净光天女下凡转世，当王天下。武太后即刻将《大云经》颁行全国各寺院，并饬令在洛阳和长安修建大云寺，为收藏佛教经典之用。《大云经》的注疏者，云宣和尚等九人均被赐紫红袈裟，位袭三品县公。

九月，长安人傅艺游率九百人长途跋涉来到洛阳，在洛阳宫门外恳请武后登基，傅艺游向武太后奏道：“李唐运数殆危，改唐为周势所必然，当今太后为千古一人，光风霁月，上应天意，下合民情，理当即速登基……”武太后深为感动，她虽然照例谦谢不受，但还是将傅艺游封为鸾台侍郎。